اسدالله لاجوردی سرانجام اول شهریور ۱۳۷۷ در حالی که هیچ سمت رسمی نداشت، در محل کسب خود در بازار تهران توسط دو نفر از اعضای سازمان مجاهدین خلق (منافقین) ترور شد. وی پس از تشییع در بهشت زهرای تهران به خاک سپرده شد.
۲۱ سال بعد از شهادت
انصاری: «مرحوم لاجوردی خدمت حضرت امام رفته بودند و در آنجا از جنایتهای منافقین صحبت کردند و گزارش مفصلی خدمت امام دادند، امام فرمودند که آقای لاجوردی اگر جمهوری اسلامی به دست اینها (منافقین) ساقط شود بهتر از آبروی اسلام است که با این کارها (خودسریهای داخل زندان) برود. شما بروید مسئولیت را تحویل دهید. چون آقای لاجوردی مسئولیت را تحویل نمیدادند».