بوناچیچ از موفقترین مربیان کروات حاضر در لیگ ایران بود. او پس از اینکه هدایت سپاهان را به عهده گرفت در فینال جام حذفی با شکست پرسپولیس قهرمانی جام حذفی را به دست آورد. یک کروات دیگر توانست در سپاهان روزهای خوشی را بگذراند. کرنچار در کنار بوناچیچ جزو بهترین مربیان تاریخ باشگاه سپاهان است. او در لیگ یازدهم روی نیمکت سپاهان نشست توانست در همان فصل با تیمش به قهرمانی لیگ برتر برسد.
سرمربی تیم فوتبال گسترش فولاد تبریز به همکاریاش با گسترش فولاد پایان داد.
لوکا بوناچیچ از سرمربیگری تیم فوتبال ذوب آهن استعفا کرد.