دی ماه سال 1388 چند روز پس از آن که محافل و رسانه‌ها از انتصاب حجت الاسلام قاضی عسگر از سوی رهبر معظم انقلاب به عنوان نماینده ولی فقیه و سرپرست حجاج ایرانی خبر دادند، ناگهان خبر استعفا از نمایندگی و خانه نشینی روح الله حسینیان نیز در محافل پیچید و روز بعد از آن اعلام رسمی شد.
آن روزها رسانه‌ها همزمان با اعلام خبر استعفای حسینیان، از ارتباط این خانه نشینی با انتصاب حجت الاسلام قاضی عسگر به سمت نماینده ولی فقیه و سرپرست حجاج ایرانی خبر دادند و روزنامه اعتماد چند روز بعد در گزارشی در مورد بازگشت حسینیان به مجلس نوشت که رفع سوءتفاهماتی درباره انتقاد حسینیان از نصب قاضی عسگر به عنوان جانشین محمدی ری شهری نماینده ولی فقیه در سازمان حج و زیارت از جمله دلایل این بازگشت است.
همان زمان در برخی محافل سیاسی گفته می‌شد که حسینیان علاوه بر اینکه آقای قاضی عسگر را اصولگرا نمی‌دانسته چون خود را به آیت الله ری شهری نزدیکتر می‌دیده، انتصاب خود را گزینه شایسته تری برای سرپرستی حجاج ایرانی می‌دانسته است.
عدم حضور او در میان اعضای فراکسیون انقلاب اسلامی برای دیدار با رهبری در 21 دی ماه 1388 این گمانه را تقویت کرد. و حتی نشریه 9 دی که اخیرا راضی به انتشار متن سخنان رهبری در آن جلسه شده است، در میان نام نمایندگان حاضر در دیدار با رهبری، نامی از روح الله حسینیان که در آن هنگام پنجمین روز خانه نشینی اعتراضی خود را می‌گذراند، نبرده است.
در این قریب به 2 سال حسینیان همواره در مقام تکذیب این امر سخن می‌گفت.
وی چندی پیش در گفتگویی با خبرگزاری فارس تلاش کرد توضیحی در این مورد بدهد. حسینیان البته در این مصاحبه هم به صراحت اعتراض آن روزهای خود، نسبت به انتصاب آقای قاضی عسگر از سوی رهبری را تایید کرده است.
وی درپاسخ به این سؤال که برخی در رابطه با شما این سوال را مطرح می‌کنند که شما در جریان انتصاب حجت‌الاسلام قاضی‌عسکر، نسبت به این انتصاب اعتراض داشته و بر این اساس استعفا کرده‌اید، نظر خودتان چیست، گفت:"اینکه بنده در رابطه با انتخاب حجت‌الاسلام قاضی‌عسکر استعفا کرده‌ام، یک تهمت است؛ بنده در رابطه با انتصاب وی حرف‌هایی داشتم اما زمانی که جواب گرفتم، قانع شدم. این مسئله هیچ ارتباطی با مقامات عالی‌رتبه نظام ندارد و این‌ها چیزهایی است که برخی می‌تراشند چرا که هیچ نقطه ضعفی پیدا نمی‌کنند لذا موضوعاتی برای ما درست می‌کنند."
وی افزوده است:"بنده در متن استعفانامه خود هم نوشته بودم که این استعفا در اعتراض به رؤسای دفاتر لاریجانی و احمدی‌نژاد و به خاطر وامی که داده بودند، درخواست شده است."
با این حال اما در اعترافی جالب وی دیروز در پاسخ به خبرنگار مهر که از درباره ابهامات و اشکالات مطرح شده از سوی برخی درمورد استعفای وی در خصوص حکم آقای قاضی عسگرنماینده ولی فقیه درسازمان حج و زیارت پرسی،گفت:«اشکالات به این اقدام بنده وارد است. اعتراف می‌کنم که اشتباه کردم و بنابراین اشکال مردم ویا هرکس دیگر به بنده در این خصوص وارد است.»
