در شورای‌عالی فضای مجازی حتی رئیس‌جمهوری نیز جایگاه و اختیارات ویژه‌ای ندارد. مطابق آیین‌نامه شورای‌عالی فضای مجازی، رئیس‌جمهوری در این شورا همان یک رأی را دارد که یک عضو حقیقی این شورا، یا مثلاً رئیس سازمان تبلیغات دارد.
روزنامه ایران در یادداشتی با عنوان «محاکمه بی‌ادله آقای وزیر» به بررسی جایگاه رئیس‌جمهور و وزیر ارتباطات در موضوع رفع فیلترینگ پرداخته است.
این روزنامه در این زمینه نوشت: وقتی فیلترشدن همه سکو‌های خارجی در اختیار یا تصمیم وزارت ارتباطات نبوده است، آیا رفع فیلتر آنها می‌تواند در اختیار این وزارتخانه باشد؟ یعنی وقتی شورای عالی امنیت ملی یا شورای امنیت کشور، زیر نظر وزارت کشور، تصمیمی را به این وزارتخانه ابلاغ می‌کنند، این وزارتخانه می‌تواند همان زمان یا سال‌های بعد، برخلاف نظر این «نهاد‌های فرادستی» تصمیم بگیرد؟
اگر این‌گونه بود، دیگر نیازی نمی‌بود که دولت چهاردهم مسأله رفع فیلترینگ را در شورای عالی فضای مجازی دنبال کند.
نکته اینجاست که در این شورا حتی رئیس‌جمهوری نیز جایگاه و اختیارات ویژه‌ای ندارد. مطابق آیین‌نامه شورای عالی فضای مجازی، رئیس‌جمهوری در این شورا همان یک رأی را دارد که یک عضو حقیقی این شورا، یا مثلاً رئیس سازمان تبلیغات.
حتی رئیس‌جمهوری نمی‌تواند دبیر این شورا را با نظر خود تغییر دهد و نیازمند امضای چند عضو، رأی‌گیری در شورا و در نهایت تأیید رهبر معظم انقلاب است. به این ترتیب و البته براساس آیین‌نامه شورای عالی فضای مجازی، جایگاه دبیر این شورا حتی از وزیر ارتباطات هم مهم‌تر است.
زیرا وزیر ارتباطات هم مانند رئیس‌جمهوری فقط یک رأی دارد که می‌تواند در شورا اعمال کند. این درحالی است که تصمیمات و طرح‌ها همه در دبیرخانه تنظیم شده و به صحن شورا ارائه می‌شود. آیین‌نامه داخلی شورای عالی فضای مجازی که در دهم تیرماه ۱۳۹۱ تصویب شد اکنون در پایگاه اطلاع‌رسانی مرکز پژوهش‌های مجلس در دسترس است و منتقدان دولت یا وزارت ارتباطات می‌توانند به آن رجوع کنند.
