ماجرا از این قرار است که دو فرزند آیت الله کشته شدند اما نه با اعدام که در خانۀ تیمی. روایت است که وقتی به محمدی گیلانی خبر می‌دهند دو فرزند شما هم در خانۀ محاصره شده هستند و با آنان چه کنیم؟ فقط پاسخ می‌دهد: مانند دیگران.
درگذشت مهندس عباس امیر انتظام معاون نخست وزیر و سخن‌گوی دولت موقت که با حکم آیت الله محمدی گیلانی به اتهام جاسوسی محکوم به حبس‌ابد شد و در اجرای آن 17 سال زندانی یا تحت نظر و بقیه عمر در مرخصی استعلاجی بود، موجب شده بار دیگر نام آیت الله محمد محمدی گیلانی برسر زبان ها بیفتد.
حاکم شرع سابق اما به خاطر یک موضوع دیگر نیز شهرت داشت زیرا درباره اش می‌گفتند که شخصا حکم اعدام دو فرزند خود را صادر کرده بود. موضوعی که پیش از این بارها تکذیب شده است.
ماجرا از این قرار است که دو فرزند آیت الله کشته شدند اما نه با اعدام که در خانۀ تیمی. روایت است که وقتی به محمدی گیلانی خبر می‌دهند دو فرزند شما هم در خانۀ محاصره شده هستند و با آنان چه کنیم؟ فقط پاسخ می‌دهد: مانند دیگران.
پس از سال‌ها اما حالا محمد جواد صراف زاده - نوادۀ آیت‌الله محمدی گیلانی در یادداشتی که «تاریخ ایرانی » منتشر کرده توضیحات دقیق‌تری داده و نوشته است:
"داستان محکومیت فرزندان به اعدام و حتی اجرای آن توسط خود پدر هم در راستای تخریب آیت‌الله گیلانی ساخته و پرداخته شد و متاسفانه علیرغم توضیحات مکرر خانواده و دوستان و همراهان نظیر آنچه جناب حجت‌الاسلام‌والمسلمین آقای نیری قائم‌مقام وقت ریاست دادگاه‌های انقلاب اسلامی در روزنامه جمهوری اسلامی هشتم مهر ۱۳۹۱ به آن پرداختند، هنوز هم به دلایل خاص سیاسی این دروغ بزرگ روایت می‌شود. در حالی که حقیقت ماجرا کاملا در تضاد با داستان ساخته و پرداخته شده مذکور می‌باشد. حضرت آیت‌الله گیلانی در پاسخ به این پرسش که در صورت مواجهه با فرزندان شما در خانه تیمی و یا درگیری چه عکس‌العملی نشان دهیم؟ گفته بودند همان کاری که در حال انجام وظیفه و در موارد مشابه انجام می‌دهید بدون اینکه در نظر بگیرید طرفتان فرزند چه کسی است.
در نهایت هم عمر فرزندان آیت‌الله به محاکمه نرسید تا حکمی صادر شود و اعدام شوند و هر دوی آنان در درگیری مسلحانه کشته شدند. از سوی دیگر در صورت دستگیری هم بسیار بعید بود که توسط پدر محاکمه شوند چراکه پیش از آن و در قضیه سعادتی به دلیل دوستی وی با فرزندانشان و دوری از هرگونه شائبه به پیشنهاد شهید آیت‌الله قدوسی محاکمه وی توسط شخص دیگری انجام شد. این واکنش به حق و عادلانه اما توسط دشمنان و حتی دوستان انقلابی برای دستیابی به اهداف خاص تحریف و مقلوب گردید."
