روزنامه کیهان نوشت: دهم آبان‌ماه ۱۳۵۸ آیت‌الله سید محمدعلی قاضی طباطبایی به هنگام شب و بعد از نماز عشاء در مسجد شعبان (مسجدی که سال‌های طولانی در آن نماز اقامه کرده و امام جماعت بود)، به همراه حاج شیخ علی خیابانی (از مبارزان تبریزی) از مسجد خارج شد و در خیابان‌های تبریز تحت تعقیب تروریست‌ها قرار گرفت.
محمد متحدی تروریستی با نام مستعار مهدی، با یک موتور سوزوکی ۱۲۵ پس از مدتی تعقیب در تقاطع خیابان شاهپور، از اتومبیل حامل آیت‌الله قاضی سبقت گرفت و با روشن کردن چراغ راهنما به تروریست دیگر به نام مسعود تقی‌زاده علامت داد که در فاصله ۲۰۰ متری کوچه محل قرار در همان خیابان به همراه تروریست سوم (مشهدی مصطفی) ایستاده بود. در همین هنگام برق خیابان قطع شد و با علامت تروریست اول، تقی‌زاده به سمت سر خیابان حرکت کرد و در آستانه کوچه یاد شده به ماشین آیت‌الله رسید و با شلیک ۳ گلوله به سمت وی، ایشان را هدف قرار داد و به طرف موتور متحدی فرار کرد.
از ۳ گلوله، دو تایش (یکی به سر و دیگری به‌شانه) آیت‌الله قاضی اصابت نمود. در این لحظات آخرین کلامی که از زبان آیت‌الله خارج شد، خطاب به حاج شیخ علی بود. ایشان با حالی نزار فرمود:
«حاج شیخ علی سنه بی‌شی اولمادی؟» (حاج شیخ علی به تو چیزی نشد؟)
یعنی در لحظه آخر عمر نیز بیش از خود، نگران همراهش بود.
مسعود تقی‌زاده سوار بر موتور محمد متحدی از محل گریخت. جلیل محمد پوران حلاج، محافظ آیت‌الله قاضی از اتومبیل پیاده شد و در آن تاریکی شب به سمت تروریست‌ها شلیک کرد که به دلیل نداشتن دید کافی، گلوله‌هایش به آن‌ها برخورد نکرد.
متحدی بعد از مسافتی تقی‌زاده را پیاده کرد و او هم بعد از مدتی به خانه همان مشهدی مصطفی در کوچه صدر رفت. مشهدی مصطفی، مسئولیت پخش اطلاعیه ترور آیت‌الله قاضی را داشت.
مسعود تقی‌زاده و محمد متحدی، تروریست‌هایی از گروهک فرقان بودند که پس از اعدام سران این گروهک سعی در بازسازی آن داشته و پس از به شهادت رساندن آیت‌الله قاضی در ترور‌های ناموفق عبدالمجید معادیخواه، آیت‌الله عبدالکریم موسوی تبریزی و آیت‌الله ربانی شیرازی شرکت داشتند. آخرین عملیات آن‌ها با همکاری گروهک تروریستی منافقین و یکی از عوامل آن‌ها به نام محمدجواد قدیری در ۶ تیرماه ۱۳۶۰ و بمب‌گذاری در مسجد ابوذر تهران برای به شهادت رساندن حضرت آیت‌الله خامنه‌ای بود.
پس از ناموفق بودن انفجار بمب در مسجد ابوذر، قدیری متواری شد و تقی‌زاده و متحدی دستگیر شدند، اما حتی مجازات آن‌ها در بهمن ۱۳۶۰ و در همان محل نماز جمعه‌ای که هر هفته، آیت‌الله قاضی به امامتش می‌ایستاد، نتوانست ذره‌ای از غم فقدان ایشان را تسکین دهد.
آیت‌الله سید محمدعلی قاضی طباطبایی از سال‌های دور در زمره مبارزان و انقلابیون خستگی‌ناپذیر خطه آذربایجان بود که حتی دشمنانش او را ستایش کرده و لقب «خمینی آذربایجان» را به ایشان داده بودند. سندی از ساواک حکایت از همین موضوع است:
«تاریخ: ۲۲/۱۱/۱۳۵۳
موضوع: آیت‌الله سید محمدعلی قاضی
نامبرده بالا، که ساکن شهرستان تبریز، خیابان مقصودیه و معروف به خمینی آذربایجان می‌باشد،.
نظریه شنبه: ۱- نامبرده فوق از طرفداران سرسخت خمینی می‌باشد...» ۳
سید محمدعلی قاضی طباطبایی مبارزه و زندان و تبعید را از خیلی سال‌ها قبل تجربه کرده بود، هنوز نوجوانی ۱۶ ساله بود که، به دستور رضاخان، همراه پدر مبارزش راهی تبعیدگاه گردید. این نخستین تجربه مبارزاتی سید محمد علی بود.
او تحصیلات مقدماتی علوم دینی را در مدرسه طالبیه نزد پدر و عمویش آموخت. سپس برای تحصیل در حوزه علمیه قم به شهر قم مهاجرت کرد. اقامت او در شهر قم به مدت ده سال به طول انجامید. ۴ وی در این مدت در درس‌های آیات و مراجع عظام همچون مرعشی نجفی، سیدمحمد حجّت، سیدصدرالدین صدر، سیدمحمدرضا گلپایگانی، عبدالنبی عراقی و سید حسین بروجردی حضور داشت.۵ پس از آن به نجف رفت و در دروس علما و مراجع دیگری مانند عبدالحسین رشتی، میرزا باقر زنجانی، سید حسن بجنوردی، سیدمحسن حکیم، سید ابوالقاسم خویی و شیخ محمد حسین کاشف‌الغطاء شرکت کرد.۶
در آن سال‌ها حضرت امام خمینی از برجسته‌ترین اساتید حوزه علمیه قم به شمار می‌آمدند و در رشته فلسفه دو کتاب مهم «شرح منظومه» و «اسفار» را تدریس می‌کردند. تبحر علمی و روش تدریس و همچنین خصوصیات ارزشمند اخلاقی و منش‌های والای روحی امام، باعث شده بود که حوزه تدریس ایشان پرجمعیت‌ترین دروس حوزه باشد.
سید محمدعلی قاضی طباطبایی با شور و شوق وصف‌ناپذیری در این دو درس امام شرکت می‌جست و از همان زمان رابطه نزدیک و پیوند عمیقی بین او و امام برقرار شد. وی ضمن استفاده‌های علمی، با بهره‌جویی از افکار عمیق و ناب استادش، با آرمان‌های انقلاب اسلامی ایشان آشنا شد.
از همین روی در زمانی که امام خمینی در سال ۱۳۴۱ عَلَم مبارزه علیه رژیم شاه برافراشتند، آیت‌الله قاضی طباطبایی با سخنرانی‌های روشنگرانه و پخش اعلامیه‌های امام، سهم مهمی در آوردن مردم تبریز به صحنه مبارزه داشت. به دنبال همان سخنرانی‌ها بود که دستگیر و به پادگان زرهی تهران و سپس به زندان قزل‌قلعه منتقل شد و پس از آن همواره زیر نظر و مراقبت شدید ماموران ساواک قرار داشت.
او به خاطر همین مبارزاتش، سال‌های بسیاری از عمر پربرکت خود را در زندان‌ها و تبعیدگاه‌های شاه سپری نمود. ازجمله در ۳۰ آذرماه ۱۳۴۷ که پس از نماز عید فطر و سخنرانی در خطبه‌های آن نماز علیه شاه و اسرائیل، دستگیر و به بافت کرمان تبعید گردید.۷
آیت‌الله قاضی در همان تبعید نیز به دلیل سرپیچی از دستورات ماموران ساواک از بافت کرمان به زنجان تبعید شد و کوله‌بار تبعید را از شهری به شهر دیگر برکشید.۸
در طول دوران نهضت امام به‌خصوص طی سال‌های اوج‌گیری آن، «مسجد شعبان» تبریز، محور مبارزه در آذربایجان شرقی و کانون نهضت بود که آیت‌الله قاضی طباطبایی امامت آنجا را برعهده داشت. او علاوه بر پیشگامی در مبارزه و انقلاب، شخصیتی فوق‌العاده محبوب و مورد احترام بود و به همین دلیل توطئه‌های دشمنان نهضت، علیه ایشان مؤثر نمی‌افتاد. نفوذ ایشان به حدی بود که اگر روزی را در آذربایجان تعطیل اعلام می‌کرد بدون شک آن روز همه جا به حال تعطیل در می‌آمد. به همین دلیل ساواک با صرف بودجه‌های ویژه، جریانات مخالف ایشان در تبریز را تقویت می‌کرد تا اثرات فعالیت‌های ایشان را در زمینه‌سازی برای انقلاب خنثی کند.
آیت‌الله شهید قاضی جزو اولین کسانی بود که در آذربایجان اعلامیه خلع شاه از سلطنت را امضا کرد. در ماه‌های اوج‌گیری نهضت در سال‌های ۵۶ و ۵۷، رهبری جریانات مختلف مبارزه که با نهضت امام در ارتباط بودند، برپایی تظاهرات و تشکیل مجالس، همه و همه بر عهده این شهید بزرگوار بود و ایشان اولین فردی بود که اعلامیه مراسم ۲۹ بهمن ۵۶ برای بزرگداشت چهلم شهدای قیام ۱۹ دی قم را امضا کرد.
آیت‌الله محسن مجتهد شبستری درباره نقش آیت‌الله قاضی طباطبایی در شکل‌گیری قیام ۲۹ بهمن تبریز ۱۳۵۷ اظهار داشته است:
«.. جلساتی ایشان داشتند با چند نفر از علمای طراز اول تبریز... مردم را دعوت می‌کنند به اینکه یک مجلس بزرگداشتی برای چهلم شهدای قم برگزار بشود، شهربانی مانع شده و در مسجد را می‌بندد و این سبب می‌شود که قیام ۲۹ بهمن تبریز به‌وجود بیاید...» ۹
آیت‌الله قاضی طباطبایی پس از پیروزی انقلاب اسلامی و در مرداد ماه ۱۳۵۸ طی حکمی از سوی حضرت امام، به عنوان نماینده ایشان در استان آذربایجان شرقی و امام جمعه تبریز منصوب گردید و هر هفته با حضور در مراسم باشکوه نماز جمعه به ایراد خطبه و ارشاد و راهنمائی مردم می‌پرداخت.
آیت‌الله مجتهد شبستری از فعالیت‌های پس از پیروزی انقلاب آیت‌الله شهید چنین روایت می‌کند:
«.. بزرگ‌ترین و مهم‌ترین کمیته، کمیته‌ای بود که ایشان تشکیل داده بود و زیر نظر ایشان اداره می‌شد و امنیت تبریز و آذربایجان به وسیله همین کمیته‌ها انجام می‌گرفت...» ۱۰
از همین روی بود که پس از شهادت آیت‌الله قاضی طباطبایی، گروهک تجزیه‌طلبی موسوم به خلق مسلمان سر برآورد و با ایجاد اغتشاش و آشوب و حملات مسلحانه به مراکز انقلاب، سعی در جدا ساختن آذربایجان از ایران داشت که با حضور قدرتمندانه آیت‌الله مدنی به عنوان امام جمعه تبریز و نماینده حضرت امام در آذربایجان شرقی و همچنین ایستادگی مردم مقاوم آن دیار، باز هم نقشه‌هایشان به هم ریخت.
حضرت امام خمینی رحمت‌الله علیه به مناسبت شهادت آیت‌الله سید محمدعلی قاضی طباطبایی پیامی صادر کردند که در بخشی از آن آمده بود:
«.. ضایعه ناگوار شهادت عالم مجاهد حجت‌الاسلام والمسلمین آقای حاج سید محمدعلی قاضی طباطبایی رحمت‌الله علیه را به عموم مسلمانان متعهد و علمای اعلام مجاهد و مردم غیور مجاهد آذربایجان و خصوص بازماندگان این شهید سعید تسلیت عرض و از خداوند متعال صبر انقلابی برای مجاهدین راه حق و اسلام خواستارم. ملت عزیز برومند ایران و آذربایجانیان غیرتمند عزیز باید در این مصیبت‌های بزرگ که نشانه شکست حتمی دشمنان اسلام و کشور و عجز و ناتوانی و خودباختگی آنان است، هر چه بیشتر مصمم و در راه هدف اعلای اسلام و قرآن مجید بر مجاهدات خود افزوده و از پای ننشینید تا احقاق حق مستضعفین از جباران زمان بنمایند...»
