مهرداد خانبان پس از پنج فصل موفق و کسب جام‌های زیاد در پرسپولیس به دلیل اختلاف نظر با سرمربی در مورد چگونگی ایفای نقش در کادر فنی از پرسپولیس جدا شد.
مهرداد خانبان که در پرسپولیس سابقه همکاری با افشین قطبی، افشین پیروانی، نلو وینگادا، گابریل کالدرون، یحیی گل‌محمدی و اوسمار ویرا را در کارنامه دارد پس از سال‌ها حضور در نیمکت پرسپولیس امروز از این تیم جدا شد.
او که در دوران حضور کارلوس کی‌روش تا پیش از مرحله جام جهانی ۲۰۱۸ نیز با این کادر همکاری داشت در صعود تیم ملی به جام جهانی ۲۰۲۲ هم دستیار دراگان اسکوچیچ بود.