همچنین روش و ضوابط اجرایی شیوه نامه فوق به این صورت است که پذیرش دانشجو از طریق شیوه استاد محور در رشته‌هایی از دوره دکتری تخصصی دانشگاه‌ها امکان دولتی امکان‌پذیر است است که ظرفیت رشته مورد نظر حداقل ۳ نفر باشد.
به گزارش ایسنا، همچنین تعداد داوطلبان قابل پذیرش به شیوه استاد محور در هر رشته محل بسته به تعداد اعضای هیات علمی مشمول این شیوه نامه حداکثر تا سقف ۳ نفر تعیین شده است.
پذیرش داوطلبان بر اساس شیوه نامه به صورت مازاد و ظرفیت تعیین شده در دانشگاه‌ها و موسسات آموزش عالی است بنابراین دانشگاه موظف است حداقل به میزان ۲۰ درصد ظرفیت پذیرش دکتری تخصصی را به سوی استاد محور پذیرش کنند.
در بند ۳ شیوه‌نامه مصوب و نهایی «پذیرش دانشجو به روش استاد محور» آمده است که اعضای هیات علمی دارنده عنوان استاد نمونه کشوری، سرآمدان آموزشی، پژوهشی و فناوری کشور و دانشمندان ۱ درصد و ۲ درصد مستخرج از پایگاه‌های بین المللی، برگزیدگان جشنواره‌های پژوهشی مانند فارابی، خوارزمی، رازی و نظایر آن‌ها و منتخبین جشنواره‌های آموزشی پژوهشی و فناوری یا غیر با مرتبه استاد و دانشیاری می‌توانند با استفاده از شیوه نامه دانشجویان دوره دکتری تخصصی را در چارچوب ضوابط پذیرش کنند.
همچنین در این شیوه استاد پذیرنده به عنوان استاد راهنمای دانشجو تعیین می‌شود و باید موضوع رساله دکتری دانشجو را به هنگام اعلام ظرفیت دانشگاه و حسب مورد بر اساس تایید شورای آموزشی و پژوهشی دانشکده و یا دانشگاه در سامانه نظام ایده‌ها و نیاز‌های "نان" ثبت کنند.
سازمان سنجش آموزش کشور نیز موظف است در دفترچه انتخاب رشته دوره‌های دکتری تخصصی، مشخصات استاد پذیرنده به همراه عنوان طرح تحقیقاتی موضوع رساله را به صورت یک کد رشته/ محل درج کند و در زمان انتخاب رشته/ محل مرتبط به دانشگاه رشته و استاد راهنما را بر اساس اولویت‌های خود انتخاب می‌کنند.
سازمان سنجش همچنین پس از برگزاری آزمون مرحله اول و بر اساس نمره‌های کسب شده در آزمون و اولویت‌های انتخابی داوطلبان به ازای هر کد رشته-محل مربوط به شیوه استاد محور چهار نفر از داوطلبان را برای انجام مرحله دوم پذیرش به دانشگاه‌ها معرفی می‌کند استان پذیرنده پس از انجام مرحله دوم آزمون مطابق با دستورالعمل‌های مربوطه نمره کسب شده توسط هر یک از داوطلبان را به دانشگاه اعلام کند و دانشگاه نمرات اخذ شده توسط داوطلبان را به سازمان سنجش آموزش کشور ارسال می‌نماید.
بر اساس شیوه‌نامه مصوب و نهایی «پذیرش دانشجو به روش استاد محور»، تا زمان اعلام رسمی پذیرفته شدگان توسط سازمان سنجش، دانشگاه و استاد پذیرنده حق هیچ گونه اطلاع به داوطلبان ندارد و نتایج محرمانه قلمداد می‌شود.
سازمان سنجش پس از تکمیل فرایند‌های مربوطه و بر اساس اولویت‌های انتخابی داوطلب در صورت قبولی در رشته محل انتخاب شیوه استاد محور نتیجه را به داوطلب و دانشگاه علامه می‌کند پس از قبولی داوطلب بر اساس شیوه نامه استاد محور در صورتی که به هر دلیلی ادامه فعالیت استاد پذیرنده عنوان استاد راهنمای رساله دانشجویان امکان‌پذیر نباشد انتخاب استاد راهنمای جدید که تا حد امکان حائز شرایط استاد پذیر باشد پس از تصویب در گروه آموزشی، شورای آموزشی و پژوهشی دانشکده و شورای آموزشی و تحصیلات تکمیلی دانشگاه‌ها امکان پذیر خواهد بود.
دانشگاه نیز وضعیت از حداکثر یک ماه پس از تصمیم گیری در مورد تغییر استاد راهنما موضوع را به صورت مکتوب به معاونت آموزشی وزارت علوم اعلام کنند.
داوطلبانی که با استفاده از شیوه‌نامه «پذیرش دانشجو به روش استاد محور» پذیرفته می‌شوند و باید با استاد پذیرنده دارای رابطه نسبی به‌سر می‌باشند در صورت صورت اثبات رابطه نسبی یا سببی داوطلب و استان پذیرنده در هر مرحله از تحصیل دانشجو از تحصیل محروم خواهد شد.
مسئولیت حسن اجرای شیوه نامه بر عهده دانشگاه‌ها و سازمان سنجش گذاشته شده است شرح و تفسیر مفاد آن بر عهده معاونت آموزشی و نظارت بر حسن اجرای را بر عهده مرکز نظارت ارزیابی و تضمین کیفیت وزارت علوم خواهد بود.