شجونی خبر داد، بسیاری از آيات عظام برای نشان دادن مخالفت خود با برخی جریان‌ها در دولت به درخواست دیدار دولتی ها جواب منفی می دهند.
حجت الاسلام شجونی، عضو جامعه روحانيت مبارز در گفتگو با خبرگزاری ایلنا، ضمن تاكيد بر اهميت روحانيون، رابطه فعلي دولت با اين قشر را راضي كننده ندانسته و گفت: «متاسفانه برخي از حاشيه‌هاي آزاردهنده‌اي كه در دولت احمدي‌نژاد ديده مي‌شود، موجب شده تا علما و مخصوصا مراجع عظام نخواهند رابطه خوبي با دولتي‌ها داشته باشند. به همين دليل است كه خيلي از آيات عظام حتي به درخواست ديدار دولتي‌ها جواب منفي مي‌دهند تا به نوعي مخالفت خود با برخي از جريان‌هاي مشاهده شده در دولت را اعلام كند».
این عضو جامعه روحانيت مبارز همچنین با اشاره به هشدار مقام معظم رهبري در مورد جرياني كه دنبال اسلام بدون روحانيت است، اين پديده را پديده‌اي خطرناك و البته قديمي عنوان مي‌كند.
حجت‌الاسلام جعفر شجوني در گفت‌وگو با خبرنگار ايلنا، در رابطه با هشدار رهبري انقلاب نسبت به اسلام بدون روحانيت، اظهار داشت: «اينكه عده‌اي ملي‌گرا كه تعصب چنداني به دين ندارند، دنبال اين هستند تا دست روحانيون را از سياست و امور اجرايي كوتاه كنند، امري است كه از روزهاي اول انقلاب ملموس بود».