چاپ نامه محرمانه سعید امامی به قربانعلی دری‌نجف‌آبادی، وزیر وقت اطلاعات، کافی بود تا روزنامه «سلام» توقیف شود. سعید امامی در آن نامه با ابراز نگرانی از قانون جدید مطبوعاتی و وضع فرهنگی کشور، خواستار محدودیت‌هایی برای اهالی قلم و ساماندهی و کنترل فضای فرهنگی کشور شده بود.
شرق در ادامه نوشت: او همچنین با ذکر نام چند نویسنده ازجمله محمد مختاری (که چند ماه بعد از تاریخ این نامه در قتل‌های زنجیره‌ای به قتل رسید) با اعلام اینکه آن‌ها مشکلاتی امنیتی ایجاد می‌کنند، خواسته بود که ترتیبی اتخاذ شود تا نویسندگان، مترجمان و گزارشگران مطبوعات درباره نوشته‌های خود پاسخ‌گو باشند. در جریان محاکمه سلام به جز مدعی‌العموم چهار شاکی دیگر نیز حضور داشتند: محمود احمدی‌نژاد، کامران دانشجو، مهدی‌رضا درویش‌زاده و حمیدرضا ترقی.
«سلام» توقیف شد تا عاملی شود برای برگزاری تجمعی اعتراضی در محوطه کوی دانشگاه. در ابتدای تجمع، شعار‌ها قدری رنگ و بوی تند به خود گرفته بود، اما در ساعات پایانی شب عملا بدون حاشیه و به آرامی پایان یافت، با این حال بامداد روز ۱۸ تیر بود که گروهی از نیرو‌های لباس‌شخصی با همراهی برخی مأموران، ضمن حمله به کوی دانشگاه، دانشجویان را مورد ضرب و شتم قرار دادند و عده‌ای را بازداشت کردند.
این حمله موجی از اعتراضات را در دانشگاه تهران و پس از آن تبریز، ایجاد کرد. ماجرا در روز‌های بعد با خروج دانشجویان از محیط کوی به ناآرامی‌هایی در سطح تهران تبدیل شد و در پی ورود گروه‌هایی کار به درگیری کشید و طبق گزارش‌های رسمی، دانشجویی به نام عزت ابراهیم‌نژاد در جریان درگیری‌ها کشته شد.
سید‌محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت، پس از حمله به کوی در پایان جلسه کمیته ویژه شورای عالی امنیت ملی کشور در ۲۲ تیر که برای پیگیری حوادث کوی دانشگاه تهران برگزار شده بود، در گفتگو با خبرنگار صداوسیما گفت: «حادثه کوی دانشگاه فوق‌العاده تلخ بود. البته من نظر خود را پیش از این اعلام کرده‌ام. این حرکت و اهانت به دانشگاه و محیط علم و برخورد خشونت‌آمیز با دانشجویان برای همه ما غیرقابل تحمل بود و به این جهت، بلافاصله کمیته ویژه‌ای از طرف دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد و به تأیید رهبر معظم انقلاب رسید و کار خود را با جدیت ادامه داده و میدهد».
او تأکید کرد که «در برخورد با عوامل این حادثه جدیت دارم و امیدوارم در آینده بتوانم با تفصیل و تحلیل بیشتر در‌این‌باره صحبت کنم. حادثه‌ای که پنجشنبه‌شب رخ داد، بعد از یکی، دو روز، جریان انحرافی در آن پیدا شد و به نظر من این جریان خیر کشور را نمی‌خواهد و هدفش لطمه‌زدن به اصل نظام و ایجاد آشوب و تشنج در جامعه است.
خوشبختانه جامعه دانشجویی برائت خود را از این جریان اعلام کرد؛ زیرا رفتار‌های انجام‌شده با هیچ‌یک از موازین سازگار نیست. علاوه بر آن مشخص شد که عده‌ای از دستگیرشدگان دانشجو نیستند و قطعا سوءاستفاده‌ای از این جریان می‌شود. اصولا جریان آشوب برخلاف مصالح نظام و ملت و شعار‌ها و سیاست‌های دولت است.
دولتی که شعارش مقابله با هرگونه خشونت و آشوب‌طلبی است. این جریانات در مقابل دولت و به‌خصوص شعار توسعه سیاسی دولت قرار دارد. کار‌هایی که آشوب‌طلبان انجام می‌دهند، خیری در آن نیست. باید در برابر کسانی که به اموال عمومی آسیب می‌رسانند و برای شهروندان مزاحمت ایجاد می‌کنند، ایستاد.
به خاطر سیاست‌های دولت و مصالح نظام می‌کوشیم که با این خشونت‌ها با خشونت برخورد نشود و تلاش می‌شود که این اقدام با روش‌های قانونی صورت گیرد. ایجاد آشوب و اغتشاش کار دشواری نیست. می‌خواهیم یاد دهیم که با خشونت نیز می‌توان بدون خشونت برخورد کرد.
مطالبی که مطرح می‌شود و شعار‌های تحریک‌کننده علیه ارزش‌های نظام که همراه با شعار‌های فریب‌دهنده در حمایت از دولت سر داده می‌شود، برای ایجاد تفرقه و زمینه آشوب در جامعه است. ملت شریف ایران گول نمی‌خورد. من از مردم که این روز‌ها تا حدودی آرامش‌شان در بعضی از نقاط تهران به هم خورد، معذرت می‌خواهم و اطمینان می‌دهم که این حرکت‌ها ادامه پیدا نکند و از ملت شریف ایران می‌خواهم که هرچه بیشتر از این جریانات دور باشند تا دولت راحت‌تر در این زمینه عمل کند و مطمئن باشند که این مسئله به لطف خدا خاتمه پیدا خواهد کرد».
خاتمی در پنجم مرداد همان سال هم در سخنرانی‌ای که در دیدار با مردم همدان انجام داد، گفت: «بعد از حادثه کوی دانشگاه شورش پیش آمد. شورش و بلوا در تهران، حادثه زشت و نفرت‌آوری بود که ملت عزیز و مقاوم و صبور و منطقی ما را مکدر کرد. آنچه در تهران پیش آمد، لطمه به امنیت ملی بود؛ تلاشی بود برای برهم‌زدن آرامش مردم شریف و تخریب اموال عمومی و خصوصی و بالاتر از آن، اهانت به نظام و ارزش‌های آن و مقام معظم رهبری.
آنچه پیش آمد، حادثه ساده‌ای نبود؛ تلاشی بود برای مرزشکنی و برای ابراز کینه‌توزی علیه نظام که نه رابطه‌ای با این ملت شریف داشت و نه نسبتی با دانشگاه و دانشگاهیان. حادثه شورش، یک حرکت کور، یک بلوا، یک حرکت ضد امنیتی، با شعار‌های منحرف‌کننده بود که به نظر من برای مخدوش‌کردن شعار‌های مطرح‌شده در دوران جدید ریاست‌جمهوری به وجود آمد.
تحریک احساسات مردم متدین و دلسوز و وطن‌خواه که تاب تحمل حمله به ارزش‌ها، رهبری و مقدسات خود را ندارند، فقط از آن جهت صورت گرفت که ملت به خشونت واداشته شود. درواقع این شورش، نه‌تن‌ها یک اقدام ضد امنیتی بود بلکه اعلام جنگی بود به رئیس‌جمهور و شعار‌های او. به یاری خداوند این بلوا خاموش شد».
پس از حادثه کوی دانشگاه مصطفی معین، وزیر علوم وقت در اعتراض به برخورد با دانشجویان از سِمت خود استعفا داد و سال‌ها بعد در گفت‌وگویی در شرح آنچه گذشت گفت «عصر ۱۸ تیر بنده و جمعی از معاونان، آقای موسوی‌لاری وزیر وقت کشور و معاونانش و دکتر فرهادی دسته‌جمعی برای سرکشی به کوی دانشگاه تهران رفتیم.
آنجا وزیر کشور وقت و قائم‌مقام وزیر اطلاعات قصد سخنرانی داشتند که به آن‌ها اجازه سخنرانی داده نشد، اما وقتی من پشت تریبون رفتم، دانشجویان سکوت کردند و وقتی از آن‌ها خواستم شب را در جای دیگری سپری کنند، آن‌ها مخالفت کردند و گفتند اینجا خانه ماست و ما جای دیگری نمی‌رویم.
من هم دیدم حق با آنهاست، گفتم پس من پیش شما می‌مانم، خودم هم شب را تا صبح در جمع‌شان ماندم. اعتراض‌ها ادامه داشت، من استعفا کردم، اما از مسئولیت که فرار نکرده بودم، در جلسات هیئت دولت و وزرا شرکت می‌کردم و پیگیر حل بحران بودم. روز بعد از استعفا اتفاق مهم و غیرقابل پیش‌بینی‌ای می‌توانست بیفتد.
یادم هست که قرار بود بعدازظهر ٢٠ تیرماه مسابقه استقلال و پرسپولیس در استادیوم آزادی برگزار شود. در جلسه هیئت دولت به رئیس‌جمهور گفتم من باید به کوی دانشگاه بروم و اگر جمعیت دانشجویان معترض به شرایط را کنترل نکنیم و ساعتی بعد با جمعیتی که به استادیوم رفته‌اند به هم برسند، ممکن است اتفاقات ناخوشایندی بروز کند. او هم موافقت کرد و من به کوی دانشگاه رفتم و تا غروب در جمع دانشجویان ماندم و با آن‌ها گرم صحبت کردم تا بیرون نروند.
ما ماجرا را کنترل کردیم و این دو جمع به هم نرسیدند. بعد از آن اتفاق سفرای ما در کشور‌های مختلف فرا خوانده شده بودند. چند روز بعد وزیر وقت امور خارجه، آقای کمال خرازی، از من دعوت کرد تا در جمع سفرا سخنرانی داشته باشم. در همان جمع سفرا گفتند بعد از استعفای شما ما نفس راحتی کشیدیم.
استعفای من در خارج از کشور تفسیر مثبتی داشت و در جمع دانشجویان هم سبب آرامش شد، اما جالب این است که گروه‌های محافظه‌کار مخالف اصلاحات، به‌ویژه گروه‌های سرخود، من را متهم به دامن‌زدن به حوادث ١٨ تیر می‌کردند تا این استعفا را تحریک‌کننده نشان دهند».
به هر روی با بحث‌ها و حرف‌های فراوان شورای عالی امنیت ملی در ۲۴ تیر درباره آنچه در ۱۸ تیر گذشت نظر خود را اعلام کرد: «مجموعه گزارش‌های رسیده و اظهارات بیان‌شده در کمیته تحقیق نشانگر آن است که بین ۲۵ الی ۳۰ نفر نیروی شخصی غیروابسته به نیروی انتظامی از فرصت استفاده کرده و وارد کوی شده‌اند. سرپرست ناحیه انتظامی تهران بزرگ اظهار می‌دارد این افراد از در دانشکده فنی وارد شده‌اند.
در این مرحله سه سرباز وظیفه جمعی یگان ویژه ناتب گروهان شهید دستغیب اظهار داشته‌اند، هنگامی که از طبقه سوم به پایین می‌آمدیم، مشاهده کردیم نیرو‌ها محل را ترک کرده‌اند و تعداد زیادی دانشجو در راه‌پله‌ها حضور دارند. آن‌ها مجددا به سمت پشت‌بام برمی‌گردند و از آنجا حضور خود را به نیرو‌های انتظامی از بالای پشت‌بام اعلام می‌نمایند. تعدادی دانشجو، با مشاهده سربازان، آن‌ها را به گروگان می‌گیرند.
نام‌بردگان اظهار می‌دارند تعدادی دانشجوی عصبی به سمت آنان حمله‌ور شده قصد ضربوشتم آن‌ها را داشته‌اند و آن‌ها را با خشونت به سمت طبقات پایین منتقل می‌نمایند. در این هنگام تعداد ۱۰ الی ۱۵ دانشجو به محافظت از سربازان می‌پردازند. این افراد به زیرزمین ساختمان ۱۴ که متعلق به انبار خوابگاه کوی بوده، انتقال داده می‌شوند. ورود یکی از افراد وابسته به گروه‌های شناخته‌شده در این زمان، آقای موسوی‌لاری از طریق معاون سیاسی استانداری نسبت به ورود نیرو به داخل کوی اطلاع یافته است.
در این فاصله مذاکرات میان مسئولان سیاسی و انتظامی صورت می‌گیرد. از جمله وزیر محترم کشور تدابیری را به جانشین ناجا اعلام می‌کند و نام‌برده نیز این تدابیر را به فرمانده حاضر در صحنه ابلاغ می‌نماید. ورود نیرو‌های شخصی غیررسمی و ضرب و شتم دانشجویان توسط این افراد بر هیجانات و عصبانیت دانشجویان فوق‌العاده افزوده است. حضور آقای (..) از افراد شاخص وابسته به گروه‌های شناخته‌شده غیررسمی، در محوطه کوی با توجه به شناخته‌شدن وی نزد دانشجویان محرک‌زا بوده است».
با وجود نظر شورای عالی امنیت ملی، اما در تمام این سال‌ها یک پرسش اساسی مطرح بوده است که مسئولیت حمله به کوی دانشگاه با چه فرد یا نهادی بوده است؟ فرهاد نظری، فرمانده نیروی انتظامی تهران در حادثه کوی دانشگاه، در کتاب خاطرات خود با عنوان «برای تاریخ» که به بررسی ابعاد حادثه ۱۸ تیر پرداخته، می‌نویسد: «فتنه تازه شروع شده بود، تا صبح خیابان‌های اطراف متشنج و در حال درگیری بود.
وزارت کشور دستور برخورد می‌داد، ولی وزیر کشور و معاونش در بین دانشجویان از نیروی انتظامی بد می‌گفتند و پلیس را مقصر می‌دانستند! دستور عدم برخورد با آشوبگران پرده دیگری از سناریوی طرفداران آشوب در بدنه دولت بود، یعنی پلیس نگاه کند، گاز اشک‌آور نزند، درگیر نشود، آشوبگران هرچه کردند باشد! چندین بانک و ماشین و اتوبوس و موتور در روز جمعه ۱۸ تیر آتش گرفت».
نظری، در تیرماه سال ۹۸ در برنامه جهان‌آرا که از شبکه افق پخش می‌شد در ارتباطی تلفنی با اشاره به ۱۸ تیر سال ۱۳۷۸ در پاسخ به این سؤال که در گزارشی که شورای عالی امنیت ملی وقت در آن زمان منتشر کرد، شخص جناب‌عالی محکوم شدید و ورود ناجا هم به کوی دانشگاه مورد اعتراض قرار می‌گرفت و کمیسیون اصل نود مجلس شورای اسلامی هم گزارش دیگری را تهیه می‌کند که نتیجه آن خلاف گزارش شورای عالی امنیت ملی وقت بوده است، گفت: «به هر حال دانشجویان عزیز ما نظر داشتند و نهایتا اعتراض کردند و درخواستی در تاریخ ۱۵ تیر مطرح کردند، آن هم از وزارت کشور وقت که سرپرستی و مسئولیت آن با آقای لاری بود.
آقای موسوی‌لاری که با حفظ سمت، مسئول کمیته امور دانشجویی بوده و وظیفه داشته است که عملیات پیشگیری از بحران را انجام دهد، امروز یک‌جانبه و ناجوانمردانه شروع به نشر اکاذیب درباره احکام قانون و برائت پلیس کرده، آن هم بعد گذشت ۲۰ سال. وزارت کشور به دانشجویان مجوز نداد و از طرفی هم روز ۱۶ تیرماه به پلیس کتبا نامه می‌دهند که هرگونه اختلالی که در محل به وجود آمد مسئولیت آن به عهده پلیس است و باید برخورد شود. در شب حادثه نیز آقای لاری وزیر وقت کشور و معاون سیاسی او دستور میدهد.
افسوس می‌خورم که فرصت کم است و‌ای کاش می‌توانستم این اسناد را در حضور ملت شریف از تلویزیون نشان می‌دادم. تا ساعت ۴ بامداد هر اختلال و اغتشاشی شد، پلیس هیچ اقدامی انجام نداد. آقای لاری از طریق فرماندهان ارشد من دستور برخورد را صادر کردند، یعنی اغتشاشگران داخل امیرآباد. اما از فردای آن روز علم حمایت از دانشجو را به دست گرفتند و تا امروز سنگ حمایت از دانشجو را به سینه می‌زنند».
چنین اتهاماتی علیه وزارت کشور دولت خاتمی با روایت احسان قاضی‌زاده‌هاشمی متوجه مصطفی تاجزاده می‌شود. او در گفت‌وگویی بیان کرده بود: «ما با این دانشجویانی که برای تسخیر وزارت کشور به سمت خیابان فاطمی رفته بودند، به سمت فاطمی رفتیم و من مشاهده کردم که این افراد درِ بزرگ آهنی وزارت کشور را از جا کندند که آقای تاجزاده آمد در وسط حیاط وزارت کشور، تاجزاده به این جماعت که حدودا ٥٠٠ تا ٦٠٠ نفری می‌شدند گفت: شما چرا آمده‌اید اینجا؟ شما چرا درِ وزارت کشور را از جا می‌کنید؟ اینجا که مال شماست. شما باید جای دیگری بروید و درِ آنجا را بکنید که این سخنان تاجزاده جهت مسیر معترضان را از خیابان فاطمی به سمت خیابانی دیگر تغییر داد و معترضان را تحریک کرد».
تاجزاده این اتهامات را رد می‌کند و می‌گوید: «درباره ۱۸ تیر چند دروغ مشخص گفته شده است؛ اول همین مطلب بوده که من به دانشجویان گفته‌ام چرا اینجا آمدید اینجا خانه خودتان است؛ اما قسمت آخر آن دروغ است. من اساسا معتقدم بزرگ‌ترین اشتباه دانشجویان خروجشان از کوی دانشگاه بود».
تاجزاده در پاسخ به این موضوع که با یکی از فرماندهان تماس گرفت و از خطر قرمز سخن گفت و ظاهرا او با شما تماس گرفت و شما با موتور به سمت دانشجویان رفتید و مسیر آن‌ها را تغییر دادید، گفت: «این هم اتهام دومی است که از من پرسیدند و گفتند شما موتور سوار شدید و به سمت دانشجویان رفتید. من آنجا گفتم اگر شما بتوانید ثابت کنید من آن روز سوار موتور شدم همه حرف‌هایم را پس می‌گیرم... موتورسواری مال روزی است که جمعه به دانشگاه رفته بودیم.
همه بچه‌ها حتی بسیجی‌های کوی را زده بودند. شبی که با دکتر معین و آقای ربیعی بچه‌ها را آرام می‌کردیم، یک‌مرتبه خبر آوردند که یک نفر کشته شد. رفتیم و دیدیم شب دوم او را زدند. در ۱۸ تیر کسی کشته نشده بود. یک نفر آمده اسلحه کشیده و او را زده بود. در فیلمش هم مشخص است که ضارب از قبل هدفش را شناسایی کرده بود».
تاجزاده در گفت‌وگویی دیگر هم بیان کرده که اصلا نیروی انتظامی به‌صورت عملی در اختیار وزارت کشور نبود: «همه می‌دانستند که وزیر کشور کاره‌ای نیست، یعنی پلیس مستقل بود و کار خودش را می‌کرد. مثل الان که فرمانداری مجوز میدهد، اما نیروی انتظامی زیر نظر او برگزاری کنسرت را لغو می‌کند. همه می‌دانند که پلیس اسما زیر نظر وزارت کشور است، اما عملا از جای دیگری دستور می‌گیرد».
او در ذکر روایت آنچه در ۱۸ تیر گذشت گفته بود: «عده‌ای از دانشجویان بین ۱۵۰ تا ۲۰۰ نفر به روال قبل که به دلایل مختلف صنفی و سیاسی در داخل کوی دانشگاه تجمع اعتراضی برپا می‌کردند و معمولا وارد خیابان کارگر شمالی می‌شدند و سپس با همراهی پلیس به خوابگاه برمی‌گشتند، این بار نیز در اعتراض به بستن روزنامه سلام در کوی تجمع کردند و بعد وارد خیابان کارگر شمالی شدند.
در این اثنا مأموران کلانتری محل در کنار دانشجویان حضور پیدا کردند و دانشجویان نیز مانند گذشته به‌صورت مسالمت‌آمیز به سمت کوی برگشتند. در آستانه ورود به کوی میراحمدی، فرمانده اطلاعات کلانتری که لباس شخصی به تن داشت، با یکی از دانشجویان درگیر می‌شود.
هنگامی که مدیر کوی برای وساطت به سمت آنان می‌آید با برخورد فرمانده مزبور به داخل جوی می‌افتد. این حرکت ناپسند سرآغاز اعتراض دانشجویان می‌شود و فضا را از حالت طبیعی تا حدودی خارج می‌کند و تنش محدودی می‌آفریند و با درایت طرفین حل می‌شود. اگر آن اتفاق نمی‌افتاد، تجمع مانند گذشته به‌صورت ساده و مسالمت‌آمیز پایان می‌یافت. هم‌زمان فرمانده ناجای تهران بزرگ با فرمانده حاضر در محل تماس می‌گیرد و می‌گوید که من دارم با یگان ویژه به محل می‌آیم.
اولین مسئله‌ای که باید روشن شود این است که او به دعوت یا دستور چه مقامی و به چه دلیلی به آنجا رفت؟ چرا در هیچ تظاهرات دانشجویی قبلی به کوی نرفته بود؟ دوم اینکه چرا به فرمانده حاضر در کوی دستور داد دانشجویان را نگه دارید تا من برسم؟ به چه دلیل باید دانشجویان را نگه می‌داشتند؟ تظاهرات که می‌شود، منطقی‌ترین کار این است که دانشجویان را قانع کنند به کوی برگردند و به تظاهرات خاتمه دهند نه اینکه نگهشان دارند تا یگان ویژه برسد.
سوم اینکه به اعتراف خود سردار نظری وقتی نیرو‌ها به کوی رسیدند، فردی با استفاده از اسم رمز ایشان در بی‌سیم یگان ویژه اعزامی اعلام می‌کند که اگر دانشجویان مقاومت کردند، از سلاح گرم استفاده کنید! آقای نظری می‌گوید من بلافاصله بی‌سیم را گرفتم و فریاد زدم که فرمانده منم و هیچ‌کس حق تیراندازی ندارد، ولی نمی‌گوید که چه کسی دستور تیراندازی به سمت دانشجویان را داد؟ به هر رو ما عصر ۱۸ تیر به کوی رفتیم تا دانشجویان را آرام کنیم، چون احتمال درگیری مجدد می‌رفت. تظاهرات پنجشنبه‌شب شکل گرفت.
نیروی انتظامی و لباس‌شخصی‌ها بامداد جمعه وارد کوی شدند و ما عصر جمعه به کوی رفتیم. همان شب با حضور ما در جلوی کوی تیراندازی شد و آقای عزت ابراهیم‌نژاد تیر می‌خورد که فیلم آن هست و شناسایی ضارب او هم خیلی کار دشواری نیست. به‌هر‌حال روشن بود که عده‌ای قصد دارند دوباره درگیری ایجاد کنند، ولی ما نگذاشتیم دانشجویان از کوی خارج شوند و بهانه به دست لباس‌شخصی‌های سازمان‌یافته و شناخته‌شده بیفتد که همچنان بیرون کوی بودند و مترصد آن که مجددا به دانشجویان حمله کنند.
بعد از جنایت مهاجمان در کوی، اعم از یگان ویژه و لباس‌شخصی‌ها، کمیته‌ای در شورای عالی امنیت ملی تشکیل شد تا به حادثه رسیدگی کند. در جلسات آن کمیته تمام ادعا‌های تندروان مبنی بر وجود یک حرکت سازمان‌یافته و از قبل برنامه‌ریزی‌شده در کوی بررسی و معلوم شد که تظاهرات مذکور صد درصد خودجوش و دانشجویی بود و هیچ جریان و حزب سیاسی در برپایی آن نقش نداشت. الان هم بعد از ۱۸ سال اقتدارگرا‌ها نتوانسته‌اند برای اثبات مدعای خود درباره ماهیت غیردانشجویی آن اجتماع مدرکی عرضه کنند.
همچنین مشخص شد که خطای اصلی را فرماندهان نیروی انتظامی و لباس‌شخصی‌ها انجام دادند؛ اسامی برخی‌شان در گزارش شورای عالی امنیت ملی آمد که چه کسانی وارد کوی شدند، تیر هوایی زدند و چگونه به ضربوشتم دانشجویان پرداختند. فرمانده نیروی انتظامی تهران بزرگ هم عزل و قرار شد همراه مهاجمان محاکمه شود».