علی مطهری در نامه‌ای به سید ابراهیم رئیسی، پیروزی او را در انتخابات ریاست جمهوری سیزدهم تبریک گفت.
متن این نامه به شرح زیر است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب حجت‌الاسلام آقای رئیسی دامت برکاته
با اهداء سلام، پیروزی جناب عالی در انتخابات خاص ریاست جمهوری ۱۴۰۰ را تبریک عرض می‌کنم. چند نکته را به عرض می‌رسانم:
۱. بحمدالله به رغم برنامه‌ریزی دراز مدت مخالفان انقلاب اسلامی، این انتخابات با توجه به شرایط موجود به نحو قابل قبولی برگزار شد، ولی باید توجه داشته باشید که با احتساب آراء باطله و آراء نامشخص در صورتی که بخشی از این آراء را نیز طبیعی تلقی کنیم حداکثرِ مشارکت در این انتخابات ۴۵ درصد بوده یعنی ۵۵ درصد از واجدان شرایط، رأی نداده‌اند. این امر که حاکی از میزان رضایت جامعه از وضع موجود است باید در محاسبات جناب‌عالی برای اصلاح امور منظور شود؛ لذا لازم است به عنوان مثال از قربانیان حوادث آبان ۹۸ و نیز قربانیان حادثه هواپیمای اکراینی دلجویی کافی را به عمل آورید.
۲. امیدوارم حضور جناب‌عالی در مسند ریاست جمهوری به حاکمیت دوگانه و وجود دولت سایه پایان دهد و اجازه دخالت در امور اجرایی را به نهاد‌های مختلف حکومتی ندهید. این امر به تعبیر علی علیه‌السلام نیاز به عدم مصانعه یعنی عدم ملاحظه‌کاری و رودربایستی دارد. لازم است سپاه را به خاطر مصلحت خودش و مصلحت ملت، از دخالت در سیاست و اقتصاد باز دارید.
۳. قطعاً باید گذشته از تکیه بر توان داخلی، به شدت به دنبال رفع تحریم‌ها و احیای برجام و پیوستن به اف‌ای تی‌اف باشید و مردم را از تحمل سختی‌های غیرضروری که بیشتر ناشی از رقابت‌های سیاسی بوده است نجات دهید، گرچه دولت فعلی راه توافق را هموار کرده و ان‌شاءالله گشایش اقتصادی نصیب دولت شما خواهد شد. به حرف کسانی که شعار می‌دهند و می‌گویند با همین شرایط، شاخص‌های اقتصادی را به نقطه مطلوب می‌رسانیم، گوش فرا ندهید، زیرا شدنی نیست. اکنون دیگر کیسه بوکسی به نام روحانی وجود ندارد که بگویند تحریم‌ها بی‌اثر است و کاستی‌ها همه ناشی از دولت روحانی است. این اقدام، راه بهره‌مندی از سرمایه عظیم ایرانیان خارج از کشور را نیز هموار می‌کند.
۴. از لوازم مهم بهبود معیشت مردم اصلاح سیاست خارجی است. رابطه با کشور‌های اسلامی مانند عربستان و مصر و بحرین باید برقرار شود و روابط با سایر کشور‌های اسلامی نیز باید ارتقاء یابد تا ایران از انزوا در میان کشور‌های اسلامی خارج شود. روابط تجاری با کشور‌های قدرتمند اقتصادی آسیا مانند هند و مالزی و اندونزی و ویتنام باید گسترش پیدا کند.
اکنون ۸۰ درصد روابط تجاری ما منحصر به چین و روسیه و عراق و ترکیه و یکی دو کشور دیگر است. همچنین روابط ما با کشور‌های اروپایی باید بهبود یابد به طوری که همواره میان چین و روسیه و کشور‌های اروپایی و آسیایی رقابت حاکم باشد نه این که محدود به دو کشور چین و روسیه باشیم. حتی لازم است پس از رفع تحریم‌ها و بازگشت آمریکا به برجام، مقدمات برقراری رابطه با آمریکا را با حفظ آرمان آزادی فلسطین فراهم کنید.
وضعیت موجود به نفع اسرائیل است و اسرائیل به شدت از برقراری رابطه ایران و آمریکا هراس دارد. به حرف کسانی که می‌گویند اگر رابطه با آمریکا برقرار شود انقلاب تمام می‌شود، گوش نکنید. از ابتدای انقلاب هم قرار بر قطع رابطه نبود، یک اتفاق ناخواسته از سوی ما باعث قطع رابطه از طرف آن‌ها شد و هزینه زیادی بر کشور تحمیل گردید. البته روشن است که روسیه و عوامل آن در داخل کشور در این راه مانع‌تراشی می‌کنند، ولی شما نیاز به تصمیمات شجاعانه و مصلحانه دارید. حمایت روسیه و چین و انگلیس و فرانسه و آلمان از اسرائیل کمتر از حمایت آمریکا نیست در حالی که با آن‌ها روابط حسنه داریم.
۵. با توجه به این که اطرافیان جناب‌عالی از گروه موسوم به اصول‌گرا هستند و این افراد معمولاً به حقوق ملت مانند آزادی بیان کم‌توجه و طرفدار برخورد خشن با منتقدان و مخالفان هستند و معتقدند که برای حفظ نظام، هدف وسیله را توجیه می‌کند و هرکاری می‌توان کرد، لازم است به موضوع آزادی بیان و سایر آزادی‌های اساسی ملت که در فصل سوم قانون اساسی ذکر شده است مانند ممنوعیت شنود، شکنجه، بازداشت و زندانی کردن بدون حکم قضایی و حبس انفرادی و حصر خانگی توجه ویژه داشته باشید و برخی نیرو‌های امنیتی و اطلاعاتی را که فکر می‌کنند تاکنون این گونه کار‌های آن‌ها باعث حفظ نظام شده است توجیه بفرمایید که این اقدامات نظام را تضعیف کرده و گذشته از آنکه خلاف قانون است اساساً ضرورتی ندارد. امیدوارم در دوره شما دانشجویی به خاطر مثلاً یک انتقاد و یا شرکت در یک تجمع اعتراضی، ستاره‌دار و محروم از تحصیلات تکمیلی نشود و اساساً این مصوبه شورای انقلاب فرهنگی لغو شود.
در ملاقاتی که چند سال پیش با جناب‌عالی داشتم فرمودید در سن ۱۸ سالگی که تازه طلبه شده بودید، در قم به درس هفتگی «شناخت» شهید آیت‌الله مطهری می‌رفتید اگرچه آن مباحث برای شما زود بود، ولی به خاطر علاقه به آن شهید می‌رفتید. حتماً از تأکید آن شهید بر عدالت اجتماعی و آزادی بیان و آزادی منتقدان و مخالفان و به طور کلی احترام به آزادی‌ها برای آینده انقلاب اسلامی اطلاع دارید و بر آن پای خواهید فشرد.
۶. بدیهی است که همه موظف هستیم که جناب‌عالی را در این مسئولیت سنگین یاری کنیم. در این انتخابات هیچ کس شکست نخورد، زیرا همه برای شکست دادن ضد انقلاب و براندازان، مردم را تشویق به شرکت در انتخابات کردند و تحریم‌کنندگان موفق نشدند. این که برخی می‌گویند اصلاح طلبان شکست خوردند، درست نیست، زیرا آن‌ها با نامزد اصلی وارد رقابت نشدند. امیدوارم پس از چهار سال دوره ریاست شما شاهد تحولات زیادی در اقتصاد و سیاست خارجی و فرهنگ باشیم.
با تقدیم احترام
علی مطهری