رئیس‌جمهوری کشورمان در پیامی با تسلیت درگذشت حجت‌الاسلام والمسلمین سید مهدی طباطبایی، عالم وارسته و استاد برجسته اخلاق از درگاه خداوند منان برای آن مرحوم، علو درجات و همجواری با ائمه اطهار (ع) و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت کرد.
متن پیام تسلیت حجت‌الاسلام و المسلمین حسن روحانی به این شرح است:
«بسم الله الرحمن الرحیم
انالله و انا الیه راجعون
رحلت عالم وارسته و استاد برجسته اخلاق، حضرت حجت الاسلام والمسلمین سید مهدی طباطبایی در اولین روز ماه رحمت و غفران، موجب اندوه فراوان شد.
این روحانی با تقوا و مردمی، مروج حقیقی سیره اهل بیت(ع)، همراه و دانش آموخته مکتب امام خمینی(ره) و از پیشگامان مبارزه با نظام ستم شاهی بود. ایشان در مسیر پیروزی و تثبیت انقلاب و ارزش های اسلامی مجاهدت فراوان کرد و همواره عالمی عامل و خدمتگزاری صدیق بود که با مشی اعتدالی، واقع بینی، دور اندیشی و ابراز شجاعانه نظرات خود، مورد اعتماد مردم قرار گرفت.
اینجانب این ضایعه بزرگ را محضر مقام معظم رهبری، علما و فضلای حوزه های علمیه، شاگردان و دوستداران و به ویژه بیت شریف ایشان تسلیت می‌گویم و از درگاه خداوند منان برای آن مرحوم، علو درجات و همجواری با ائمه اطهار(ع) و برای عموم بازماندگان صبر و اجر مسألت دارم.»