تغییر چندین تن از مدیران با سابقه وزارت اطلاعات در ایران، این ظن را در محافل سیاسی پدید آورده است که مدیران خوشنام و با تجربه وزارت اطلاعات، به خاطر طرفداری نکردن از رئیس‌جمهور احمدی‌نژاد و حمایت از رقیب وی، میرحسین موسوی دچار تسویه حساب سیاسی شده‌اند.
«لس آنجلس تایمز»، در گزارشی با طرح موضوع بالا نوشت: وزارت اطلاعات ایران، هیچگاه از زمان تأسیسش این گونه در معرض تسویه حساب قرار نگرفته و به نظر می‌رسد، این تسویه بدین خاطر انجام شده تا مدیرانی طرفدار دولت و رئیس‌جمهور احمدی‌نژاد جایگزین شوند.
البته بر پایه این گزارش، علت برکناری محسنی اژه‌ای از وزارت اطلاعات نیز مخالفت وی با پخش اعترافات بازداشت شدگان رخدادهای اخیر بوده است.
در ادامه این گزارش آمده است: این تغییرات گسترده در مهمترین نهاد امنیتی ایران، اختلافات بین مقامات امنیتی ایرانی درباره مسائل اتفاقات افتاده پس از انتخابات ریاست جمهوری ایران را نشان می‌دهد؛ تسویه حسابی که از زمان انقلاب تاکنون سابقه نداشته و حتی آیت‌الله خمینی از مقامات سرویس امنیتی رژیم شاه استفاده کرده است.
«لس آنجلس تایمز» در ادامه، با استناد به نامه‌ای که حسن یونسی، پسر وزیر سابق اطلاعات ایران، در وبلاگ خود نوشته است، می‌گوید: این برنامه‌ها در واقع یک پروژه تسویه حساب سیاسی بی سابقه در وزارت اطلاعات است.
این تحلیل روزنامه آمریکایی درباره تغییرات در وزارت اطلاعات به برکناری حاج حبیب‌الله، معاون اطلاعات داخلی، دکتر فیروزآبادی معاون فن‌آوری اطلاعات و برکناری احتمالی منصوری‌زاده، معاون پارلمانی این وزارتخانه اشاره دارد.
به نظر می‌رسد، حذف و مخالفت با هر نیرویی در درون نظام که مخالف اقدامات و تحلیل‌های دولت کنونی است، روند خطرناکی است که به هیچ وجه نمی‌توان پایان خوشی را برای آن متصور شد.
همچنین اگر تحلیل لس آنجلس تایمز درباره برخورد سیاسی و یا تسویه حساب سیاسی در وزارت اطلاعات درست باشد، باید گفت به بیراهه‌ای گام نهاده‌ایم که پایان آن تبدیل برخی نیروهای خودی انقلاب، اما مخالف اقدامات دولت، به عنوان اپوزیسیون درون نظام است؛ اپوزیسیونی که تنها وجه اپوزیسیون بودنش «مخالفت با اقدامات دولت کنونی» است ـ که البته برخی با اهداف خاصی در پی «مخالف نظام» جلوه دادن آنها هستند.
و در پایان باید یادآور شد که مجلس شورای اسلامی نیز باید بیش از پیش خود را ناظر بر عملکرد دولت در عزل و نصب‌های آینده بداند و از ریزش بیشتر نیروهای نظام تنها به خاطر نداشتن تحلیل‌های مشابه جلوگیری کند