او نویسنده کتاب «فرهنگ جامع فرق اسلامی» است و بارها و بارها نسبت به اختلاف میان شیعه و سنی و فرق اسلامی با یکدیگر زنهار داده و به جای مجادله، آنها را به مباحثه دعوت کرده است. اما امروز افیون «داعش» از دل همان مجادله‌های بی ثمر و کور سر بر آورده است. آیت ا... سید حسن خمینی، همه فرق اسلامی را در شکل‌گیری غده سرطانی داعش مقصر می‌داند. او می‌داند که داعش مولود جهل جماعت است و در این میان، آنان که دل به اشتر جهل کوته فکران و تنگ نظران بسته بودند، با تسلیح آنان، فجایعی به بار آوردند که هیچ کس در ابتدای هزاره سوم توقع آن را نداشت!
توقع بیهوده مصلحان!
آیت ا... سید حسن خمینی در دیدار جمعی از علمای شیعه و سنی کشور افغانستان که در حرم مطهر امام راحل برگزار شد، با اشاره به ثمرات بلند مدت رفتارهای انسانی اظهار کرد: حرکت پیامبر اسلام (ص) که تا زمان رحلت ایشان صرفا شبه جزیره عربستان را تحت تأثیر داشت، پس از گذشت چند دهه توانست سراسر جهان اسلام را تحت تأثیر قرار دهد و باید قرن ها می‌گذشت تا این حرکت جهانی شده و تمدن اسلامی زاییده شود. وی با اشاره به سید جمال الدین اسد آبادى به عنوان یکی از پیشگامان نهضت اسلامی، او را از مفاخر افغانستان خواند و افزود: تفکر سید جمال توجه دادن به این نکته مهم بود که اختلاف سم مهلک جهان اسلام است و«بازگشت به دین داری» باید در عین پیشرفت باشد؛ نه تحجر و برگشتن به دوران بدویت. یادگار امام با اشاره به دشواری‌های سید جمال در مسیر مبارزات خویش، یادآور شد: بذری را که او کاشت سالها بعد ثمر داد، تا جایی که می‌توان سید جمال را از پایه گذاران مشروطه ایرانی دانست و حرکت او را تلنگری مهم در مسیر حرکت مشروطیت ذکر کرد.
سید حسن خمینی با بیان اینکه اگر مصلحان توقع داشته باشند هر آنچه می‌گویند در روزگار خودشان ثمر دهد، توقع بیهوده‌ای دارند، تصریح کرد: مراقب باشیم که اگر بذر کینه توزی بکاریم، بعد از ده‌ها سال داعش تولید می‌شود. زیرا چندین نسل در شکل گیری این گروه مؤثر هستند و همه فرق و مذاهب اسلامی به اندازه سهم خویش در شکل گیری این غده سرطانی نقش دارند. آیت‌ا... سید حسن خمینی یادآور شد: وقتی صدای اندیشمندان دینی بلند شده بوده که بذر کینه را در جهان اسلام نپراکنید، به یکدیگر دشنام ندهید و ندا سر دادند که اعلام هفته وحدت نه یک تاکتیک، بلکه یک استراتژی است و تقریب مذاهب یک قاعده کلی است؛ آنان چنین روزهایی را می‌دیدند. او ادامه داد: روزی که آیت‌ا... العظمی بروجردی اندیشه‌مندانی را به دانشگاه الازهر مصر فرستاد، برای جلوگیری از چنین روزهایی بود.
کیمیای «وحدت»
یادگار امام با تأکید بر«وحدت» به عنوان یکی از آرمان‌های اصلی انقلاب اسلامی ایران، گفت: در این حقیقت که دشمنان امت اسلامی در ما نفوذ کرده‌اند، شکی نیست اما آنها بستر لازم برای ورود را دیدند و سوار بر دوش برخی حماقت ها شدند اما امروز وظیفه همه ماست که به اندازه توان خویش بذر محبت را بکاریم تا در دهه‌های آتی ثمر دهد. سید حسن خمینی با ابراز تأسف از وضعیت کنونی منطقه و جهان اسلام اظهار کرد: امروز گروهی نابخرد حیثیت مسلمانان را برده اند؛ کسانی که به تعبیر رهبر معظم انقلاب می‌توان آنها را اهل سنت آمریکایی و شیعه انگلیسی خواند که هر دو سر در یک آبشخور دارند. لذا با همگرایی به جهات مشترک یکدیگر بیندیشیم، چرا که این راه به هیچ جایی نمی رسد. آیت‌ا... سید حسن خمینی با بیان اینکه هرگاه بتوانیم به مسیر اصلی بازگردیم به نفع ماست، به نقش روحانیت در کاشت بذر محبت و وحدت اشاره کرد و به علمای کشور افغانستان توصیه کرد، در تربیت جوانان شفقت بیشتری بورزند و پیوند‌های بین نسلی را تقویت کنند.
یادگار امام در بیت امام
در روز میلاد حضرت معصومه و آغازین روز دهه کرامت گروهى از اقشار مختلف مردم با حضور در بیت تاریخى امام خمینى در قم با حجت‌الاسلام‌والمسلمین سید على خمینى دیدار کردند. در این دیدار که در فضایى صمیمى برگزار شد، نوه محبوب امام با ذکر مطالبی از روزهاى تاریخى مربوط به بیت امام خمینى در قم، اماکن منتسب به امام را خانه همه مردم ایران و بلکه مستضعفان جهان دانست و گفت: حفظ و تکریم این اماکن در حقیقت نشانه اى است از پاسداشت آرمان‌های اصیلى که ملت ایران به خاطر آنها قیام کرد.