علی مطهری از آن دست اصولگرایانی است که بارها نسبت به عملکرد دولت نهم اعتراض کرده است. وی یکی از کسانی که بود که در ماجرای استیضاح علی کردان به شدت فعالیت میکرد و تا پایان کار آنرا پیگیری نمود.
این نماینده مجلس درباره مناظره چهارشنبه شب گذشته میان میرحسین موسوی و محمود احمدی نژاد متنی منتشر کرده است که در آن نسبت به برخی مواضع رئیس دولت نهم و نخست وزیر سابق ایران انتقاد نمود هاست.
در بخشی از این مطلب که خبرگزاری مهر آنرا منتشر کرده آمده است: « از آقای احمدی‌نژاد انتظار داریم که همان طور که درباره عدالت اقتصادی حساسیت نشان می‌دهند، درباره عدالت قضائی و سلب حقوق فردی مردم نیز حساس باشند. چرا درباره مجازات قاتلان دکتر زهرا بنی‌یعقوب در همدان که به صورت مشکوکی به قتل رسید، از طرف رئیس‌جمهور حساسیتی نشان داده نشد؟ آیا تلاش برای آزادی رکسانا صابری که به جرم جاسوسی زندانی شده بود مهمتر و ضروری‌تر از پیگیری قتل این دختر جوان مظلوم بود؟ آیا نامه استمداد خانواده او از ملت ایران شما را تکان نداد؟ آیا برای اقدام درباره ماجرای زهرا بنی‌یعقوب و پاسخ به دادخواهی خانواده مظلوم او نیز نیاز به دریافت پیام آمریکا از سوی رئیس جمهور سوئیس وجود دارد؟»
نماینده مردم تهران در مجلس هشتم نوشته است: «پیغمبر اسلام فرمود: ملک و حکومت با کفر می‌تواند باقی بماند اما با ظلم نه. آیا شما فقط در مواردی از بی‌عدالتی که پست ریاست جمهوری را به خطر می‌اندازد واکنش نشان می‌دهید و در ظلمهای بزرگی که بر افراد جامعه می‌رود و قوه قضائیه حساسیت لازم را ندارد وجدان شما آرام است و شب راحت سر به بالین می‌گذارید؟ همین چند هفته پیش سه شرور در تهران و کرج دو زن جوان را با تهدید قمه از کنار همسرانشان ربودند. طبق معمول کسی نمی‌فهمد سرنوشت مجرمان چه شد و قوه قضائیه خود را موظف به اطلاع‌رسانی و آرام کردن وجدان جامعه نمی‌داند و اساساً این مسائل را مهم نمی‌داند. آیا در این گونه موارد نیز به عنوان رئیس‌جمهور به قوه قضائیه نامه می‌نویسید یا فقط آنجا که عده‌ای می‌خواهند مقام شیرین ریاست جمهوری را از چنگ شما درآورند به میدان می‌آیید؟»
وی همچنین در ادامه آورده است: «نکته دیگر، غیر اخلاقی بودن این گونه اتهام‌زنی‌هاست. نمی‌توان پذیرفت که اتهاماتی که هنوز در هیچ دادگاهی ثابت نشده و متهم نیز حضور ندارد مجاز به ذکر در منظر میلیونها نفر است و آبروی مؤمن به همین آسانی قابل حراج کردن است. هر قدر هم که تحت فشار روحی و مورد ظلم باشیم شرعاً مجاز به این کار نیستیم. مسئله جهر بالسوء در سخن و جواز بدگویی آشکار از ظالم مسئله دیگری است.»