صادق زیباکلام در نامه‌ای به آیت‌الله حائری شیرازی، چالش‌هایی را درباره برخی نکاتی از نامه اخیر وی به علی مطهری درباره حوادث پس از انتخابات سال 1388 مطرح کرده است.
در این نامه که خبرآنلاین آن را منتشر کرده، آمده است:
«بسمه تعالی
حضرت آیت‌الله محی‌الدین حائری شیرازی
نماینده معزز مجلس خبرگان رهبری دامت افاضاته
با سلام و تحیات پاسخ حضرتعالی را در رسانه‌ها به آقای دکتر علی مطهری در خصوص "فتنه 88" خواندم. به دو دلیل تصمیم گرفتم جسارت نموده و عرایضی در خصوص پاسختان به آقای مطهری معروض دارم. نخست ارادت شخصی که به شما دارم و جنابتان را مجتهدی پارسا، خداترس و عادل می‌دانم. ثانیاً اینکه در پاسختان به آقای مطهری دست به دامان ادبیات موسوم به "فتنه" نشده‌اید. از دید بنده اتفاقاً ارزشمندترین نکته پاسختان به آقای مطهری دوری گزیدن از آن ادبیات می‌باشد. متجاوز از پنج سال است که یک جناح سیاسی شبانه‌روز این ادبیات را برای قلع و قمع منتقدینش بکار می‌برد. دریغ از آنکه در این پنج سال پنج دقیقه به "متهمین فتنه" اجازه دفاع داده باشد. نفس اینکه جنابعالی در نامه‌تان حتی یکبار هم لغت "فتنه" را بکار نبرده‌اید از نظر بنده مبین آنست که پس خیلی هم به آن باور ندارید. از این بابت که سواره بر نشسته نتاخته‌اید در خور احترام هستید.
اگرچه که جنابعالی اعتراضاتی که پس از اعلام نتایج انتخابات 22 خرداد 88 اتفاق افتاد را "فتنه" خطاب نکرده‌اید اما و در عین حال هم با آن اعتراضات صراحتاً مخالفت کرده‌اید. محض اطلاع عزیزانی که از مضمون نامه حضرتعالی به آقای مطهری آگاهی ندارند، بعرضشان بایستی برسانم که جنابعالی اساساً با نفس دعوت به راهپیمایی به منظور اعتراض به نتایج انتخابات 88 مخالفت نموده‌اید. اساس استدلالتان هم تکیه بر روی مقوله‌ای بنام "عقل اجتماعی" است. معتقدید که برخلاف جوامع توسعه‌یافته، مثلاً لندن یا پاریس که در آنها راهپیمایی‌های اعتراضی با "عقل اجتماعی" سازگار است (چون برخلاف خاورمیانه، مردم در این جوامع قرن‌هاست که با آزادی و حقوق اجتماعی آشنایی دارند)، در جامعه خودمان قدمت آزادی به بهمن 57 می‌رسد بنابراین "عقل اجتماعی" حکم می‌کند که ما از راهپیمایی‌های اعتراضی برای رسیدن به خواسته‌های مدنی سیاسی‌مان استفاده نکنیم. چون در جامعه ما (بزعم آیت‌الله حائری شیرازی) همواره خطر نفوذ و سوءاستفاده عناصر نفوذی در تجمعات سیاسی عمومی وجود دارد و آنها (دشمنان) از چنین اجتماعاتی بنفع مقاصدشان می‌توانند سوءاستفاده نمایند. (و مثال‌هایی هم در تأیید نظرشان می‌آورند از جمله انفجار حزب جمهوری اسلامی در 7 تیر سال 60 و کشته شدن افرادی در راهپیمایی‌های اعتراضی سال 88). ایشان بدون نام بردن از آقایان مهندس موسوی و حجت‌الاسلام کروبی نتیجه‌گیری می‌کنند که دعوت آنان از مردم بمنظور برگزاری راهپیمایی اعتراضی به نتیجه انتخابات کار نادرستی بوده چون بواسطه فراهم نبودن شرایط اجتماعی (یا همان "عقل اجتماعی") در ایران برای این دست اعتراضات، عوامل نفوذی دشمن توانستند از آن راهپمایی‌ها بهره‌برداری نموده و عده‌ای از هموطنانمان کشته شدند. ایشان معتقدند که بجای دعوت به راهپیمایی، آن آقایان می‌بایستی از طرق دیگر در جهت تحقق خواسته‌هایشان برمی‌آمدند.
حضرت آیت‌الله حائری شیرازی، من وارد کم و کیف نتایج انتخابات 88، پی‌آمدهای بعد از اعلام نتایج آن انتخابات، رویکرد آقایان مهندس موسوی و جناب حجت‌الاسلام کروبی و بالاخره واکنش مسئولین به آن اعتراضات نمی‌شوم. بالاخره روزی جریانات سال 88 مورد رسیدگی قرار خواهند گرفت. آنچه که برایم عجیب بود و در حقیقت اسباب نوشتن این نامه شد بکارگیری یا تکیه جنابعالی بر روی مقوله‌ای بنام "عقل اجتماعی" در مخالفت با آقایان موسوی و کروبی بود. اولاً جنابعالی فرض گرفته‌اید که میلیون‌ها نفری که به نتایج آن انتخابات اعتراض داشتند از خود اراده و نظری نداشته و چشم و گوششان به آقایان موسوی و کروبی بود و به دعوت این آقایان بود که راهپیمایی اعتراضی موسوم به سکوت در عصر روز دوشنبه 25 خرداد را براه انداختند. این فرضتان کاملاً مورد مناقشه است. ثانیاً، این انتقادتان که ایشان و سایر معترضین می‌بایستی به نهاد رسمی برگزارکننده انتخابات مراجعه می‌کردند هم با توجه به تمایل و جانبداری آشکار شورای محترم نگهبان از یک طرف منازعه و بیطرف نبودن این نهاد توقع‌تان خیلی واقع‌بینانه و منصفانه نمی‌باشد. معترضین سال 88 به کنار، آیا خود جنابعالی شورای محترم نگهبان را بعنوان یک "داور منصف و بیطرف" تعریف می‌کنید؟
اما استدلال "عقل اجتماعی" جنابعالی از جهات دیگری هم برایم شگفت‌انگیز بود. حسب تعریف جنابعالی از "عقل اجتماعی"، اگر یک کنش سیاسی مثلاً یک راهپیمایی یا یک گردهمایی سیاسی به خیر و خوشی برگزار شود مطابق "عقل اجتماعی" می‌بوده اما اگر گرفتاری‌ها و اتفاقات ناخوشایندی در جریان تحقق آن اتفاق بیافتاد در آنصورت مطابق "عقل اجتماعی" نمی‌شود. به بیان ساده‌تر، از پیش نمی‌توان درستی یک کنش سیاسی را تعیین نمود و ما ملاک و معیاری برای "عقل اجتماعی" نداریم. جنابعالی می‌فرمایید که چون در راهپیمایی اعتراضی سال 88، خطر سوءاستفاده دشمنان بوده (و در عمل هم می‌فرمایید استفاده کردند)، لذا از همان ابتدا معترضین نمی‌بایستی بسمت آن شیوه برای بیان اعتراضاتشان می‌رفتند. فرض بگیریم که عناصر نفوذی از آن راهپیمایی سوءاستفاده نمی‌توانستند بنمایند و بقول شما جامعه ما هم مثل جوامع پاریس یا لندن می‌بود، آیا در آنصورت از نظر جنابعالی آن راهپیمایی درست می‌بود؟ تبعات نظریه "عقل اجتماعی" بعنوان شاخص تعیین‌کننده درستی یا نادرستی کنش‌های سیاسی، معلوم نیست بکجا ختم خواهد شد. اگر ملاک "عقل اجتماعی" این باشد که در جریان یک راهپمایی حادثه ناگواری اتفاق نیفتاد، در آنصورت در ایران تنها راهپیمایی‌هایی که منطبق بر "عقل اجتماعی" می‌شوند راهپمایی‌های رسمی دولتی هستند چون در این دست راهپیمایی‌ها و تجمعات هیچ حادثه ناگواری اتفاق نمی‌افتاد. اما این همه مشکل نیست. بسیاری از کنش‌های سیاسی تاریخی با این ضابطه به زیر سوال می‌روند. راهپیمایی 17 شهریور سال 57 هم که منجر به کشته و مجروح شدن صدها نفر شد درست نبوده. راهپیمایی‌های تاریخی تاسوعا و عاشورا سال 57 هم به زیر سوال می‌روند چون ممکن بود که بخش‌هایی از نیروهای نظامی و امنیتی رژیم شاه به سمت مردم تیراندازی می‌کردند (همچنانکه در بسیاری از راهپیمایی‌ها این اتفاق افتاد)، اعتراضات 14 و 15 خرداد سال 42، قیام 30 تیر سال 31 بنفع مرحوم دکتر مصدق و ... جملگی در عبور از چارچوب ضابطه "عقل اجتماعی" جنابعالی معلوم نیست چه سرنوشتی پیدا می‌کردند.
استدلال دیگرتان در دفاع از "عقل اجتماعی" مبنی بر اینکه برخلاف جوامع اروپایی ما از بهمن 57 با مفهوم آزادی آشنا شده‌ایم هم ایضاً با دشواری‌های زیادی روبرست. ما در حقیقت از اواخر قرن نوزدهم و نهضت مشروطه با مدرنیته سیاسی و مفاهیمی همچون آزادی، آزادی بیان، آزادی اندیشه، حاکمیت قانون، حکومت منتخب مردم و... آشنا شده‌ایم. اینکه پس مشکل و گره کار پس از یک قرن در کجاست، بازمی‌گردد به شرایط تاریخی جامعه‌مان. در پایان باز هم ادب و ارادتم را به محضر بزرگوارتان معروض می‌دارم.
ایام بکام باد
صادق زیباکلام
هفدهم آبانماه یکهزار و سیصد و نود و سه»
ایام بکام باد
نامه ی محترمانه و مستدلی بود.
با آرزوی موفقیت برای هردویشان