فرارو - استقلال در تاریخ لیگ قهرمانان آسیا سه بار مقابل پاختاکور به میدان رفته است. نخستین دیدار در سال ۲۰۱۱ با پیروزی ۴-۲ آبی‌پوشان همراه بود، اما در بازی برگشت همان فصل، استقلال با نتیجه ۲-۱ مغلوب شد. در سال ۲۰۲۰، در مرحله حذفی، آبی‌پوشان تحت هدایت مجید نامجومطلق ۲-۱ شکست خوردند و از رقابت‌ها کنار رفتند.