ظفرقندی در آخرین روز مرداد و در آستانه روز پزشک به همراه دیگر وزرای پیشنهادی مسعود پزشکیان رئیس جمهور، موفق شد ۱۶۳رای موافق از مجلس کسب کند و به عنوان وزیر بهداشت جمهوری اسلامی ایران سکان هدایت این وزارتخانه را در دست بگیرد.
به گزارش ایرنا، ظفرقندی که به همراه محمدجعفر قائم پناه معاون اجرایی رئیس جمهور و سرپرست نهاد ریاست جمهوری به ساختمان وزارت بهداشت رفته بود، در بدو ورود مورد استقبال بهرام عین اللهی وزیر بهداشت دولت سیزدهم و مسئولان این وزارتخانه قرار گرفت.
ظفرقندی به عنوان شانزدهمین وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی جمهوری اسلامی ایران صبح روز شنبه - سوم شهریورماه - با استقبال معاونان و مدیران وزارت بهداشت وارد این وزارتخانه شد.
وی به همراه دکتر قائم پناه، نشستی با عین اللهی داشت و در این نشست، گزارشی از آخرین وضعیت وزارتخانه ارائه و جلسه‌ای با حضور معاونان و روسای سازمان‌های تابعه در قالب آیین نخستین حضور وی به عنوان وزیر بهداشت برگزار شد.
وزیر بهداشت یکم شهریور ماه در نخستین اقدام با حضور در دانشکده پرستاری در جریان برگزاری آزمون دانشنامه تخصصی و سی و هشتمین دوره آزمون گواهینامه - دانشنامه فوق تخصصی پزشکی قرار گرفت.
وی همچنین شامگاه همین روز در آیین گرامیداشت روز پزشک که با حضور رئیس جمهور برگزار شد، حضور یافت و همچنین با حضور در بیمارستان‌های قلب تهران و سینا، با اهدای گل از کادر درمان قدردانی کرد.
وزیر بهداشت یکم شهریور از طرح مشکلات مطالبات پرستاران در جلسه روز گذشته هیات دولت خبر داد و گفت: با دستور و پیگیری دکتر پزشکیان، مطالبات دانشگاه‌های علوم پزشکی و بیمه‌ها در اسرع وقت پرداخت و مشکل انباشت مطالبات جامعه پرستاری ظرف دو هفته آینده برطرف می‌شود.
ظفرقندی با اشاره به کمبود بیش از ۳۰۰ قلم دارو و برنامه دولت برای رفع آن، خاطر نشان کرد: برای حل مشکلات دارو و به حداقل رساندن کمبود‌های دارویی، جلسات کارشناسی زیادی با رئیس جمهور و معاون اول داشتیم و از سوی دیگر با موافقت رهبر معظم انقلاب برای حل این مشکلات، بخشی از منابع مورد نیاز از صندوق ذخیره ارزی تامین خواهد شد.