روزنامه ایران نوشت: مردادماه ۱۳۹۹، زمانی که محمدمهدی طهرانچی رئیس دانشگاه آزاد اسلامی بود، انتشار فیش حقوقی او در دو مجموعه (دانشگاه آزاد و دانشگاه بهشتی) به مبلغ حدود ۴۵ میلیون تومان در ماه، جنجال زیادی برپا کرد که وزارت علوم را نیز در دولت وقت به واکنش واداشت؛ این درحالی بود که موضوع عدم شفافیت خصوصاً در مسائل مالی در دانشگاه آزاد اسلامی در همان زمان به عنوان یک مطالبه جدی از سوی برخی نمایندگان مجلس شورای اسلامی نیز دنبال می‌شد و با مقاومت‌های بسیاری در دانشگاه آزاد روبه‌رو بود و در نهایت نیز نظارت بر مسائل مالی این دانشگاه در بودجه ۱۴۰۰ با نظر مخالف نماینده این دانشگاه، تنها با اختلاف سه رأی، تصویب نشد.
موضوع کمی تا حدودی ساده است. شرایط تأسیس دانشگاه آزاد و حضور رؤسا و هیأت مؤسس و مدیره آن در بالاترین پست‌های دولتی اعم از ریاست جمهوری، ریاست مجلس، شورای عالی انقلاب فرهنگی و… برای سالیان متمادی باعث شده بود تا به گونه‌ای در قوانین و مقررات اعمال نظر کنند که این دانشگاه در حاشیه‌ای امن برای ورود دستگاه‌های نظارتی قرار بگیرد.
پس از فوت هاشمی رفسنجانی و انجام تغییرات کلان مدیریتی در این دانشگاه و تغییر رئیس آن، انتظار می‌رفت تا ایجاد شفافیت و تغییر در قوانین و مقررات در راستای ایجاد عدالت و فسادستیزی در دستورکار مدیران جدید قرار بگیرد، اما گویا مسئولیت بدون شفافیت، پایش، نظارت و پاسخگویی، به مذاق مدیران جدید نیز خوش آمده است. آنها، هم می‌خواهند در پست‌ها و مناصب حاکمیتی حضور داشته باشند و هم دانشگاه آزاد را یک مجموعه خصوصی می‌دانند که نهاد‌های نظارتی و مجلس شورای اسلامی نمی‌تواند به آن ورود جدی داشته باشد؛ در این مسیر این دانشگاه شترمرغی است که هرجا منفعت اقتضا کند به شکل یکی از دو حیوان درمی‌آید!
در چند سال اخیر هرگاه نمایندگان مجلس شورای اسلامی قصد داشتند شفافیت را به دانشگاه آزاد، به عنوان یک نهاد عمومی غیردولتی ببرند، این موضوع به یک چالش تبدیل شده است. گویا همان‌طور که از اسمش پیداست مسئولان این دانشگاه می‌خواهند از هر حیث آزاد باشند.
محمد مهدی طهرانچی رئیس دانشگاه آزاد یک بار در یک گفت‌وگوی تلویزیونی در برنامه صف اول گفت: «برخی افراد دنبال دولتی‌سازی دانشگاه هستند. شورای عالی انقلاب فرهنگی دانشگاه آزاد را یک مجموعه غیرخصوصی غیردولتی عنوان کرده است و توافقی که در سطح کشور است جایی که شورای انقلاب فرهنگی ورود می‌کند مجلس وارد نشود.»
این سخن با واکنش دبیر شورای عالی انقلاب فرهنگی در همان زمان روبه‌رو شد. سعیدرضا عاملی در پاسخ به طهرانچی گفت که: «شفاف‌سازی یک اصل برای همه نهاد‌های کشور است. دانشگاه آزاد نیز از این موضوع استثنا نیست. مجلس این حق را دارد منابع مالی دانشگاه آزاد را بررسی کند.» در ادامه کبگانیان، دبیر ستاد نقشه جامع علمی کشور نیز با اشاره به موافقت شورای عالی انقلاب فرهنگی با طرح ساماندهی نظارت بر دانشگاه آزاد، گفت: ما به عنوان اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی با کاری که مجلس انجام داده موافق هستیم.
چالش میان مجلس شورای اسلامی با دانشگاه آزاد اسلامی از همان سال ۱۳۹۹ آغاز شد. وقتی که ۲۱ نماینده مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای به رئیس و اعضای کمیسیون تلفیق خواستار الحاق دانشگاه آزاد اسلامی به دستگاه‌های مشمول در لایحه بودجه ۱۴۰۰ برای شفافیت مالی این نهاد شدند.
درخواست نمایندگان مجلس شورای اسلامی در آن سال با مخالفت دانشگاه آزاد و با رأی‌گیری در صحن علنی به نتیجه‌ای نرسید، اما در خرداد سال ۱۴۰۱ نمایندگان مجلس شورای اسلامی گزارش کمیسیون قضایی و حقوقی درباره طرح اصلاح قانون تشکیلات و آیین دادرسی دیوان عدالت اداری را بررسی کرده و ماده ۱۰ این طرح را به تصویب رساندند که براساس آن دیوان عدالت اداری می‌تواند شکایات دانشجویان، کارکنان و اساتید این دانشگاه را نیز بررسی کند تا حداقل یکی از مشکلات موجود برای ورود دستگاه‌های نظارتی برطرف شود.
یکی از نمایندگانی که با جدیت پیگیر موضوع ساماندهی نظارتی در دانشگاه آزاد است، علی خضریان است. او بیان کرد: حجم مالی دانشگاه آزاد ۲۵۰ هزار میلیارد تومان است که این مبلغ برای سال ۱۳۹۰ است و از این سال به بعد رقم دقیقی وجود ندارد؛ البته این رقم با گردش مالی ده‌ها میلیاردی به صورت مشخص و بازه زمانی صورت می‌گیرد. اموال این دانشگاه با توجه به نرخ تورم حداقل ۵ برابر شده است و این اموال تحت نظارت هیچ دستگاه بیرونی قرار ندارد.
وحید شورابی، مسئول سابق مرکز هماهنگی بسیج دانشجویی دانشگاه آزاد نیز در گفت‌وگویی با رد دولتی‌سازی دانشگاه آزاد گفته است: شفافیت مالی و تصمیمات مدیریتی دانشگاه آزاد یکی از دغدغه‌های همیشگی جنبش دانشجویی بوده است. متأسفانه سازمان مرکزی و بیش از ۴۰۰ واحد دانشگاه آزاد هیچ شفافیتی در حوزه مالی ندارند.
به عنوان مثال هیچ سند یا گزارشی از عملکرد مالی این دانشگاه به مردم و حتی نهاد‌های نظارتی کشور ارائه نشده است؛ یعنی معلوم نیست بودجه دانشگاه در کل و واحد‌ها چقدر است، گزارش‌های حسابرسی‌های سالانه منتشر نمی‌شود و حقوق و دستمزد مدیران این دانشگاه معلوم نیست چقدر است.
در حالی که تقریباً همه دستگاه‌ها طبق ماده ۲۹ قانون برنامه ششم توسعه موظف به انتشار حقوق مدیران خود هستند که دولت اقداماتی را آغاز کرده، اما دانشگاه آزاد طبق معمول تا در حکم مؤسسه عمومی غیردولتی نشود ملزم به انتشار حقوق مدیرانش نیست.
به گفته وی متخلفان دانشگاه مخصوصاً در حوزه مالی از حاشیه امنی برخوردار هستند. دانشگاه آزاد می‌خواهد از مواهب حضور در مناصب حاکمیتی برخوردار شود و قدرت چانه‌زنی در حاکمیت داشته باشد، ولی به نهاد‌های نظارتی حاکمیت پاسخگو نباشد.
آقایان اگر مدعی هستند دانشگاه آزاد خصوصی است بهتر است از عضویت هیأت علمی در دانشگاه دولتی استعفا دهند و مأموریت خود را از دانشگاه‌های دولتی لغو کنند و به عضویت هیأت علمی دانشگاه درآیند؛ نمی‌شود از دولت حقوق بگیریم و یک مؤسسه خصوصی را اداره کنیم و عضو شورا‌ها و نهاد‌های حاکمیتی باشیم.