استاد محمد رضا شفیعی کدکنی در نامه ای خطاب به رییس دانشگاه تهران از اقدام این دانشگاه برای حذف پرداخت پول به اساتید برای قبول پذیرش رساله های دکترای دانشجویان تشکر کرد و نوشت: «بنده به گواهی اسناد موجود، حدود پنج سال است که حاضر نشده‌ام استاد راهنمای رساله دکتری یا فوق لیسانس باشم، زیرا از گرفتن پول در این ارتباط بسیار متنفرم. »
آذرماه سال گذشته (۱۳۹۴)، دکتر محمدرضا شفيعي کدکني، يادداشت را خطاب به دکتر محمود نيلي احمدآبادي، رييس دانشگاه تهران ارسال کرد که حالا برای اولین بار منتشر می شود. این استاد با سابقه دلیل عدم پذیرش استاد راهنمای رساله دکترای دانشجویان را دریافت پول عنوان کرده بود و حتی در نامه خود نوشته است که از این مسئله تنفر داشته است. او در این نامه از منتفی شدن پرداخت پول به اساتید دانشگاه استقبال کرده و اعلام کرده از این پس رساله دکترا دانشجویان را می پذیرد.
دکتر شفيعي کدکني، در اين يادداشت آورده است:«همكار دانشمند بسيار عزيزم،
جناب آقاي دكتر نيلي، رياست محترم دانشگاه تهران
بعد از سلام و آرزوي توفيقات هر چه بيشتر براي آن عزيز و همكاران شما، خواستم نكته‌اي را يادآور شوم كه توجه به آن از ضرورت‌هاي تعالي آموزش دانشگاهي است.
بنده به گواهي اسناد موجود، حدود پنج سال است كه حاضر نشده‌ام استاد راهنماي رساله دكتري يا فوق ليسانس باشم، زيرا از گرفتن پول در اين ارتباط بسيار متنفرم. اكنون شنيده‌ام كه اين راه و رسم به همت حضرتعالي و همكارانتان در شرف حذف شدن است. به شما تبريك مي‌گويم و حاضرم سالي بيست رساله دكتري را مجّاناً قبول كنم.
با احترام . محمدرضا شفيعي كدكني»
دکتر محمود نيلي احمدآبادي، رييس دانشگاه تهران نيز، در پاسخ به يادداشت دکتر شفيعي کدکني نامه زير را براي ايشان ارسال کرد:
«جناب آقاي دكتر محمدرضا شفيعي كدكني، استاد گرانقدر دانشكده ادبيات و علوم انساني دانشگاه تهران
باسلام و احترام
مرقومه ارزشمند حضرتعالي در مورد نظام يكپارچه علمي، آموزشي، پژوهشي و مالي دانشگاه ملاحظه شد. بسيار خرسندم كه دانشگاه تهران همچنان مفتخر به حضور استادان گرانقدري چون جنابعالي است. بي شك حمايت آن استاد فرهيخته موجبات دلگرمي اينجانب و ديگر مسئولان دانشگاه را براي اجرايي ساختن اين طرح تحوّل‌آفرين، فراهم خواهد ساخت.
با تجديد احترام و سپاس
محمود نيلي احمدآبادي»