آموزش عالی ایران در هشت سال فعالیت دولت نهم و دهم، اگر بیشتر از اقتصاد و سیاست ضربه نخورده باشد، کمتر هم ضربه نخورده است. پس از افشای فساد پرونده‌های سه هزار بورسیه غیرقانونی، واریز شبانه پول به دانشگاه احمدی‌نژاد و فساد مالی در صندوق رفاه دانشجویان، این‌بار رئیس دانشگاه آزاد اسلامی از وجود پرونده‌هایی باز در محاکم قضائی با رقم هزارو ٤٠٠ میلیارد تومان از دوران مدیران سابق خبر داد.
حمید میرزاده، رئیس دانشگاه آزاد اسلامی، با بیان اینکه پرونده‌هایی با رقم هزارو ٤٠٠ میلیارد تومان از دوران مدیران سابق، له یا علیه دانشگاه آزاد باقی مانده است و در محاکم حقوقی وجود دارد، افزود: وظیفه قانونی ما این است که از طریق محاکم قضائی به تخلفات هر فردی که حق دانشگاه را ضایع کرده، رسیدگی کنیم.
او با تأکید‌بر اینکه مسئله امانت‌داری، صداقت، شفافیت و جلوگیری از هدررفت منابع در دانشگاه آزاد شدیدا موضوع توجه است، افزود: دو عنصر در امر بازرسی و حسابرسی دانشگاه آزاد بسیار مهم است؛ امر اول، صیانت از اموال دانشگاه و مصرف آنها برای برنامه‌های مصوب و دیگری اجرای برنامه‌های دانشگاه در چارچوب آیین‌نامه مالی دانشگاه است و دانشگاه آزاد روی این موارد بسیار حساس است، زیرا خانواده‌های دانشجویان، که اکثر آنها از خانواده‌های متوسط هستند، اعتباری را برای تحصیل فرزندان خود پس‌انداز کرده‌اند که نباید صرف برنامه ناحق شود.
وی با اشاره به بازرسی واحدها در دوره‌های قبل، اظهار کرد: نسبت‌به دوره مشابه مدیریت قبلی که ١٨ یا ١٩ واحد، بازرسی و حسابرسی شد، در این دوره بازرسی و حسابرسی از بیش از ١٩٠ واحد صورت گرفته است و هدف از این بازرسی برقراری نظم و انضباط مالی در دانشگاه بوده است.
اکنون حدود شش هزار میلیارد تومان بودجه داریم که در ٤٠٠ واحد پراکنده است و باید از آن مراقبت شود. درهمین‌راستا، افرادی که خلاف اداری، مالی و...، انجام داده‌اند، قراردادهایی منعقد کرده‌اند که به زیان دانشگاه بوده است یا مدارک تقلبی صادر کرده‌اند، شناسایی و برخی از آنها برکنار شده‌اند و در زندان هستند.رئیس دانشگاه آزاد اسلامی با تأکید‌بر اینکه حق دانشگاه باید طبق قانون و اساسنامه وصول شود، افزود: پرونده‌هایی با رقم هزارو ٤٠٠ میلیارد تومان از دوران مدیران سابق، له یا علیه دانشگاه آزاد باقی مانده است و در محاکم حقوقی وجود دارد. برخی اشخاص حق دانشگاه را پایمال کرده‌اند و ما از آنها شکایت کرده‌ایم. برخی اشخاص هم از دانشگاه مطالبه دارند و علیه ما شکایت کرده‌اند.
دانشگاه آزاد شکایاتی به ارزش حدود ٧٠٠ میلیارد تومان علیه اشخاص حقیقی و حقوقی انجام داده و از هیچ شکایتی صرف‌ِنظر نشده است زیرا وظیفه قانونی ما این است که از طریق محاکم قضائی، به تخلفات هر فردی که حق دانشگاه را ضایع کرده است رسیدگی کنیم.
میرزاده در ادامه درباره اینکه برخی افراد، دانشگاه آزاد را متهم به زمین‌خواری می‌کنند اظهار کرد: دانشگاه آزاد موافقان و مخالفان زیادی دارد؛ برخی مخالفان اطلاعی از فعالیت‌های ما ندارند و متأثر از مخالفانی هستند که هر کار خوبی انجام دهیم، بازهم ایراد می‌گیرند. باید گفت از مهر ٩٢ تا کنون یک آجر، خلاف مقررات شهرسازی و محیط زیستی جا‌به‌جا نشده و هر آنچه در دست اقدام است، در چارچوب محیط زیست و مقررات است. هیچ‌گونه تصرفی در ارتفاع هزارو ٨٠٠ به بالا انجام نشده است.
این اتفاق در شرایطی است که دانشگاه آزاد اسلامی در دی‌ماه سال ١٣٩٠، در یک اقدام سریع دولتی، با تغییر تحمیلی رئیس دانشگاه روبه‌رو شد. در تاریخ سه‌شنبه ۲۷ دی‌ماه ۱۳۹۰، جلسه هیأت‌امنای دانشگاه آزاد برای تعیین رئیس این دانشگاه با حضور اکبر هاشمی‌رفسنجانی، سید حسن خمینی و حمید میرزاده (سه نماینده هیأت‌مؤسس)، محمد محمدیان (رئیس نهاد نمایندگی ولی‌فقیه در دانشگاه‌ها)، کامران دانشجو (وزیر سابق علوم)، مرضیه وحید‌دستجردی (وزیر سابق بهداشت)، فرهاد دانشجو، بهمن یزدی‌صمدی و فریدون عزیزی (سه نماینده شورای‌عالی انقلاب فرهنگی) و عبدالله جاسبی (رئیس سابق دانشگاه و دبیر هیأت‌امنا) برگزار شد. در این جلسه آیت‌الله هاشمی رفسنجانی خواستار ارائه برنامه از سوی کاندیداهای ریاست و سپس رأی‌گیری بود، اما طیف مقابل لزومی به ارائه برنامه ندیدند و اعلام کردند به ریاست فرهاد دانشجو رأی مثبت می‌دهند.
پس از پایان جلسه، فرهاد دانشجو و هواداران وی، ریاست او بر دانشگاه آزاد را اعلام کردند و در مقابل، دبیرخانه هیأت‌امنای دانشگاه با صدور بیانیه‌ای انتخاب وی را رد کرد و گفت ریاست جلسه با هاشمی‌رفسنجانی بوده است و وی رأی‌گیری نکرده است؛ اما کامران دانشجو، وزیر علوم وقت، مدعی بود ریاست دانشگاه با وی بوده است و حکم او را رئیس‌جمهور برای معرفی در شورای‌عالی انقلاب فرهنگی امضا کرد و یک هفته بعد شورای‌عالی انقلاب فرهنگی ریاست فرهاد دانشجو را تأیید کرد.