تعدادی از انجمن‌های اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های سراسر کشور در بیانیه‌ای خطاب به نمایندگان مجلس شورای اسلامی درباره فرآیند اصلاح وزارت علوم نکاتی را متذکر شدند.
متن این بیانیه که به امضای انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی شیراز، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی مشهد، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه شهید رجایی تهران، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی تبریز،انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی کرمان، انجمن اسلامی دانشجویان مرکز آموزش عالی استهبان، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه فسا، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی سمنان، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگان رسیده بدین شرح است:
«بسمه تعالی
اگر مجلس و دولت و قوه قضاییه و سایر ارگان‌ها از دانشگاه‌های اسلامی و ملی سرچشمه می‌گرفت ملت ما امروز گرفتار مشکلات خانه‌برانداز نبود. وصیتنامه سیاسی الهی امام خمینی(ره)
نمایندگان محترم مجلس شورای اسلامی
خواست ملت مسلمان ایران در انتخابات ۲۴ خرداد بر تحخقق دولتی نوگرا و تحولات اساسی در فضای سیاست، فرهنگ و اقتصاد قرار گرفت و اینک دانشجویان و دانشگاهیان مترصد استشمام نسیم تحول و اصلاح در دانشگاه‌هایی هستند که در سال‌های گذشته به‌واسطه بی‌تدبیری و تندروی، دچار رخوت و رکود علمی، فرهنگی و سیاسی شدند.
پس از رأی اعتماد مجلس شورای اسلامی به دکتر فرجی‌دانا به عنوان وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، جامعه دانشگاهی کشور امید داشت با استقرار ایشان در مسند وزارت، شعارهای دولت در حیطه دانشگاه‌ها نیز تحقق یابد، شعارهایی که رئیس‌جمهور در دانشگاه تهران به صورت جدی‌تر آنها را مطرح کرد و لازمه آن انتصاب مسئولان آزاداندیش، دلسوز و آگاه از دغدغه‌های اصیل دانشگاهیان و رفع معضلات ناشی از سوءمدیریت گذشته بود. اما اخباری که در روزهای اخیر از مجلس به گوش می‌رسد، سبب نگرانی جامعه دانشگاهی شده است. لذا ما انجمن‌های اسلامی به عنوان بازمانده باسابقه‌ترین تشکل دانشجویی کشور در سال‌های رکود و رخوت جامعه دانشگاهی، بر خود لازم می‌دانیم نکاتی را با نمایندگان ملت مطرح نماییم:
۱- سرنوشت انتخابات ریاست‌جمهوری خرداد ۹۲ در شرایطی به سوی تحول رقم خورد که در مقابل حمایت کمتر از یک سوم نمایندگان مجلس از شخص پیروز و طیف حامی وی، اکثریت قریب به اتفاق نمایندگان محترم با انتشار نامه‌ها و اعلامیه‌ها از افرادی حمایت کردند که چون درجاماندگی و عقبگرد سیاسی را نوید می‌دادند، نتوانستند حمایت مردم را جلب نمایند. نامه‌هایی که به شورای نگهبان ارسال شد و مطالبی که در رسانه‌های خاص برای تأثیرگذاری در خواست مردم، منتشر می‌شد همگی در حافظه تاریخی ملت ثبت شده است، اما مردم با بی‌توجهی به القا و اغوای سیاسیون، نشان دادند کشور به مسیری متفاوت از خواست آنهایی که به عنوان «وکیل ملت» به مجلس راه می‌یابند و همچون «وکیل‌الدوله» اصولگرایی عمل می‌کنند، می‌اندیشند.
اینک توصیه دانشجویان به نمایندگان محترم آنست که بیش از این خود را در مقابل ملت قرار ندهند و بدانند که کسانی که در همان دور نخست انتخابات و در مقام رقابت با ۵ کاندیدای دیگر، دکتر روحانی را به مسند ریاست دولت نشاندند، آگاهانه انتخاب کردند و مجدانه از انتخاب خویش دفاع خواهند کرد. بر همین اساس، دانشجویان نیز از رئیس دولت جدید انتظار وزیری همچون دکتر توفیقی و فرجی‌دانا داشتند که بتوانند با تحولات فوری در مدیریت دانشگاهی کشور، موجبات تحول عمقی در کیفیت علمی، فرهنگی و سیاسی آن را هم فراهم آورند.
۲- مقاومت نمایندگان مجلس در برابر اقدامات اصلاحی سرپرست وزارت علوم، از جمله برکناری رئیس دانشگاه علامه طباطبایی در شرایطی بود که نمایندگان خود به تخلفات صدرالدین شریعتی آگاه بودند. فردی که با استنکاف از حکم دیوان عدالت اداری کشور و دستور رئیس‌جمهور سابق برای بازگشت یک استاد اصولگرا و نماینده سابق مجلس، به نامه ۷۵ نماینده مجلس هم وقعی نمی‌نهاد. نمایندگان مجلس از یک سو تحقیر جایگاه سه قوه توسط یک رئیس دانشگاه را دیدند و سکوت کردند و از طرف دیگر به دلیل مخالفت سیاسی خود با سرپرست وزارت علوم - که سوابق عملکردش در اصلاح فضای سیاست‌زده و افراطی دانشگاه‌ها در اواخر دوره اصلاحات هم بر ایشان پوشیده نبود - بر مخالفت پیشین خود با شریعتی، سرپوش گذاشتند و اقدام دکتر توفیقی را فتنه‌گری خواندند!
اینک این پرسش نزد عموم دانشجویان و دانشگاهیان مطرح است که این همه تناقض در رفتار نمایندگان چه معنایی می‌تواند داشته باشد جز سیاست‌زدگی؟! و آیا نمایندگان مجلس باز هم قصد دارند به این رفتارهای متناقض ادامه دهند؟
۳- در منظر قاطبه جامعه دانشگاهی، مخالفت نمایندگان با معرفی دکتر توفیقی به مجلس از یک سو مخالفت امروز ایشان با وزیر علوم که هر دو به‌واسطه تغییر مدیران این نهاد شدت گرفت، چیزی جز یک مخالفت سیاسی نیست که اگر این کارشکنی در مسیر وزیر علوم دولتی که در ابتدای راه تحقق وعده‌های خود به مردم است، ادامه یابد، عملا به نفی اصل تفکیک قوا خواهد انجامید. گویا نمایندگان مجلس که پیشتر در برابر طرح شبهه «مجلس در رأس امور نیست» توسط رئیس‌جمهور سابق سکوت کرده بودند، اینک نظام ریاستی را با نظام پارلمانی خلط کرده‌اند که انتظار دارند وزیر علوم به جای پاسخگویی به رئیس‌جمهور و مردمی که به او رأی داده‌اند، صرفاً به ایشان جوابگو باشد. ظاهرا ایشان انتظار دارند وزیر علوم برای هر اقدام در حیطه وظایف و اختیارات خود در کمیسیون حاضر شود، حال آنکه وظیفه کمیسیون آموزش بررسی راهبرد کلان حرکت علمی کشور است نه یکایک عزل و نصب‌ها.
۱۰ سال قبل زمانی که مجلس ششم به دکتر فرجی‌دانا جهت تصدی وزارت علوم رأی اعتماد نداد، یکی از چهره‌های ارشد اصولگرایی مدعی شد که "با انتخاب فرجی‌دانا دانشگاه از سیاست‌زدگی خارج می‌شد" و "از فضای مجلس این گونه استنباط می‌شد که بعضی‌ها نگران از دست دادن دانشگاه‌ها به عنوان ابزار سیاسی هستند"، اینک اما نمایندگان اصولگرا دکتر فرجی‌دانا را به اتهام سیاست‌زدگی تحت فشار قرار داده‌اند! اما به نظر می‌رسد این اتهام متوجه خودشان باشد، چراکه ظاهراً نمایندگان اصولگرا "نگران از دست دادن دانشگاه‌ها به عنوان ابزار سیاسی هستند"! آیا نمایندگانی که از تغییر مدیران ناکارآمد و بعضا متخلف در وزارت علوم اینچنین برآشفته‌اند، از بورسیه‌های غیرتخصصی و باندبازی‌های تیم قبلی وزارت علوم اطلاع نداشته‌اند؟ آیا به زعم آنها «اسلامی شدن دانشگاه‌ها» با انتصاب نزدیکان و خویشان معاونین سابق وزارت علوم در هیأت علمی دانشگاه‌ها، محقق می‌شد؟ آیا مبارزه سرپرست و وزیر علوم با فساد اداری، حرکت در راستای فتنه است؟
۴- از نمایندگان مجلس انتظار می‌رود به جای موضع‌گیری سیاسی در مقابل وزیر علوم، به معضلات واقعی دانشگاه بپردازند. مشکلات اصلی دانشگاه، رکود علمی، فرهنگی و سیاسی و نیز اقدامات غیرقانونی در مسائلی چون اعطای بورسیه‌های دکترا، اعمال رابطه در انتصاب افراد همسو در هیأت علمی دانشگاه‌ها و نیز دخالت برخی مسئولان سابق وارت علوم و روسای دانشگاه‌ها در امور داخلی تشکل‌های دانشجویی است. از جمله این مسائل، عدم صدور مجوز فعالیت تشکل‌های دانشجویی بود که به‌واسطه اعتراض جمعی از هیأت‌های موسس انجمن های اسلامی به طرح سوال از وزیر سابق علوم توسط برخی نمایندگان انقلابی و آزاداندیش مجلس اتجامید.
آخرین اقدام غیرقانوبی افراد باقیمانده از دولت گذشته در وزارت علوم، دخالت آقای خواجه‌سروی در انتخابات شورای مرکزی «دفتر تحکیم وحدت» بود که ۱۴ انجمن اسلامی دانشجویان در سه بیانیه گذشته خود خطاب به رئیس‌جمهور و رئیس شورای عالی انقلاب فرهنگی و همچنین هیأت نظارت بر تشکل‌های اسلامی دانشگاهیان نسبت به این رویه خطرناک هشدار دادند. در شرایطی که سرپرست وزارت علوم از تغییر معاونان دولت قبل و از جمله معاون فرهنگی پرهیز داشت، آقای خواجه‌سروی که نهایتا در روزهای اخیر از مسئولیت خود برکنار شد، با سوء‌استفاده از فضای مبهم موجود و درست چند روز مانده به معرفی وزیر پیشنهادی علوم به مجلس، انتخاباتی غیرقانونی با حضور ۹ انجمن اسلامی در دانشگاه امیرکبیر (مورخ جمعه ۲۶ مهر ۱۳۹۲) ترتیب داد که برگزارکنندگان مدعی عنوان «دفتر تحکیم وحدت» هستند. متأسفانه در مقابل این قبیل اقدامات غیرقانونی که با اعتراض انجمن‌های اسلامی و نیز مسئولین وزارت بهداشت همراه بود، شاهد سکوت نمایندگان ملت و اعضای شورای عالی انقلاب فرهنگی بودیم که اگر قرار بر کارشکنی بر سر اقدامات اصلاحی وزیر جدید علوم باشد، چه بسا که ابعاد این ماجرا گسترده‌تر و خطرناک‌تر شود.
بر همین اساس، ما انجمن‌های اسلامی معترض به انتخابات جعلی، به شما نمایندگان مجلس شورای اسلامی و به ویژه اعضای کمیسیون آموزش مجلس اعلام می‌کنیم همچنان که اعتراضات مستند خود را با ذکر دلایل مستند برای ابطال انتخابات غیرقانونی مذکور در مهلت قانونی ۱۰ روزه اعتراض، به هیأت محترم نظارت مشترک بر تشکل‌های اسلامی دانشگاهیان ارائه دادیم، از مجلس نیز تقاضای همراهی با وزارت علوم و رسیدگی مستقل داریم. امیدواریم نمایندگان ملت، با پرهیز از سیاست‌زدگی، تخلفات و مشکلات بر جای مانده در وزارت علوم را بررسی و آقای دکتر فرجی‌دانا را در اصلاح این معضلات یاری رسانند. انتظار داریم نمایندگان با توجه به موضوع انتخابات دفتر تحکیم وحدت به عنوان آخرین نمونه اقدامات غیرقانونی گذشته در وزارت علوم، به خواسته اکثریت انجمن‌های اسلامی رسیدگی شود تا در اسرع وقت انتخابات شفاف، فراگیر و قانونی با حضور کلیه انجمن‌های اسلامی هوادار احیای تشکیلات دفتر تحکیم وحدت برگزار و فراّیند چندین ساله تزکیه این تشکیلات دانشجویی از نفوذ افراطیون و فرصت‌طلبان، به انجام رسد.
به امید احیای انجمن‌های اسلامی دانشجویان و دفتر تحکیم وحدت و تحقق آرمان دانشگاه تمدن‌ساز اسلامی ایرانی با حضور مؤثر تشکل‌های دانشجویی انقلابی، مستقل و مرتبط با توده‌های دانشجویی.»