چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری در ۲۵ مرداد ۱۳۶۴ برگزار شد و آیت الله سیدعلی خامنه‌ای با کسب اکثریت آرا برای دومین دوره به‌عنوان رئیس‌جمهوری منتخب، هدایت قوه مجریه را عهده دار شد.
به گزارش ایسنا، انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری در شرایطی برگزار شد که برای نخستین بار در تاریخ جمهوری اسلامی ایران، یک رئیس جمهور توانست دوره ۴ ساله خود را به پایان برساند؛ در حالی که نخستین دوره دولت آیت الله سیدعلی خامنه‌ای که در سال ۱۳۶۰ و پس از به شهادت رسیدن محمدعلی رجایی و در انتخاباتی زودهنگام روی کار آمد، در سال ۱۳۶۴ روز‌های آخر خود را سپری می‌کرد، کشور در حال آماده شدن برای برگزاری انتخابات چهارمین دوره ریاست جمهوری بود.
از راست: حبیب‌الله عسگراولادی، سیدعلی خامنه‌ای و سیدمحمود کاشانی
وزارت کشور به تصدی علی‌اکبر ناطق نوری مهلت نام نویسی از داوطلبان نامزدی انتخابات چهارمین دوره ریاست‌جمهوری را ۲۶ تیرماه تا ۳۰ تیرماه ۱۳۶۴ تعیین کرد؛ در این مدت ۵۰ نفر ثبت‌نام کردند که در میان آن‌ها اسامی افرادی از جمله مهدی بازرگان که سابقه نخست وزیری و همچنین نمایندگی نخستین دوره مجلس شورای اسلامی را داشت و همچنین سیدعلی خامنه‌ای (رئیس جمهور وقت)، سیدمحمود کاشانی (استاد دانشگاه) و حبیب‌الله عسگراولادی (وزیر پیشین بازرگانی) به چشم می‌خورد.
شورای نگهبان، اما برای این انتخابات تنها صلاحیت ۳ نفر را تائید کرد؛ آیت الله خامنه ای، عسگر اولادی و کاشانی ۳ نامزدی بودند که اسامی آن‌ها از سوی وزارت کشور اعلام شد؛ آنچه که در آن روز‌ها نقل محافل شد، رد صلاحیت بازرگان بود؛ اقدامی که موجب واکنش شدید حزب او یعنی نهضت آزادی شد. آیت‌الله خزعلی عضو شورای نگهبان در این مورد چنین اظهار نظر کرد: «ملت عزیز ما خیلی سنگین و باوقار با ما رفتار دارند، اما شما (بازرگان) لجاجت به خرج می‌دهید، چون می‌ترسم آینده تیره‌تری را داشته باشید. بحمدالله در مقاطع حساس همه نهاد‌ها به خصوص شورای نگهبان ایستاده‌اند و نمی‌گذارند، بنی‌صدر دیگری روی کار بیاید، ولو این که به قیمت جانشان تمام شود، ما از روی قانون عمل می‌کنیم. در قانون آمده است، ریاست جمهوری باید ایرانی‌الاصل، مدیر و مدبر، شجاع و معتقد به مبانی جمهوری اسلامی باشد، اما شما را معتقد به مبانی جمهوری اسلامی نیافتیم و شما مخالف ولایت فقیه هستید».
در این انتخابات همچون انتخابات مهر ماه سال ۱۳۶۰ بیشتر احزاب و گروه‌های فعال از ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای حمایت کردند؛ او مورد حمایت اکثر گروه‌ها و جناح‌های سیاسی داخل و خارج حزب جمهوری قرار گرفت و جامعه روحانیت مبارز نیز او را به عنوان فرد اصلح برای احراز این مقام و مسئولیت معرفی کرد. جامعه مدرسین حوزه علمیه قم نیز اعلام کرد: «با توجه به برخورد‌های صریح و قاطع آقای خامنه‌ای نسبت به مسائل داخلی و سیاست‌های خارجی کشور و نشان دادن علاقه و ایمان به ولایت فقیه و اسلام فقاهتی و لیاقت و مدیریت، بار دیگر به ایشان رأی می‌دهند.»
همچنین سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، تثبیت انقلاب در صحنه بین‌المللی، سامان یافتن امور اجرایی کشور، پیروزی‌های چشمگیر در جنگ تحمیلی و دوام اقتصادی کشور را دلایل حمایت مجدد از ریاست‌جمهوری آیت‌الله خامنه‌ای برشمرد. گروه‌ها و احزاب دیگری چون، دفتر تحکیم وحدت، انجمن اسلامی دانشجویان دانشگاه‌های سراسر کشور، جامعه روحانیت مبارز، جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، انجمن اسلامی شهرستان‌ها و اصناف، ائمه جمعه مراکز استان‌ها و دیگر گروه‌ها با انتشار بیانیه‌هایی از آیت‌الله خامنه‌ای حمایت کردند.
آیت‌الله خامنه‌ای که تجربه چهار سال ریاست جمهوری را در کارنامه خود داشت، ابهام در اختیارات رئیس‌جمهور و عدم ضمانت کافی برای اجرای خواسته‌های رئیس جمهور را از مهم‌ترین مسائل دوره بعد معرفی و تاکید کرد که تدوین کامل قانون اختیارات ریاست‌جمهوری در اولویت او خواهد بود. «افزایش تحرک دیپلماسی کشور» از دیگر محور‌های برنامه‌های آیت الله خامنه‌ای عنوان شد.
در نهایت چهارمین دوره انتخابات ریاست جمهوری ۲۵ مرداد ۱۳۶۴ برگزار شد؛ در این انتخابات از مجموع ۲۵ میلیون و ۹۳۳ هزار و ۸۰۳ نفر از واجدان شرایط، ۱۴ میلیون و ۲۴۴ هزار و ۲۹۷ نفر معادل ۵۴.۸ درصد پای صندوق‌های رای رفتند و آیت الله سید علی خامنه‌ای توانست همچون انتخابات مهرماه ۱۳۶۰ با کسب اکثریت آرا به‌عنوان رئیس‌جمهوری منتخب، هدایت قوه مجریه را عهده دار شود.
بر اساس اعلام وزارت کشور، آیت الله سیدعلی خامنه‌ای ۱۲ میلیون و ۲۰۳ هزار و ۸۷۰ رای (۸۵.۶۷ درصد)، سیدمحمود کاشانی یک میلیون و ۴۰۲ هزار و ۴۱۶ رای (۹.۸۴ درصد) و حبیب‌الله عسگر اولادی ۲۸۳ هزار و ۲۹۷ رای (۱.۹۸ درصد) کسب کردند. حکم ریاست جمهوری آیت الله خامنه‌ای ۱۳ شهریور ۱۳۶۴ طی مراسمی در حسینیه جماران از سوی امام خمینی (ره) تنفیذ شد. به این ترتیب برای نخستین مرتبه یک رئیس جمهور در جمهوری اسلامی ایران توانست برای دومین دوره متوالی با اخذ رای از مردم، سکان هدایت قوه مجریه را بر عهده بگیرد.