در مجالس شورای اسلامی یک رسم و سنت نانوشته‌ای وجود دارد که وقتی وزرای دفاع و اطلاعات برای رای اعتماد معرفی می‌شوند، سعی می‌شود که کمترین مخالفتی با آن‌ها شود و همین‌طور کمترین سوالات در مجلس هم به این دو وزیر اختصاص دارد. شاید این عدم مخالفت‌ها بنا بر این موضوع باشد که وزرای دفاع، اطلاعات و امور خارجه با هماهنگی رهبری انتخاب و معرفی می‌شوند.
به گزارش اعتماد؛ شاهد این ادعا هم مطلبی است که به تاریخ ۶ مرداد ۱۳۹۶، از سوی وب‌سایت دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله خامنه‌ای منتشر شد: «رویه ثابت در همه دولت‌ها، هماهنگی با رهبری در انتخاب وزیران دفاع، امور خارجه و اطلاعات بوده است و این هم، حسب تکالیفی است که در قانون اساسی برای رهبری در امور سیاست خارجی و دفاعی- امنیتی تعیین شده است.» بر همین اساس دهقان هم وقتی در مجلس نهم برای کسب رای اعتماد رفت، بدون اینکه مخالفتی با او صورت بگیرد، با رای بالایی به وزارت رسید.
در دوران وزارت دفاع دهقان، مهم‌ترین اتفاق دیپلماسی دولت روحانی رخ داد؛ مذاکرات ایران با گروه ۱+۵ نتیجه داد و منجر به برجام و قطعنامه ۲۲۳۱ شد. دهقان در طول حضورش در کابینه و بعد از آن، از دولت بدگویی نکرد و بعضا حمایت هم کرد. حسین دهقان به عنوان وزیر دفاع و وزارتخانه‌اش هم در کنار سایر تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای ایران در به ثمر رسیدن برجام نقش موثری داشت. رییس‌جمهوری وقت در مراسمی که ۱۹ بهمن ۹۴ برگزار شد، به حسین دهقان نشان درجه یک شجاعت اهدا کرد و گفت: «در ادامه روند مذاکرات به جایی رسیدیم که نیاز بود وزیر دفاع و کارشناسان این وزارتخانه به صحنه بیایند و تهمت ناروایی که صهیونیست‌ها نسبت به ملت ما زده بودند، زدوده و گره PMD حل و فصل شود، لذا در این راه دکتر دهقان با همه یاران‌شان شجاعانه به صحنه آمدند.»
او، اما با شروع دولت دوازدهم از کابینه کنار گذاشته شد و درباره کنار رفتنش از وزارت دفاع این‌گونه گفته: «از قدیم ضرب‌المثلی هست که می‌گوید «صلاح مملکت خویش خسروان دانند» به هر حال آقای روحانی به عنوان رییس‌جمهور باید همکاران خود را متناسب با سیاست‌ها و برنامه‌هایی که در این دوره دارند، انتخاب می‌کردند. حق انتخاب هم با ایشان بود که فرد دیگری را انتخاب کردند.»
دهقان را تقریبا می‌توان در زمره مدافعان برجام برشمرد؛ او در گفت‌وگوی تلویزیونی خود از برجام دفاع می‌کند: «اولا برجام چیز جدیدی به معنای محدودیت‌ها یا ممنوعیت‌ها نیست؛ برجام یک فرآیندی درباره صرف برنامه هسته‌ای ماست. یعنی هیچ بحث غیرهسته‌ای در برجام وجود ندارد. دوم اینکه قطعنامه ۲۲۳۱ تمامی قطعنامه‌های قبلی را تا ۱۹۲۹ فقط در بعد هسته‌ای ملغی می‌کند؛ این را به یاد داشته باشید. پس اساسا موضوع برجام پرونده هسته‌ای است، هیچ چیز دیگری نیست. نه موشکی و نه حقوق بشر است. ولیکن اینکه برجام موجب محدودیت شده است باید گفت یک جا چنین است و آنجا این است که اقلام با استفاده دوگانه این محدودیت را داریم که باید سیکل کمیته خرید را طی کند. گفته شده باید اطمینان حاصل شود که اگر در محل غیرنظامی به کار گرفته می‌شود ردش تا محل استفاده کاملا به تایید رسد و دیده شود.»
او در زمانی که از دولت یازدهم بابت بالا بودن میانگین سنی انتقاد می‌شد از همکارانش دفاع کرد و کم‌تحرک بودن دولت را رد کرده بود: «من کمتر همکاری را می‌دانم از خود آقای روحانی تا بقیه که در شبانه‌روز کمتر از چهارده ساعت کار بکنند من خودم معمولا پنج می‌آیم هشت و نه شب و ده شب می‌روم بیشتر از ۱۷-۱۸ ساعت نمی‌شود کار کرد بقیه هم همین‌طور هستند.»
پس از کنار رفتن از دولت دوم روحانی، در حکمی به تاریخ ۲۹ مرداد ۱۳۹۶ از سوی مقام رهبری، دهقان به سمت «مشاور فرماندهی کل قوا در حوزه صنایع دفاعی و پشتیبانی از نیرو‌های مسلح» منصوب شد. در حکم او آمده است: «رصد مستمر تحقیقات علمی و تحول فناوری‌های دفاعی و ارایه پیشنهاد در دستیابی به ارتقا و توسعه قابلیت‌ها مورد انتظار می‌باشد.»
دهقان پس از ترور محسن فخری‌زاده که از مدیران ارشد وزارت دفاع بود و هفتم آذر ۱۳۹۹ رخ داد، در توییت‌هایی او را «دوست و برادر دیرینه‌اش» خواند و نوشت که «همچون صاعقه بر سر قاتلان این شهید مظلوم فرود خواهیم آمد و از کرده خود پشیمان‌شان خواهیم کرد.»
حسین دهقان پس از اینکه از دولت رفت همچنان مورد توجه رسانه‌ها بود و جسته و گریخته از احتمال ورودش به انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۴۰۰ صحبت می‌کرد. پس از مدتی این جسته و گریخته‌ها رسمی شد و او اعلام کرد که می‌خواهد هشتمین رییس‌جمهوری در سیزدهمین انتخابات ریاست‌جمهوری شود. اما پیش از اعلام نتایج تایید صلاحیت‌ها از سوی شورای نگهبان، حسین دهقان اعلام کرد که به نفع «ابراهیم رییسی» کناره‌گیری می‌کند.
او کناره گرفت و اردیبهشت ۱۴۰۱، با حکم رییسی به سمت نماینده ویژه رییس‌جمهوری و دبیر شورای توسعه سواحل مکران منصوب شد. او در این مدت اظهاراتی هم درباره توسعه مکران داشته که بازتاب زیادی در رسانه‌ها داشته است: «به رییسی گفتم مکران قرار است به دوبی و شانگ‌های تبدیل شود.» هرچند تا امروز مکران تبدیل به شانگ‌های و دوبی نشده، اما با سمت جدیدی که در بنیاد مستضعفان گرفته، به نظر می‌رسد که دیگر زمانی برای شانگ‌های و دوبی کردن سواحل مکران نداشته باشد و باید به جای رفتن به مکران، به ساختمان مرکزی بنیاد مستضعفان در بلوار آفریقای تهران برود؛ محله‌ای که با وظیفه ذاتی این بنیاد همخوانی که ندارد هیچ، در تضاد معنایی و مفهومی نیز قرار دارد.