با توجه به بررسی پرونده برجام در شورای عالی امنیت ملی، برخی بر این باور اند که تعویض شمخانی باعث ایجاد برخی تغییرات در این پرونده و بروز نگاه‌های جدید می‌شود. اما برخی نیز معتقدند درست است که شمخانی با روحانی همکاری‌های زیادی داشته، اما در سابقه چند سال اخیر او، ناهماهنگی‌هایی بین او و دولت روحانی در روند برجام نیز دیده می‌شود.
انتخاب نوشت: کوروش احمدی، دیپلمات سابق ایران در سازمان ملل، درباره میزان تعیین کنندگی نهاد شورای عالی امنیت ملی بر روند برجام گفت: این مسئله از دو جهت قابل بحث است: یکی اینکه آیا موضوعات از بعد اجرایی نیز بطور مشخص به شورای امنیت ملی سپرده شود یا نه. دیگر اینکه نقش شورای عالی امنیت ملی در بررسی و تصویب اموری که ابعاد اجرایی آن در نهادهای دیگر انجام شده تا چه حد است. در مورد اول مثلا امور اجرایی برجام در یک دوره‌ای به شورای عالی امنیت ملی سپرده شده بود و دبیران این شورا کارهای اجرایی و مذاکرات با طرف‌های خارجی را انجام می‌دادند. در یک دوره دیگر مشخصا در دولت یازدهم و دوازدهم کار به دولت سپرده شد.
او ادامه داد: اکنون اگر احیانا کار برجام یا هر فکر دیگری در مورد برنامه هسته‌ای به شورای امنیت ملی سپرده شود، طبعا نقش دبیر آن اهمیت بسیار زیادی پیدا می کند. از اینکه بگذریم مسئله در سطح تصمیم گیری‌های نهایی و تصویب نتایج کارهاست؛ شورای عالی امنیت ملی وظیفه دارد که حاصل هر اقدامی را که در چارچوب سیاست‌های کلی ابلاغی انجام شده، بررسی کند و در مورد آن تصمیم بگیرد و نهایتا کار با تایید رهبری می‌تواند اجرایی شود. شورای عالی امنیت ملی به خاطر اینکه طیف گسترده‌ای از مسئولان دوایر مختلف سیاسی و امنیتی در آن حضور دارند محلی برای مشورت و همفکری و ایجاد اجماع و جلب موافقت همه دست اندرکاران امور امنیتی و سیاست خارجی نظام است. رئیس شورا نیز رئیس جمهور است. البته، چون رئیس جمهور نقشی در تعیین اکثر اعضای شورا ندارد، طبعا اختیارات ایشان به عنوان رئیس شورا و حرف شنوی از ایشان محدود است. به همین دلیل دبیر شورا اگر چه از طرف رئیس جمهور تعیین می‌شود، اما رابطه سازمانی به گونه‌ای است که این دبیر می‌تواند حرف شنوی خیلی زیادی از رئیس جمهور نداشته باشد.
وی درباره کنار رفتن شمخانی از دبیری شورای عالی امنیت ملی و تاثیر این اتفاق بر پرونده برجام افزود: من فکر نمی‌کنم کنار رفتن ایشان تاثیری عمده‌ای در کار برجام داشته باشد؛ آقای شمخانی در ده سال اخیر که سمت دبیری شورای عالی امنیت ملی را داشت در بسیاری مقاطع با برجام همسو بود، بخصوص در سال ۹۴ که برجام مورد تایید نظام بود. منتهی در سال ۹۹ آنطور که از گزارش‌های خبری برمی آید با قانون راهبردی مجلس برای لغو تحریم‌ها که در آذر آن سال تصویب شد، همراهی‌هایی نشان داد؛ و این در حالی بود که دولت روحانی و وزارت خارجه قویا با قانون مذکور مخالف بودند و به قول آقای واعظی آن مصوبه به گونه‌ای بود که می‌توانست پرونده هسته‌ای ایران را دوباره به شورای امنیت سازمان ملل بفرستد.
او افزود: در آن دوره در رسانه‌ها مطرح بود که گویا آقای شمخانی بدون اطلاع دولت و رئیس شورای امنیت ملی که رئیس‌جمهور بود، مذاکراتی با مجلس و شورای نگهبان داشته یا شاید نامه‌ای دال بر موافقت شورای عالی امنیت ملی به شورای نگهبان نوشته باشد که تصویب آن قانون توسط مجلس و تایید سریع آن توسط شورای نگهبان را ممکن کرد. این امر از آن جهت اهمیت داشت که اقدامات مرتبط با برجام توسط نهادهای دیگر مسلتزم جلب موافقت دولت بود و دولت باید با اقدام مجلس موافقت می‌کرد تا شورا نگهبان آن را تصویب کند. در آن زمان صحبت از این بود که با وجود اینکه روحانی رئیس شورای عالی امنیت ملی بود، اما دبیر شورا نظر موافق شوراعالی امنیت ملی را با آن مصوبه اعلام کرده بود. اگر این اخبار درست باشد به این معنی است که آقای شمخانی در آن مقطع کمتر با دولت و بیشتر با مجلس که موضع تندی در مورد برجام داشت همسو بود.
احمدی درباره علت انتخاب احمدیان به دبیری شورای عالی امنیت ملی و تاثیر حضور او در برجام گفت: من شناختی از آقای احمدیان ندارم و نمی‌دانم چه مواضعی دارند. فکر می‌کنم نظرات ایشان در رسانه‌ها نیز انعکاسی نداشته است. به هر صورت من فکر نمی‌کنم انتصاب ایشان تاثیر تعیین کننده‌ای در مورد برجام داشته باشند، چه اینکه مسئله برجام به نقش یک نفر خلاصه نمی‌شود تا بتواند تاثیری روی آن داشته باشد. رهبری و دولت آقای رئیسی و بقیه اعضای شورای امنیت ملی هستند که با هماهنگی یکدیگر تصمیم می‌گیرند که برجام چه سرنوشتی داشته باشد. البته اکنون مسئله به صورت دیگری مطرح است؛ وزیرخارجه و آقای مرندی به عنوان مشاور رسانه‌ای اعلام کرده اند که ایران آماده است برجام را به همان شکلی که در مرداد گذشته نهایی شده بود را بپذیرد. از این نظر گویا مشکل بیشتر از سمت آمریکایی‌ها و اروپایی‌ها ست که این روزها علاقه‌ای به برجام نشان نمی‌دهند؛ لذا حداقل فعلا تغییر دبیر شورا نقش خیلی زیادی در این قضیه نخواهد داشت.