قدیمی‌ترین بنای تاریخی اصفهان را باید مسجد جامع یا مسجد جمعه تلقی کرد. سیمای فعلی مسجد عمدتا مربوط به اقدامات دوره سلجوقی است؛ اما تعمیرات و الحاقات آن به دوران بعد، به‌خصوص عصر صفویان مربوط می‌شود. گرچه در کاوش‌های باستان‌شناسی آثاری متعلق به دوران آل‌بویه و قرن سوم هجری کشف شده‌اند. در همین کاوش‌ها آثاری از دوران قبل از اسلام نیز به دست آمده است. بخش‌های مختلف مسجد جامع اصفهان که در آخرین نشست کمیته میراث جهانی یونسکو به فهرست جهانی افزوده شده است، نزدیک به دوهزار سال شکل گرفته و طی این سال‌ها در حال مرمت یا بازسازی بوده است. مهم‌ترین طرح‌های توسعه مسجد جامع اصفهان در دوران آل‌بویه و پس از آن، در دوران حکومت صفویه شکل گرفته است. قسمت‌هایی از این مسجد از جمله مدرسه‌ی مظفری و شبستان ۱۸ ستون امکان بازدید عمومی ندارد. مدرسه مظفریه مسجد جامع اصفهان توسط سلطان محمود آل مظفر بنا گردید. این مدرسه در جایی ساخته شده است که به صفه عمر نیز شهرت دارد. فضا‌های این قسمت را یک ایوان با طاق آهنگ، دو راهروی کنار آن با طاق چهار بخش و یک شبستان بزرگ با طاق خوانچه پوش و یک تاق مرکزی در بر می‌گیرد.