پس از انتشار خبر برکناری دکتر بیژن عبدالکریمی، ۱۲ انجمن علمی نسبت به این حکم اعتراض کردند و بیانیه‌ای در این زمینه منتشر کردند.
به گزارش شرق، در این بیانیه آمده است: «به قرار اطلاع، دانشگاه آزاد اسلامی بر‌اساس رأی هیئت رسیدگی به تخلفات انتظامی اعضای هیئت علمی آن دانشگاه و بدون توجه به رأی دادگاه عمومی مبنی بر لغو حکم تعلیق ایشان، به خدمت جناب آقای دکتر بیژن عبدالکریمی، عضو محترم هیئت علمی آن دانشگاه پایان داده است. این برخورد مغایر با شأنیت نهاد دانشگاه، ارزش‌ها و هنجار‌های علمی و آزادی‌های آکادمیک ارزیابی شده و گویا صدور چنین احکامی درباره اعضای هیئت علمی تنها منحصر به این حکم هم نبوده است.
دکتر بیژن عبدالکریمی که به خاطر بیان دیدگاه‌های انتقادی و دلسوزانه‌اش از کار برکنار شده، چهره‌ای است که به تعهد علمی، خردورزی انتقادی، دلبستگی به فرهنگ دینی و ملی و دلسوزی عمیق به کشور و مردم ایران اشتهار دارد. در نتیجه، چنین تصمیمی موجب حیرت و ناخرسندی دانشگاهیان و فرهیختگان کشور شده است و می‌تواند موجی از ابهام و ناامیدی را در فضای علمی کشور به‌ویژه دانشجویان ایجاد کند.
رشد و شکوفایی دانشگاه‌ها به‌ویژه در رشته‌های علوم انسانی و اجتماعی مستلزم رعایت موازین استقلال علمی دانشگاه‌ها و آزادی و امنیت دانشگاهیان در ابراز دیدگاه‌های انتقادی است. بر همین اساس، چگونگی برخورد با محققان، نویسندگان و روشنفکران، مهم‌ترین معیار و ملاک ارزیابی مدیران مؤسسات آکادمیک، دولت‌ها و حکومت‌ها از نظر ارزش‌گذاری به پیشرفت علمی تلقی می‌شود.
انجمن‌های علمی امضاکننده این بیانیه در پاسداشت از آزادی علمی و قدرشناسی از اندیشمندان دردمند و دلسوز کشور و به منظور تحقق شکوفایی علمی ایران عزیز، از مسئولان مربوطه می‌خواهند که در این‌گونه تصمیمات تجدید‌نظر کنند و خود مشوق استادان دانشگاه برای آزاداندیشی، ارتقای فضای نقد علمی و بررسی منصفانه در محیط‌های علمی باشند و اجازه ندهند کسانی که با مقتضیات کار علمی بیگانه‌اند، در مسیر توسعه علمی خلل وارد کنند.
دستور رئیس محترم دانشگاه آزاد اسلامی برای توقف اجرای حکم اخراج این استاد محترم تا بررسی مجدد در هیئت عالی تجدید نظر آن دانشگاه، موجب امیدواری و نشانه اثرگذاری افکار عمومی و انذار اهل قلم به این اقدام غیرمتعارف و ناموجه است. با این حال، انتظار می‌رود این اقدام درباره افراد و موارد مشابه دیگر هم اعمال شود و مهم‌تر اینکه تصمیماتی اتخاذ شود که اجازه ندهد اعضای هیئت علمی به خاطر اظهار نظر‌های علمی و انتقادی خود با مؤاخذه، محدودیت و محاکمه روبه‌رو بشوند».
انجمن انسان‌شناسی ایران، انجمن ایرانی اخلاق در علوم و فناوری، انجمن ایرانی تاریخ، انجمن ایرانی حقوق اداری، انجمن ایرانی مطالعات فرهنگی و ارتباطات، انجمن جامعه‌شناسی ایران، انجمن جمعیت‌شناسی ایران، انجمن حقوق‌شناسی ایران، انجمن علمی حقوق اساسی ایران، انجمن علمی زبان و ادبیات فارسی، انجمن علمی مطالعات صلح ایران و انجمن علوم سیاسی ایران از امضا‌کنندگان این بیانیه بودند.