طالبان پس از تصرف افغانستان، از سال ۱۹۹۶ تا ۲۰۰۱ با نام امارت اسلامی افغانستان بر تقریباً سه چهارم این کشور حکومت کرد. در این سال‌ها، کشور‌های پاکستان، امارات متحده عربی و عربستان سعودی تنها سه کشوری بودند که طالبان را به رسمیت شناختند.
به گزارش فرارو، طالبان پس از حمله آمریکا به افغانستان که موجب برکناری آنان از قدرت شد، از سال ۲۰۰۶ بار دیگر ضمن اعلام موجودیت، با دولت مستقر افغانستان مبارزه مسلحانه کردند و در بیشتر قسمت‌های جنوب افغانستان به ویژه قندهار و هلمند نفوذ کردند.
رهبر کنونی طالبان پس از کشته شدن ملا اختر منصور، از سال ۲۰۱۶ مولوی هبت‌الله آخوندزاده است.
طالبان و متحدانشان در طول سال‌های ۱۹۹۶ تا ۲۰۰۱، مرتکب قتل‌عام علیه غیرنظامیان افغان شدند، از تأمین غذا برای هزاران غیرنظامی گرسنه توسط سازمان ملل جلوگیری کردند و با سیاست زمین سوخته، مناطق وسیعی از زمین حاصلخیز را سوزاندند و ده‌ها هزار خانه را ویران کردند. آن‌ها در طول حکومت خود اقلیت‌های مذهبی و قومی را مورد تبعیض قرار دادند.
طبق اعلام سازمان ملل متحد، طالبان و متحدان آن‌ها مسئول ۷۶ درصد از تلفات غیرنظامیان افغان در سال ۲۰۱۰، ۸۰ درصد در ۲۰۱۱ و ۸۰ درصد در سال ۲۰۱۲ بودند. طالبان همچنین دست به نسل‌کشی فرهنگی زده و بنا‌های تاریخی بسیاری از جمله بودا‌های معروف ۱۵۰۰ ساله بامیان را تخریب کرده است.
در پی توافق‌نامه صلح دوحه میان آمریکا با طالبان که منجر به خروج اغلب سربازان آمریکایی و ناتو از افغانستان در سال ۲۰۲۱ شد، طالبان حملات گسترده‌ای را آغاز کرد و سرانجام در یک پیشروی برق آسا به کابل پایتخت افغانستان رسید.
تخمین زده شده طالبان در سال ۲۰۲۱، هفتاد و پنج هزار جنگجو داشته باشد.
طالبان در سطح بین‌الملل به دلیل کشتار مردم غیرنظامی افغان، تروریسم، تفسیر و اجرای شدید و خشن آن‌ها از احکام اسلام که منجر به برخورد وحشیانه با بسیاری از افغان‌ها شده، محکوم شده‌اند.از لحاظ ایدئولوژیک، تفکر طالبانی بر روی بنیادگرایی اسلامی مبتنی بر دیوبندی، و قواعد و رسوم قوم پشتون همچون پشتونوالی است.