آیت الله علوی بروجردی انتقاداتی را به حوزه‌های علمیه و رویه‌ای که در برخی از آن‌ها حاکم است، وارد می‌کند. ایشان در بخشی از سخنانش عنوان کرد: "عده‌ای در حوزه هستند که می‌خواهند همه مثل خودشان فکر کنند. می‌توانیم با زور بگوییم این کار را نکن؛ اما نمی‌توانیم به کسی بگوییم این مطلب را نفهم. نمی‌شود به فکر و دل تحمیل کرد. امکان ندارد همه مثل شما فکر کنند. کسانی هم هستند غیر شما فکر می‌کنند؛ تحملشان کنید. اصلا حوزه برای تحمل فکر همدیگر نمونه است. در حوزه همدیگر و افکار همدیگر را تحمل نمی‌کنیم و فقط پرخاش و توهین است".