اسدالله لاجوردی در یکم شهریور سال ۱۳۷۷ در بازار تهران توسط دو نیروی سازمان منافقین به نام‌های علی‌اصغر غضنفرنژاد جلودار و علی‌اکبر اکبری‌ده‌بالایی ترور شد.
به گزارش شرق، ترور او یکی از سلسله ترور‌های این سازمان به حساب می‌آید که ابعاد آن نه‌فقط از حیث حذف یک شخصیت مهم سیاسی، بلکه از جهت ایجاد رعب و وحشت اجتماعی و ادامه علنی‌بودن جنایت‌های منافقین بسیار حائز اهمیت بود، زیرا ترور لاجوردی در یک محل معنادار؛ یعنی بازار تهران که یکی از شلوغ‌ترین مکان‌های پایتخت است، انجام شد.
یک بازاری قدیمی که حجره‌اش در دالان کناری حجره لاجوردی قرار داشت روایت خود را از روز ترور این‌گونه می‌گوید: «مرحوم لاجوردی هر روز با دوچرخه و بدون هیچ محافظی سر کار می‌آمد. ظاهرش با مردم عادی تفاوتی نداشت و اگر کسی او را نمی‌شناخت نمی‌توانست تشخیص دهد که یک مقام مسئولیت‌دار در جمهوری اسلامی به بازار تردد می‌کند. لاجوردی مانند تمام حجره‌داران بازار کار می‌کرد و از ابتدای صبح تا نزدیکی ساعت پنج در حجره‌اش می‌ماند. او در صنف پارچه فعالیت می‌کرد و من در آن زمان در دالان کناری حجره او مغازه کیف و کمربندفروشی داشتم. به یاد دارم که پنجشنبه‌روزی، سروصدا از دالان بغل آمد و عده‌ای فریاد می‌زدند لاجوردی را زدند. من به همراه همسایه‌ها به سمت مغازه او شتافتیم که دیدیم لاجوردی آغشته به خون است. تروریست‌ها طوری او را مورد اصابت قرار داده بودند که چشمش کاملا برگشته بود و جمجمه‌اش شکافته شده بود. همه شوکه شده بودند و نمی‌دانستند سریع‌ترین راهی که برای نجاتش باید در نظر گرفت چیست، زیرا دالان‌های بازار به‌شدت تنگ است و تردد آمبولانس در بازار سخت و زمان‌بر است. با چنین افکاری به‌سرعت یک گاری پیدا کردیم و بدن نیمه‌جان لاجوردی را بر گاری انداختیم. من گاری را با تمام قدرت هل می‌دادم تا به‌سرعت لاجوردی را به سر مسجد امام برسانم تا اورژانس بتواند او را به بیمارستان منتقل کند. در آن چنددقیقه استرس عجیبی داشتم، زیرا به این فکر می‌کردم که ممکن است دیگر نیرو‌های تروریست به سمت ما تیراندازی کنند. به‌هرحال مرحوم لاجوردی را با چنین وضعیتی به حیاط مسجد امام رساندیم و الباقی ماجرا را هم که می‌دانید که متأسفانه او جان باخت».
لاجوردی بعد از انقلاب
اسدالله لاجوردی در کنار مهدی عراقی و اسلامی از مسئولان انتظامات کمیته استقبال از امام بودند. او در جریان رسیدگی به پرونده گروه فرقان از ۲۰ شهریور سال ۱۳۵۹ با نظر آیت‌الله بهشتی مسئولیت دادستانی انقلاب تهران را برعهده گرفت، اما این مسئولیت تا سال ۶۳ بیشتر دوام نیافت و در دی‌ماه این سال توسط شورای‌عالی قضائی از تمامی مناصب برکنار شد. لاجوردی در سال ۱۳۶۸ دوباره به مدیریت زندان‌ها برگشت و ریاست سازمان زندان‌ها را تا اسفند ۱۳۷۶ برعهده داشت که در این زمان رئیس دفتر رئیس وقت قوه قضائیه از او خواست که استعفا دهد».
روایتی درباره علت برکناری
مجید انصاری چندسال پیش درباره علت برکناری او گفت که «پس از اینکه شورای‌عالی قضائی تهیه گزارش از وضعیت زندان‌ها را به وی سپرد، پس از گفت‌وگوی مستقیم با صد زندانی سیاسی از زندان‌های مختلف، به امام، رئیس‌جمهور و رئیس مجلس گزارشی می‌دهد که از بروز تخلفاتی در برخورد با زندانیان حکایت دارد و همین گزارش موجبات برکناری لاجوردی را فراهم می‌کند. من در آن زمان برای ایجاد گشایش در امر زندانیان و پرسنل زندان درخواستی از حضرت امام کردم که نیازمند امکانات بسیار وسیع و باارزشی بود. همین که من خدمت امام این درخواست را مطرح کردم، بدون معطلی حضرت امام به مسئول بنیاد آن زمان و نیز نخست‌وزیر دستور دادند که امکانات در اختیار ما قرار گیرد.
حضرت امام بار‌ها تأکید می‌کردند که برخورد با زندانیان صد‌درصد باید منطبق با قانون باشد و اگر کسی جنایت کرده و حتی انسان کشته و قرار است قصاص شود، کسی حق ندارد برای اینکه این فرد محکوم به اعدام است یک سیلی اضافی به او بزند. ایشان بحث کرامت انسانی و حقوق افراد را مورد تأکید قرار می‌دادند. امام می‌فرمودند: با متخلف برخورد قاطع شود، اما در چارچوب قانون». انصاری درباره واکنش لاجوردی به این ماجرا ادامه داد: «مرحوم لاجوردی خدمت حضرت امام رفته بودند و در آنجا از جنایت‌های منافقین صحبت کردند و گزارش مفصلی خدمت امام دادند، امام فرمودند که آقای لاجوردی اگر جمهوری اسلامی به دست این‌ها (منافقین) ساقط شود بهتر از آبروی اسلام است که با این کار‌ها (خودسری‌های داخل زندان) برود. شما بروید مسئولیت را تحویل دهید. چون آقای لاجوردی مسئولیت را تحویل نمی‌دادند».
در پاسخ به مجید انصاری، اما فرزند اسدالله لاجوردی گفته بود که برکناری لاجوردی نتیجه فعالیت باند مهدی هاشمی (برادر داماد آیت‌الله منتظری) بوده و موجب ناخرسندی امام شده است. سیداحسان لاجوردی در جوابیه‌ای خطاب به مجید انصاری گفته بود: «مصاحبه‌ای از شما منتشر شد که بر مبنای شنیده‌هایتان سخنانی را در رابطه با پدر شهیدم به امام نسبت داده بودید. آقای انصاری شما خوب می‌دانید سخن باید بر سندی استوار باشد و اگر چنین نباشد، شما نیز از اتهام‌های ادعایی در امان نخواهید بود. آقای هاشمی‌رفسنجانی در کتاب خاطراتشان (۱۷ بهمن ۶۳) به بی‌اطلاعی و ناخرسندی امام رحمه‌الله علیه از برکناری آن شهید از دادستانی انقلاب اشاره می‌کنند. دوستان پدرم نیز ریشه این برکناری را در بیت آیت‌الله منتظری (باند مهدی هاشمی) دانسته و از گله‌مندی امام رحمه‌الله علیه از این برکناری سخن می‌گویند و از این‌گونه نقل‌قول‌ها بسیار است». لاجوردی در سال ۱۳۶۸ دوباره به مدیریت زندان‌ها برگشت و پس از قبول ریاست زندان اوین، ریاست سازمان زندان‌ها را تا اسفند ۱۳۷۶ بر عهده گرفت، اما در این زمان بار دیگر از سمت خود استعفا داد و به کار در بازار مشغول شد.
روایتی درباره علت ترور
زهره‌السادات لاجوردی درباره علت ترور پدرش باور دارد که ترور به خاطر جزوه‌ای است که لاجوردی از انفجار دفتر نخست‌وزیری در دست داشت. او در این باره گفته است: «این مسئله سال‌ها قبل سری بود، اما در سال ۸۸ یک مجله آن را کار کرد بدین‌صورت که این جزوه که حدود ۵۰ صفحه بود آنجا منتشر شد».
علی‌اکبر ناطق‌نوری، عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام در گفتگو با خبرگزاری مهر درباره جزوه محرمانه لاجوردی گفته بود: «بعد از این ماجرا [انفجار دفتر نخست‌وزیری]لاجوردی یک‌جزوه‌ای برای من آورد که [در آن]ماجرای پرونده نخست‌وزیری را به صورت ریز بررسی کرده و قائل بود که بسیاری در این ماجرا مؤثر بودند و در فراری‌دادن کشمیری یا اینکه تسامح ورزیدند و بی‌دقتی و بی‌توجهی کردند یا اینکه اصلا عامل حادثه بودند».
به اعتقاد ناطق‌نوری «او [در ماجرای حادثه ۸ شهریور]یک تشخیصی داشت و برداشتش این بود. به هر شکل، تشخیص آقای لاجوردی این بود و حتما دلیلی هم داشته است، چون ایشان آدم خداترسی بود و حتما برای خودش حجت داشته است؛ لازم هم نیست بقیه این حجت را بپذیرند».
به اعتقاد ناطق‌نوری گزارش‌های خلاف برخی سیاسیون درباره لاجوردی عمدتا خطی و سیاسی بود، اما در عین حال تأثیری هم در امام نمی‌گذاشت: «عده‌ای نزد امام می‌رفتند و علیه او [لاجوردی]مطالبی مطرح می‌کردند امام هم یک‌تذکری به لاجوردی می‌داد که دقت کنید فلان باشد و آن‌طور نباشد، اما در عین حال وقتی آقای لاجوردی برای ایشان توضیح می‌داد امام می‌پذیرفت، امام آدمی نبود که با کسی تعارف داشته باشد، اگر لاجوردی را قبول نداشت او را عزل می‌کرد، امام آدم باهوشی بود».
ناطق‌نوری در همین رابطه می‌گوید: «ایشان آن زمان مسئول زندان‌ها بود و قاضی یا دادستان نبود، پس بهترین فرصت بود که فشار بیاورند، می‌گفتند ایشان خشن است و چهره خشنی در زندان است. عمده جفایی که به شهید لاجوردی شده از همین ناحیه است».
به هر روی عملکرد اسدالله لاجوردی موافقان و مخالفان متعددی دارد، اما بر سر ترور او اجماع واحدی میان تمام فعالان سیاسی وجود دارد که سازمان منافقین در راستای جلوبردن سیاست‌های خود در هیچ مقطعی از هیچ جنایتی کوتاه نیامدند. ترور لاجوردی نماد و نمود تفکر سیستم یک سازمان تروریستی است که در منظومه فکری‌اش ترور جایگزین فعالیت سیاسی شده است.