روزنامه کیهان نوشت: سیدمحمدموسوی خوئینی علت عدم بازداشت خود با وجود اعمال محدودیت برای برخی دست اندرکاران فتنه را توضیح داد.
وی در پاسخ به این سوال که «چرا در دوران بعد انتخابات سال 88، نیروهای امنیتی که به بازداشت سران اصلاح طلبان می پرداختند و به نوعی شما را پدرمعنوی اصلاح طلبان و مرد پشت پرده می دانستند، مبادرت به بازداشت شما نکردند؟ آیا توصیه ای شده بود و یا جرات این کار را نداشتند؟!» نوشت: «هیچکدام؛ نه بحث توصیه است، نه بحث جرات».
وی افزود: ولی علت اینکه بنده را بازداشت نکرده اند این است که خود آنان می دانند من نه مزاحمتی برای آنان دارم و نه قدرت آن را دارم.