آیت الله دکتر مفتح در ساعت ۹ صبح روز سه شنبه ۲۷ آذر ۱۳۵۸ در حیاط خلوت دانشکده الهیات دانشگاه تهران با شلیک چند گلوله از سوی کمال یاسینی یکی از اعضای گروهک فرقان بشدت زخمی شد و معالجات در بیمارستان اثری نبخشید. ایشان حدود ساعت ۲ بعد از ظهر همان روز به شهادت رسید.