مرکز اطلاعات دفاعی (Center for Defense Information)، سازمان غیرانتفاعی مستقر در واشنگتن که به نسخه‌ای از این گزارش دست پیدا کرده، گزارش داده که در آن اذعان شده که سطح اطمینان از عملکرد اف-۳۵ و نیز قابلیت اتکاء به آن در قالب ناوگان هوایی ارتش ایالات متحده آمریکا کمتر از حد انتظارات وزارت دفاع این کشور بوده چرا که گذشته از نواقص فنی، مشکلاتی هم در زمینه تعمیر و نگهداری آن وجود داشته است.
به گزارش یورونیوز، این مرکز با انتشار بیانیه‌ای ارزیابی کرد که دولت آینده دونالد ترامپ احتمالا خواهان بازنگری کلی در طرح خرید و استفاده از این جنگنده خواهد شد چرا که طی ۱۸ ماهی که از پرواز با آن می‌گذرد، مواقعی بوده که پرواز آن به دلیل تکمیل نشدن تعمیرات مورد نیاز یا به دلیل در دسترس نبودن قطعات یدکی ممکن نبوده است. در مواقع دیگری هم جنگنده‌ها پس از برخاستن و پیش از انجام عملیات آزمایشی، ناچار به فرود شده‌اند.
با وجود این مسائل، پنتاگون در ماه مارس با ادامه تولید اف-۳۵ توسط شرکت لاکهید مارتین آن هم با حداکثر ظرفیت موافقت کرد. این تصمیم حدود یک ماه پس از طبقه‌بندی کامل این گزارش ۳۸۲ صفحه‌ای گرفته شد و طی آن وزارت دفاع هزینه تعمیر و نگهداری این جنگنده‌ها را در طول عمر مفیدشان ۱.۸ تریلیون دلار برآورد کرد.
مرکز اطلاعات دفاعی، مشکلات شناسایی شده در گزارش پنتاگون را ارسال هشدار کاذب توسط سیستم تشخیص خودکار عیوب هواپیما، زمان تعمیرِ دو برابرِ مدتِ مورد نیازِ اعلام شده، ناتوانی سلاح ۲۵ میلیمتری تعبیه شده بر روی جنگنده در شلیک دقیق و آسیب‌پذیری در برابر حملات سایبری عنوان کرد.
البته لاکهید مارتین با انتشار بیانیه‌ای به دفاع از محصول خود پرداخت و اعلام کرد که حدود ۹۰ درصد از اجراء اف-۳۵ بهتر از سطح مورد نیاز عمل می‌کنند. این شرکت همچنین مدعی شد که بیش از ۳۵۰ میلیون دلار در قابلیت‌های آزمایش یکپارچه‌سازی سیستم‌های توسعه مهندسی خود سرمایه‌گذاری می‌کند تا ظرفیت و کارایی این جنگده را افزایش دهد.
ایالات متحده تاکنون برای دریافت حداقل ۸۸۱ فروند از ۲۴۵۶ فروند جت جنگنده مورد نیاز خود با شرکت لاکهید مارتین قرارداد بسته است.
دونالد ترامپ در آغاز دوره نخست ریاست جمهوری خود از برنامه خرید اف-۳۵ به دلیل «هزینه‌های فوق‌العاده زیاد» انتقاد کرد و گفت که شاید شرکت بوئینگ بتواند نسخه قابل مقایسه‌ای را (F/A-۱۸ Super Hornet) با قیمت پایین‌تر تولید کند. وزیر دفاع وقت آمریکا نیز دستور مقایسه هزینه‌های تولید این دو جت را داد، اما نتیجه این بررسی هرگز منتشر نشد.