مصطفی کواکبیان از مواضع برخی ائمه جمعه درباره بحث مهاجران افغان در ایران انتقاد کرد. مصطفی کواکبیان، عضو کمیسیون امنیت ملی مجلس دهم در نشست مشترک با شهریار حیدری، عضو کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجه مجلس یازدهم که با اشاره به انتقادات از وضعیت مهاجران افغان در ایران، گفت: یکی از مواردی که عجیب محسوب می‌شود این است که حتی برخورد با مهاجرین در استان‌های مختلف متفاوت است. اینکه امام جمعه‌ای در استانی بگوید که هیچ‌کسی حق ندارد با برادران افغانی و عراقی برخورد کند، از جمله مواردی است که باید جلوی آنها گرفته شود.