از زمانی که فرهاد مجیدی از فوتبال خداحافظی کرد و با انتشار عکس و ویدیو از حضور در کلاس‌های مربیگری معتبر نشان داد می‌خواهد وارد عرصه مربیگری شود، به عنوان یک آلترناتیو برای سرمربیان استقلال مطرح شد. محبوبیت قدیمی مجیدی به واسطه درخشش در آخرین سال‌های حضورش در استقلال بیشتر و بیشتر شد و هواداران بیشمار استقلال وقتی می‌دیدند تیم‌شان نتیجه نمی‌گیرد نام او را صدا می‌زدند بی آنکه هیچ سابقه مربیگری داشته باشد.
مجیدی در روز ۷ مهر ماه ۹۱ از دنیای بازیگری خداحافظی کرد و بعد از حضور در کلاس‌های مختلف مربیگری در دی ماه ۱۳۹۷ به عنوان دستیار شفر به استقلال پیوست.[ در ادامه فصل و به دنبال نتایج ضعیف شفر وی از کار برکنار شد و فرهاد مجیدی روز نهم اردیبهشت ۱۳۹۸ به عنوان سرمربی موقت تا پایان فصل انتخاب شد. در فصل ۹۹–۱۳۹۸ و روی کار آمدن استراماچونی به عنوان سرمربی استقلال، پیشنهاد دستیار اولی به مجیدی داده شد اما او ترجیح داد این پیشنهاد را قبول نکند و خود را برای سرمربیگری استقلال آماده کند.
با جدایی استراماچونی از استقلال به دلیل مشکلات مالی، مجیدی بار دیگر به عنوان سرمربی استقلال برگشت اما به دلیل اختلاف با سعادتمند مدیر وقت استقلال استعفا داد و بعد از برکناری محمود فکری در اسفند ۹۹ به استقلال برگشت و یک سال و نیم بعد طلسم ۹ ساله قهرمان نشدن آبی‌ها در لیگ برتر را شکست اما ترجیح داد از استقلال جدا شده و برای کسب تجربه جدید به اتحاد کلبا برود. در دو سال گذشته که استقلال به همراه سایپنتو و جواد نکونام ناکام بوده هر بار هواداران استقلال چه در ورزشگاه و چه در فضای مجازی خواستار بازگشتن او به تیم‌شان شده‌اند. این بار هم بعد از باخت تلخ استقلال در دربی و انتقادات تند و تیز هواداران به نکونام اسم فرهاد مجیدی به میان آمده است. البته برخی رسانه‌ها مدعی شده‌اند فرهاد تا پایان فصل نمی‌تواند به استقلال یا هر تیم دیگری برود چون در حال گرفتن غرامتی سنگین از باشگاه اتحاد کلبای امارات است اما واقعیت اینجاست که مجیدی زمستان سال گذشته به طور توافقی از کلبا جدا شد و در حال حاضر مشکلی برای امضای قرارداد با هیچ تیمی ندارد.
طبق شنیده‌ها مجیدی فعلا و با توجه به وضعیت فعلی استقلال تمایلی برای بازگشت به این تیم ندارد. مدیران استقلال حدود یک ماه پیش هم با مجیدی مذاکره کرده بودند اما جواب او منفی بود. این بار حتی چند هزار کامنتی هم که زیر آخرین پست اودر اینستاگرام از طرف هواداران استقلال برای بازگشتش گذاشته شده نظرش را تغییر نداده اما با این حال نمی‌توان بازگشت او به جمع آبی‌ها را کاملا منتفی دانست مگر اینکه اوضاع بلبشوی استقلال چشم او را از بازگشت بترساند.