هنوز ساعتی از پایان دیدار تیم‌های استقلال خوزستان و استقلال تهران نگذشته بود که حملات گسترده‌ای علیه جواد نکونام به راه افتاد و طرفداران این تیم در فضای مجازی خواستار جدایی او از استقلال شدند. طرفداران این تیم به هیچ عنوان نمی‌خواستند سرمربی ایرانی بالای سر تیمشان باشد و از مدیران و مالکان باشگاه استقلال تقاضای به خدمتگیری یک سرمربی صاحب نام بزرگ را می‌کردند.
در نهایت کشمکش‌های بین کادر مدیریتی که بعضاً با سکوت و یا صدور یک بیانیه خنثی مشخص بود در حفظ جواد نکونام مردد شده‌اند و از طرف دیگر مطرح شدن مذاکره با دو سرمربی کروات و بلغارستانی این شرایط را پیش روی این تیم قرار داد که شاید جواد نکونام از استقلال برود...!
اما در نهایت شهریاری سرمربی تیم را حفظ کرد و جواد نکونام بدون خدشه‌ای در جایگاهش در صدر کادر فنی استقلال قرار گرفت. اما جواد نکونام ابقا شده با جواد نکونام قبل متفاوت بود که این تفاوت در دیدار مقابل الغرافه به وضوح دیده شد.
حضور استقلال با سه مدافع در لیگ نخبگان، شبیه به استقلال فصل پیش و استفاده از میلاد زکی‌پور با شرایطی که ابوالفضل جلالی آمادگی لازم را داشت، بیرون ماندن آرش رضاوند از ترکیب اصلی که خواسته و تقاضای اصلی هواداران بود از یک سو و در نهایت اجرای برنامه‌های مختلف تاکتیکی برای رسیدن به دروازه الغرافه از جمله مواردی بود که باعث شد استقلالی متفاوت را در لیگ نخبگان آسیا ببینیم.
بازگشت دوباره استقلال به لیگ برتر در هفته پنجم که قرار است این تیم مقابل نساجی به میدان برود می‌تواند یکی دیگر از فرصت‌های مطلوب جواد نکونام برای دور شدن از لبه پرتگاه اخراج از تیم استقلال به شمار برود.