حجت السلام سیدمحمد خاتمی در پیامی درگذشت آیت‌الله محفوظی را تسلیت گفت.
در متن پیام رئیس دولت اصلاحات آمده است:
بسم الله الرحمن الرحیم
جناب آقای دکتر محمدصادق محفوظی
رحلت عالم پارسا و مجاهد حضرت آیت‌الله محفوظی پدر بزرگوارتان را که عمر شریف خود را در خدمت به اسلام و انقلاب و اعلا کلمه حق و پاسداشت حق و حرمت مردم صرف کرد، به جنابعالی و حوزه‌های علمیه و همه بستگان و ارادتمندان آن بزرگوار تسلیت می‌گویم و از خداوند منان برای این فقید سعید رضوان علو درجات و برای بازماندگان معزّز صبر و اجر و سلامتی مسألت می‌کنم.
سیدمحمد خاتمی ۱۴۰۳/۶/۲۱