«نامه استعفای شما باعث تعجب شد. حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده‌بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید.»
به گزارش خبرآنلاین، شامگاه دوشنبه ۱۴ شهریور ۱۳۶۷ مهندس میرحسین موسوی نخست‌وزیر وقت طی نامه‌ای خطاب به آیت‌الله خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت از نخست‌وزیری استعفا داد. اختلاف نظر میان نخست‌وزیر و مجلس بر سر کابینه یکی از دلایل مهم این استعفا بود و در حالی تسلیم می‌شد که میرحسین در تاریخ نهم تیر همان سال از مجموع ۲۱۷ رای ماخوذه در مجلس با ۲۰۴ رای موافق، ۸ رای مخالف و ۵ رای ممتنع بار دیگر برای سمت نخست‌وزیری از مجلس رای اعتماد گرفته بود.
آیت‌الله هاشمی رفسنجانی که ریاست مجلس سوم را در آن مقطع بر عهده داشت، در خاطرات ۱۴ شهریور ۶۷ خود درباره‌ی این قضیه نوشته است: «ساعت ده شب آقای موسوی اردبیلی اطلاع داد که استعفانامه‌ای از نخست‌وزیر به دست ایشان رسیده است. با توجه به این‌که فردا قرار است کابینه‌ی ایشان برای اخذ رای اعتماد در مجلس مطرح شود، تلاش کردم که آقای موسوی را پیدا کنم تا او را از استعفا منصرف نمایم. معلوم شد رابطه‌ی خود را با بیرون قطع کرده است.
به احمد آقا هم برای اطلاع به امام دسترسی پیدا نکردم. امام هم استراحت کرده بودند. آقای خامنه‌ای که سر شب از سفر خراسان برگشته‌اند، در حال استراحت بودند. گفتم ایشان را بیدار کردند ولی ایشان هم نتوانست به نخست‌وزیر دسترسی پیدا کنند. آقای موسوی اردبیلی هم نتوانست.»
هاشمی رفسنجانی در روزنوشت‌های فردای خود، روز ۱۵ شهریور ۶۷، باز اذعان داشته که همچنان نتوانسته به نخست‌وزیر دسترسی پیدا کند: «اول وقت خواستم با نخست‌وزیر تماس بگیرم، گفتند از منزل بیرون رفته و به جای نامعلومی رفته که کسی از ایشان خبر ندارد. از آقای میرزاده معاون اجرایی نخست‌وزیر پرسیدم. ایشان هم اظهار بی‌اطلاعی کرد.
با احمدآقا و آقایان خامنه‌ای و موسوی اردبیلی صحبت کردم که به نحوی مانع انتشار خبر شویم، ولی خبر رسید که روزنامه جمهوری اسلامی خبر استعفا را با حروف درشت منتشر کرده است.» به همین دلیل هم هاشمی جلسه‌ی علنی آن روز مجلس را که بنا بود به بررسی صلاحیت وزرای کابینه بپردازد به علت استعفای مهندس موسوی لغو کرد.
صبح فردای آن روز یعنی سه‌شنبه ۱۵ شهریور ۶۷ خبرگزاری جمهوری اسلامی خبر داد که رئیس‌جمهوری با استعفای مهندس موسوی از سمت نخست‌وزیری موافقت نکرده است. «روابط عمومی نهاد ریاست‌جمهوری در پی ارسال نامه‌ی مهندس میرحسین موسوی نخست‌وزیر به حجت‌الاسلام والمسلمین خامنه‌ای مبنی بر استعفا از سمت نخست‌وزیری در صبح امروز (سه‌شنبه ۱۵ شهریور) رئیس‌جمهوری طی نامه‌ای خطاب به نخست‌وزیر استعفای وی را نپذیرفت.» (کیهان: ۱۵ شهریور ۶۷)
اما ماجرای استعفای نخست‌وزیر به همین‌جا ختم نشد و امام خمینی نیز در همان روز یعنی سه‌شنبه ۱۵ شهریور ۶۷ شخصا به آن ورود کردند، ایشان طی نامه‌ای تند خطاب به میرحسین موسوی، از این استعفا اظهار تعجب کردند.
متن کامل نامه آیت‌الله خمینی به میرحسین موسوی به این شرح بود:
بسم‌الله الرحمن الرحیم
جناب آقای موسوی، نخست‌وزیر محترم
نامه استعفای شما باعث تعجب شد. حق این بود که اگر تصمیم بدین کار داشتید، لااقل من و یا مسئولین رده‌بالای نظام را در جریان می‌گذاشتید.
در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند، چه وقت گله و استعفا است.
شما در سنگر نخست‌وزیری در چارچوب اسلام و قانون اساسی به خدمت خود ادامه دهید. در صورتی که نسبت به بعضی از وزرا به توافق نمی‌رسید، چون گذشته عمل می‌شود.
این حق قانونی مجلس است که به هر وزیری که مایل بود رای دهد.
تعزیرات از این پس در اختیار مجمع تشخیص مصلحت است که اگر صلاح بداند به هر میزان که مایل باشد در اختیار دولت قرار خواهد داد.
همه باید به خدا پناه بریم و در مواقع عصبانیت دست به کارهایی نزنیم که دشمنان اسلام از آن سوءاستفاده کنند. مردم ما از این‌گونه مسائل در طول انقلاب زیاد دیده‌اند. این حرکات هیچ تاثیری در خطوط اصیل و اساسی انقلاب اسلامی ایران نخواهد داشت.
از آن‌جا که من به شما علاقه‌مندم ان‌شاءالله عندالملاقات مسائلی است که گوشزد می‌نمایم.
والسلام
روح‌الله الموسوی الخمینی – ۱۵ر۶ر۶۷ (اطلاعات، چهارشنبه ۱۶ شهریور ۱۳۶۷ ص ۲)
در شامگاه همان سه‌شنبه ۱۵ شهریور ۶۷، میرحسین موسوی در پی نامه‌ی هشدارآمیز امام خمینی در مورد استعفایش، با ارسال نامه‌ای به محضر ایشان استعفای خود را پس گرفت.
متن نامه‌ی آقای موسوی به این شرح بود:
بسم‌الله الرحم الرحیم
محضر مبارک مقام رهبری حضرت امام خمینی مد ظله‌العالی
ضمن تقدیم سلام و تحیات، پیام پدرانه و هشداردهنده‌ی حضرت‌عالی را به گوش جان شنیدم. این‌جانب عزت و مصلحت را در تبعیت از مقام معظم رهبری می‌دانم و استعفای خود را که با انگیزه‌ی دل‌سوزی برای اسلام و انقلاب و مصلحت کشور تقدیم نموده بودم، پس می‌گیرم. مسائل و مواردی که چاره‌جویی آن‌ها را به مصلحت کشور می‌دانم، حضورا عرض می‌کنم و در هر حال مطیع امر رهبری به عنوان یک مرید و مقلد بوده و هستم.
میرحسین موسوی/ نخست‌وزیر (اطلاعات، چهارشنبه ۱۶ شهریور ۱۳۶۷ ص ۲)