عمادالدین باقی در یادداشتی با عنوان «کلید قفل پرونده‌های سیاسی و امنیتی» در روزنامه اعتماد نوشت: خبر تبرئه نیلوفر حامدی و الهه محمدی از اتهام همکاری با دوره دول متخاصم و خبر تبرئه توماج صالحی، خوشحال‌کننده بود و با استقبال زیادی مواجه شد و برخی نیز رییس قوه قضاییه را به خاطر این موضوع مورد تقدیر قرار دادند در حالی که این یک فرآیند قضایی بود که طی شده بود، اما با این تصور که نگاه رییس قوه قضاییه هم موثر بوده، تقدیر کردند.
همزمان این اشکال هم مطرح شد که چرا باید افرادی مدت‌ها رنج زندان را تحمل کنند، آسیب روحی- روانی و حتی جسمی برای خود و خانواده‌شان به دنبال بیاورد سپس معلوم شود که این اتهام نادرست بوده؟
نکته مهم این است که اگر این برائت در قوه قضاییه بعد از طی فرآیندی طولانی محرز شد برای بسیاری از ناظران حقوقی و حقوق بشری از آغاز روشن و محرز بود، اما چرا آنچه بر اساس داده‌های موجود و دفاعیات متهم و وکلا از آغاز برای دیگران محرز است در فرآیند رسیدگی در قوه قضاییه نباید آنقدر محرز باشد که این همه پیامدها و صدمات را در پی داشته باشد؟
البته این فقط درباره پرونده این دو روزنامه‌نگار نیست، بلکه در مورد پرونده‌های بسیاری صادق است. برای مثال و مشت نمونه خروار، در مورد دکتر سعید مدنی و دکتر حمید قره‌حسنلو و همسرش خانم فرزانه حسنلو، نقد حقوقی مفصلی بر دادنامه صادره آن‌ها در روزنامه‌های شرق، اعتماد و جوان نوشتم که منتشر شد.
همچنین نقد حقوقی مفصلی بر دادنامه آقای دکتر مصطفی تاج‌زاده که هنوز منتشر نشده و همه این نقدهای حقوقی به خوبی نشان می‌دهند آن‌ها طبق محتویات خود پرونده در صورت رعایت دقیق قانون اساسی و قوانین عادی، اساسا مستحق مجازات نبوده و در صورت‌عدم مداخله اراده‌های فراقضایی، باید هر چه زودتر آزاد شوند، اما چنین اتفاقی نیفتاده و آن‌ها همچنان در حبس به سر می‌برند و هیچ کس هم پاسخگوی آن نیست.
ده‌ها زندانی سیاسی و عقیدتی دیگر در زندان وجود دارند که اگر امکان دسترسی به دادنامه‌ها و محتویات پرونده آن‌ها و نقد حقوقی آزاد و بی‌طرفانه‌اش وجود داشته باشد چه بسا وضعیت مشابهی را شاهد خواهیم بود.
اما این پرسش درباره همه آن‌ها سنگینی می‌کند که چرا با وجود این حقیقت حقوقی آشکار، سال‌هاست با معضل بزرگ این پرونده‌ها یعنی اتهاماتی که وارد می‌شوند و بعدا در مراحل دیگر در شعبات مستقل حکم صادره نقض شده و احکام صادره تخفیف می‌یابند یا متهمان به کل تبرئه می‌شوند؟ گرچه اگر به شعبات خاصی در تجدیدنظر برود، تایید اما در دیوان عالی کشور اعاده دادرسی تجویز می‌شود.
در مورد پرونده‌های عادی، وضعیت متفاوت است و دلایل دیگری که گاهی منطقی است، وجود دارند، اما درباره پرونده‌های سیاسی و امنیتی یک دلیل عمده و واضح آن، نادیده گرفتن مواد مهم آیین دادرسی است که در مواد متعددی تصریح دارد ضابطین باید تحت نظر و تابع قاضی باشند و پس از انجام بازپرسی تحت نظر قاضی دیگر سمتی در پرونده ندارند و همچنین نادیده گرفتن نص صریح قانون احترام به آزادی‌های مشروع و حفظ حقوق شهروندی مصوب ۱۵/۲/۱۳۸۳ درباره نقش ضابطین.
چند سال پیش در گفت‌وگوی مفصلی که مرکز رسانه قوه قضاییه با نگارنده داشت و بخش‌هایی از آن را خود مرکز در اختیار روزنامه اعتماد قرار داد (اعتماد، چهارشنبه۹ تیر۱۴۰۰)، نکته بسیار تعیین‌کننده‌ای که مطرح شد و استقلال قوه قضاییه را با چالش و مخاطره مواجه کرده، این بود که ضابطان امنیتی از مرحله اتهام تا تحقیقات و بازجویی و شکل دادن پرونده و بعد از آن تاثیر در شعبات بدوی یا تجدیدنظر همسو با آن‌ها در صدور و تایید رای، منشا این مشکل هستند. حتی فاجعه‌آمیزتر اینکه گاهی در مرحله اجرای حکم نیز دخالت داشته و مرخصی یا آزادی مشروط (که حق قانونی محکومان است) یا عفو محکومان، موکول به نظر آنان شده است.
این مساله تاکنون آسیب‌های فراوانی به اصل عدالت و به اعتبار قوه قضاییه وارد کرده است. البته‌عدم رعایت مواد مذکور در قانون، خود ریشه در یک مشکل ساختاری بزرگ‌تر دارد که عبارت است از وحدت مقام سه‌گانه تحقیق، داوری و اجرا. در جوامع دموکراتیک که استقلال قضایی و عدالت کیفری برای آن‌ها اهمیت و اولویت دارد، سه نهاد تحقیق، داوری و اجرا از همدیگر کاملا مجزا و مستقل بوده و هیچ یک بر دیگری سلطه ندارد.
در مورد پرونده الهه محمدی و نیلوفر حامدی از همان زمان که دو نهاد امنیتی و اصلی کشور به خاطر اعتراضات گسترده و بی‌سابقه بعد از فوت مهسا مورد سوال قرار گرفتند و برای توجیه ضعف‌های خود در بیانیه‌ای فرافکنانه ریشه‌های اصلی و واقعی بروز این بحران بزرگ و حوادث ناگوار آن را نادیده گرفته و به دلایل سست فروکاستند، سرنوشت قضایی پرونده هم قابل پیش‌بینی بود.
در گزارش توجیهی مذکور، نام این دو خبرنگار را به صورت مخفف آورده و انتشار عکس یا گزارش آن‌ها در روزنامه‌های قانونی کشور را علت بحران قلمداد کردند و چون این استدلال در افکار عمومی ناپذیرفتنی بود، ناگزیر بودند آن را به خارج از کشور و آموزش و سازماندهی برون مرزی ربط بدهند و به این وسیله ریشه‌های داخلی بحران را به عوامل خارجی منتسب کنند. پس از آن پیش‌بینی می‌شد که پرونده آنان به مساله‌ای حیثیتی تبدیل شده و تبرئه آنان موجب زیر سوال رفتن این نهادها می‌شود و نتیجه آن صدور حکمی بود که پس از دو سال از آن تبرئه شدند.
اما از آنجا که همچنان مساله حیثیتی به قوت خود باقی است، محکومیت آن‌ها در دو اتهام دیگر یعنی ۵ سال حبس برای اتهام اجتماع و تبانی علیه امنیت کشور و یک‌سال حبس برای اتهام فعالیت تبلیغی علیه نظام، تایید و این حکم جهت اجرا به شعبه اول اجرای احکام کیفری دادسرای عمومی و انقلاب ناحیه ۳۳ ارجاع شده است و این دو که پس از ۱۷ ماه حبس چند ماهی بود که با تبدیل قرار بازداشت در دی‌ماه ۱۴۰۲ آزاد شده بودند باید مجددا به زندان بازگردند.
گرچه حکم صادره در این دو مورد هم از لحاظ حقوقی مورد ایرادات جدی است، اما انتظار می‌رود اکنون که برائت آن‌ها در اتهام مذکور اعلام شده در خصوص دو اتهام دیگر که مشمول بخشنامه عفو سال ۱۴۰۱ است، بخشنامه در مورد آن‌ها اجرا و پرونده مختومه شود. هر بخشنامه عفوی، مادامی که شرایط آن بر افراد موضوع خود تطبیق کند از نظر حقوقی مشمول مرور زمان نمی‌شود.