خاتمى واکنش‌های تند را بعضاً متأثر از نارضایتی‌های انباشته‌شده جامعه و توقعات برآمده از انتخابات و بعضاً ناشی از برخی پیش‌داوری‌ها و ذهنیت‌هاى نادرست و بى‌اطلاعی از فرایند انتخاب دانست و افزود: «ما هم ضمن تأیید انتخاب‌های خوبی که شده است بر این باوریم که در بعضی موارد می‌شد خیلی بهتر عمل کرد، ولی به جناب پزشکیان احترام می‌گذاریم و ایشان را صاحب حق در انتخاب همکاران‌شان می‌دانیم و از ایشان انتظار معجزه در هر شرایطی نداریم. طبعاً علاقه‌مند و خواستار آن هستیم که به وعده‌هایى که داده‌اند پای‌بند باشند و ان‌شاءالله چنین خواهد شد.»
به گزارش هم‌میهن، رئیس‌جمهوری دوران اصلاحات تصریح کرد: «وقتى ایشان مى‌گوید طرح نور، طرح سیاهى است، طبعاً جلوى آن خواهد ایستاد. وقتی آنچه را بر جامعه دانشگاهى و فرهیخته می‌گذرد نمی‌پسندد، می‌کوشد آنچه درست است و مورد پسند آنان است عملی شود. وقتی از تحقیر هنرمندان و توهین و جفا به آن‌ها (که بسیاری از آن‌ها از خود نهاد‌های رسمی فرهنگی بوده است نه نهاد‌های امنیتی) رنج می‌برد با آن مخالفت خواهد کرد. ایشان پای‌بند به قول و نظر خود مبنی بر رابطه و تعامل براساس مصالح ملی با دنیا و رفع تحریم‌هاست و نیز به اصلاح در عرصه اقتصادی بخصوص آنچه به معیشت و بهداشت و امنیت مردم مربوط می‌شود و به توسعه توأم با عدالت می‌انجامد باور دارد، لذا در عمل هم پای‌بند خواهد بود و این‌ها خواست‌هایی است که باید از ایشان داشت.»
وی در خاتمه تأکید کرد: «اصلاح‌طلبان و همه خیرخواهان کشور و ملت نباید مواضع اصولى خود را برای اصلاح رویه‌های غلط حکمرانی از یاد ببرند و باید نگاه انتقادى و البته خیرخواهانه‌ی خود را نسبت به دولت داشته باشند؛ ولی از هر برخورد هیجانى و غیرمنصفانه و شتابزده با مسائل که ناشی از اتکاء به داده‌های نادرست و یا ناتمام و ذهنیت‌ها و قضاوت‌های پیشینی و عدم توجه به پیچیدگی‌های امور و آینده‌نگری است خودداری کنند.»