در آئین نامه قبلی، تأسیس داروخانه صرفاً توسط داروسازان مجاز بود، اما این موضوع توسط دیوان عدالت اداری ابطال شد و سازمان غذا و دارو می‌بایست مبتنی بر سازوکاری این موضوع را ابلاغ می‌کرد؛ لذا مقرر گردید افراد متقاضی تأسیس داروخانه بتوانند از این امکان برخوردار باشند.
به گزارش مهر، نکته قابل توجه اینکه متقاضیان نیز مانند سایر مؤسسات پزشکی باید شرایطی دارا می‌بودند که این الزامات در قالب یک بخشنامه به معاونت‌های غذا و دارو ابلاغ گردید تا پس از بررسی درخواست و صلاحیت متقاضیان در کمیسیون ماده ۲۰ بررسی و در صورت تأیید به آنان مجوز تأسیس داروخانه اعطا شود.
گرچه سازمان غذا و دارو به این موضوع انتقاد‌هایی وارد می‌داند، اما مکلف به تمکین رأی دیوان عدالت اداری است.
روابط عمومی سازمان غذا و دارو در بخش دیگری از این مطلب آورده است: با توجه به افزایش تعداد داروخانه‌ها در سال‌های اخیر، این اقدام از توجیه اقتصادی خارج شده و ممکن است افزایش بی رویه تعداد داروخانه‌ها آسیب زننده به سلامت مردم باشد.
در هر حال نظر سازمان غذا و دارو بر این است از آنجا که مسائل مربوط به داروخانه‌ها پیچیدگی خاص خود را دارد و سطح بندی نظام سلامت، رعایت و داروخانه مانند سایر صنوف و بنگاه‌های اقتصادی لحاظ نگردد.