علی اکبر احمدیان نماینده مقام معظم رهبری و دبیر شورای عالی امنیت ملی در پیامی شهادت اسماعیل هنیه را تسلیت گفت.
متن پیام دبیر شورای عالی امنیت ملی به شرح زیر است:
انالله و انا الیه راجعون
عروج اسطوره مقاومت ملت مظلوم فلسطین، شهید والا مقام جناب آقای اسماعیل هنیه گرچه به مثابه ضایعه‌ای بس الیم و دردناک، داغی بزرگ بر دل‌های آحاد امت اسلام و به ویژه ملت شریف ایران بر جای نهاد، اما نشان داد که دشمن زبون صهیونیست در میدان کماکان شکست خورده است و امید به هیچ دستاوردی در مقابله مستقیم با رزمندگان مقاومت ندارد و از این رو ترور را تنها گزینه‌ی باقیمانده در پیش روی خود می‌بیند.
شهید هنیه به نقطه نهایی آمال خویش دست یافت و با شهادتش، جریان عظیم مقاومت را وارد مرحله‌ای تاریخی کرد؛ با این حال به فرموده مقتدایمان، جمهوری اسلامی ایران از حق خونخواهی وی هرگز نخواهد گذشت و رژیم صهیونیستی پاسخی درخور دریافت خواهد کرد.
اینجانب این فقدان جانسوز را به محضر، ولی عصر، رهبر معظم انقلاب، ملت غیور ایران و امت عزادار اسلامی تسلیت عرض می‌نمایم.