در پی شهادت اسماعیل هنیه رئیس دفتر سیاسی حماس رهبر معظم انقلاب اسلامی در پیامی ضمن تسلیت شهادت او تاکید کردند: رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست با این اقدام زمینه‌ی مجازات سختی را برای خود فراهم ساخت و خونخواهی او را که در حریم جمهوری اسلامی ایران به شهادت رسید، وظیفه خود می‌دانیم.
به گزارش پایگاه اطلاع رسانی دفتر مقام معظم رهبری، متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
انا لله و انا الیه راجعون
ملت عزیز ایران!
رهبر شجاع و مجاهد برجسته‌ی فلسطینی جناب آقای اسماعیل هنیه در سحرگاه دیشب به لقاء‌الله پیوست و جبهه‌ی عظیم مقاومت عزادار شد. رژیم صهیونی جنایتکار و تروریست، میهمان عزیز ما را در خانه‌ی ما به شهادت رسانید و ما را داغدار کرد، ولی زمینه‌ی مجازاتی سخت برای خود را نیز فراهم ساخت.
شهید هنیه سال‌ها جان گرامی‌اش را در میدان مبارزه‌ئی شرافتمندانه بر سردست گرفته و آماده‌ی شهادت بود، و فرزندان و کسان خود را در این راه تقدیم کرده بود. او از شهید شدن در راه خدا و نجات بندگان خدا باک نداشت، ولی ما در این حادثه‌ی تلخ و سخت که در حریم جمهوری اسلامی اتفاق افتاده است، خونخواهی او را وظیفه‌ی خود می‌دانیم.
اینجانب به امت اسلامی، به جبهه مقاومت، به ملت شجاع و سرافراز فلسطین و بالخصوص به خاندان و بازماندگان شهید هنیه و یکی از همراهانش که با وی به شهادت رسیده است، تسلیت عرض می‌کنم و علوّ درجات آنان را از خداوند متعال مسألت می‌نمایم.
سید علی خامنه‌ای
۱۰ مرداد ۱۴۰۳ مصادف با ۲۵ محرم ۱۴۴۶