مشاهده حفره‌هایی که آب تالاب مهارلو به درون آن‌ها تخلیه می‌شود، باعث شده سؤالاتی درباره دلایل به وجود آمدن این پدیده مطرح شود. علی ارواحی، متخصص مدیریت زیست‌بوم‌های تالابی، برداشت بی‌رویه آب از چاه‌های اطراف دریاچه و ناترازی منابع و مصارف آب، ایجاد حوضچه‌های تبخیر نمک و گسل‌های موجود در بستر تالاب را مؤثر می‌داند.