بسیاری از آلاینده‌های سمی که بر صخره‌های مرجانی تاثیر می‌گذارند، وجود دارند که از جمله آن‌ها می‌توان به نفت اشاره کرد که از جمله گسترده‌ترین آلاینده‌های جهان است، به‌طوری که حوادث نشت نفت در بسیاری از مناطق مرجانی رو به افزایش است.
به گزارش ایسنا دهه‌های گذشته شاهد افزایش تعداد ساکنان مناطق ساحلی در نزدیکی مناطق مرجانی همچنین تغییرات سریع به سوی شهرنشینی در بسیاری از جوامع بوده‌ایم همچنین بسیاری از کشور‌های جهان به‌ویژه کشور‌های فقیر در به کارگیری سیستم تصفیه فاضلاب به موازات روند فزاینده شهرنشینی ناکام بوده‌اند بنابراین این کشور‌ها فاضلاب‌های خود را در مناطق ساحلی و یا آب‌های نزدیک به ساحل تخلیه می‌کنند همچنین باید به آلودگی ناشی از پساب‌های کشاورزی در پی توسعه کشاورزی در بسیاری از کشور‌های جهان و افزایش به کارگیری کود‌های صنعتی که بیشتر آن‌ها در سیستم پساب‌های کشاورزی وارد و به آب‌های ساحلی منتقل می‌شوند، توجه کرد.
از جمله شیوه‌های عمده آلودگی صخره‌های مرجانی می‌توان به افزایش مواد مغذی آب‌های ساحلی اشاره کرد که این نوع آلودگی در اصل با فاضلاب‌های تولید انسان و تخلیه زهاب کشاورزی در ارتباط است.
در برخی دیگر از جوامع مرجانی انواع دیگری از موجودات از جمله اسفنج‌های دریایی وجود دارند و ماهیانی که از گیاهان تغذیه می‌کنند نیز در آنجا هستند که این مسئله شاید موجب ایجاد تغییرات کوچکی شود که از جمله آن می‌توان به کاهش قدرت تولید و رشد در برخی جانوران اشاره کرد، اما احتمال دارد این تغییرات به‌صورت فوری نمایان نشوند. احتمال دارد این تغییرات تاثیر منفی بر توانایی اجتماعات مرجانی برای مقاومت در برابر حوادث به وجود آمده در دریا از جمله طوفان‌ها بگذارد.
در برخی وضعیت‌های شدید تنها آلودگی به مواد مغذی کافی است که صخره‌های مرجانی را از بین ببرد و جوامع جلبکی جای مرجان‌ها را بگیرند.
بسیاری از آلاینده‌های سمی که بر صخره‌های مرجانی تاثیر می‌گذارند، وجود دارند که از جمله آن‌ها می‌توان به نفت اشاره کرد که از جمله گسترده‌ترین آلاینده‌های جهان است، به‌طوری که حوادث نشت نفت در بسیاری از مناطق مرجانی رو به افزایش است. احتمال دارد آلودگی نفتی مستمر از طریق حوادث نشت نفت در حجم‌های کم و یا تخلیه عمدی نفت در دریا‌ها به وجود آید.
جلبک‌ها در شرایطی که پساب‌های وارد شده به دریا دارای مواد مغذی از جمله مواد معدنی و عالی باشند، رشد می‌کنند. این جلبک‌ها گسترش می‌یابند و با اشغال سطح و فضای بستر دریا آن‌ها را از بین می‌برد و یا مانع ثبات لارو‌های مرجان می‌شود همچنین در برخی مواقع رشد جلبک‌ها موجب کاهش سطح نفوذ نور خورشید به ستون آبی و به‌ویژه بستر دریا و مرجان‌های موجود در بستر دریا می‌شود.
از این قبیل حوادث در مناطق حفر چاه‌های نفتی در منطقه دریایی راپمی و تعدادی دیگر از مناطق جهان از جمله تنگه‌های مالاگا و هرمز، خلیج عدن و کانال پاناما زیاد اتفاق می‌افتد، به‌طوری که کشتی‌ها آب توازن را در دریا می‌ریزند و یا مخازن خود را شستشو می‌دهند همچنین مقدار زیادی مواد شیمیایی سمی مانند پسماند‌های معدنی وجود دارند که در بسیاری از صنایع تولید می‌شوند.
تاثیر آلودگی نفتی روی صخره‌های مرجانی متفاوت است، چنانکه برخی صخره‌های مرجانی آلوده درصد سفید شدگی بیشتری نسبت به صخره‌های مرجانی غیر آلوده از خود نشان داده‌اند و توانایی تولید مثل مرجان به میزان زیادی کاهش یافته است. به عنوان مثال یک حادثه نشت نفت در پاناما باعث از بین رفتن ۵۰ تا ۷۰ درصد پوشش مرجانی در آب‌های کم عمق شد.
از جمله دیگر منابع آلودگی که بر محیط زیست دریایی تاثیر می‌گذارد می‌توان به تخلیه آب‌های آلوده به دریا‌ها اشاره کرد. آب‌های آلوده معمولاً فاضلاب‌ها آب‌های خنک کننده سیستم‌های به کار رفته در هتل‌ها و کارخانه‌ها، آب‌های استخر‌های شنا در مناطق گردشگری نزدیک دریا یا آب‌های به وجود آمده از پساب‌های آب شیرین‌کن‌ها هستند. هر کدام از این آب‌ها بر اساس منبع اصلی آن‌ها دارای ویژگی‌های متفاوتی هستند بنابراین اثرات زیست محیطی آن‌ها روی جانوران دریایی متفاوت است.
بر اساس توافقنامه‌های بین‌المللی و منطقه‌ای و قوانین حفاظت از محیط زیست دریایی تخلیه هرگونه آبی که قبلاً مورد استفاده قرار گرفته در دریا‌ها ممنوع است، اما کمبود منابع مالی و یا سوء مدیریت مانع اجرای این توافقنامه‌ها و قوانین شده است.
معمولاً آب‌های آلوده دارای شوری خیلی پایین مانند پساب استخر‌های شنا و یا شوری بسیار بالا مانند پساب آب شیرین‌کن‌ها هستند. احتمال دارد این آب‌های آلوده دارای دمای زیادی باشند مانند پساب آب شیرین‌کن‌ها و یا پساب استخر‌های شنا که احتمال دارد برای مدت طولانی در معرض نور خورشید قرار گرفته باشند. فاضلاب‌ها نیز دارای مواد عالی زیاد و ذهاب‌های کشاورزی دارای مواد عالی با غلظت زیاد هستند.
همه این‌ها موجب نابودی محیط زیست دریایی می‌شود. تغییرات در دما و شوری دریا‌ها تاثیر زیادی بر جانوران دریایی می‌گذارد و باعث از بین رفتن آن‌ها می‌شود همچنین وجود مواد عالی بسیار غلیظ در آب‌های دریا باعث افزایش رشد جلبک‌های دریایی می‌شود که این جلبک‌ها با رشد خود صخره‌های مرجانی را حذف می‌کنند و از بین می‌برند.
بر اساس اعلام سازمان حفاظت محیط زیست نمی‌توانیم از تاثیرات منفی زباله‌های تجزیه ناپذیر مانند ظرف‌های پلاستیکی، قوطی‌های خالی و سایر زباله‌های جوامع شهری نزدیک ساحل که باد آن را به دریا می‌ریزد، غافل باشیم، به طوری که این زباله‌ها به قعر می‌روند و باعث نابودی صخره‌های مرجانی و جاندارانی می‌شوند که در آنجا زندگی می‌کنند.