مسجد اقصی که به مسجد مشیرالسلطنه هم شهرت دارد توسط میرزا احمدخان مشیرالسلطنه در سال ۱۳۰۸ هجری شمسی ساخته شد. این مسجد از هنر کاشیکاران تهرانی بهره برده و هنوز هم نشانه‌هایی از معماری ایرانی در آن مشاهده می‌شود هرچند به دلیل بی‌توجهی به ساختمان، بسیاری از تزیینات سنتی آن از بین رفته است، اما در بالای هر حجره و برج ساعت این مسجد هنر کاشیکاری ایرانی خودنمای می‌کند.
به گزارش همشهری آنلاین، نقشه بنا دارای طرح هندسی نامنظمی است و دارای شبستانی ستون‌دار، صحن، ایوان، کلاس درس و حجره است. دو ورودی در خیابان تشکری موحدی دارد که ورودی اصلی طاقی شکل آن از طریق راهرو و هشتی به صحن بنا مرتبط می‌شود و در دو طرف آن آجرچینی ضربی شده است. در قسمت فوقانی سردر کتیبه کاشی کاری خشتی با زمینه لاجوردی رنگ وجود دارد که قسمت‌هایی از آن تخریب شده است.
علیرضا زمانی، تهران‌پژوه، می‌گوید: «طبق وقف‌نامه مسجد که توسط واقف و در حضور شیخ فضل‌الله نوری انجام شده، نام اصلی بنا، مسجد اقصی است، اما، چون به سفارش میرزا احمد خان مشیرالسلطنه فروردین بایجانی ساخته شده، به مسجد مشیرالسلطنه نیز شهرت یافته است. این مسجد جزء بنا‌های دوره ناصری است، زیرا شروع ساختمان بنا در زمان ناصرالدین شاه بوده است.» مهم‌ترین مشخصه مسجد و مدرسه، برج ساعت زیبایی است که از بیرون مسجد هم قابل مشاهده است.
برج ساعت در جبهه شرقی مسجد قرار دارد که به دلیل قرار گرفتن در بلندی، از اطراف مسجد قابل رؤیت است و به همین دلیل این مسجد با نام مسجد ساعت نیز شهرت یافته است. طبق نوشته ناصر نجمی در کتاب دارلخلافه تهران، این برج ساعت در زمان سلطنت مظفرالدین شاه ساخته شده و ساعت نصب شده در آن از اولین ساعت‌هایی است که به ایران وارد شده است. معماری برج ساعت مسجد اقصی به برج ساعت شمس العماره شباهت دارد.
بنای مسجد و مدرسه، دارای صحنی کوچک است که هشت حجره با کاشیکاری در سه طرف آن وجود دارد، با شبستانی ستون‌دار در جبهه شمالی و در مقابل جبهه قبله. ایوان و مدرسه در جبهه جنوبی و حجره‌ها در دو جبهه دیگر در مقابل هم ساخته شده است.
در پشت شبستان، مطبخ و انباری، با دالانی مجزا تا خیابان مجاور، تعبیه شده است. این مسجد از زمان ساخت تا کنون با تغییراتی روبه‌رو شده است. در سال ۱۳۲۸ به دلیل اضافه کردن ورودی‌های جدید به شبستان، محراب تخریب شده و به جای آن در‌های بزرگ فلزی نصب کرده‌اند.
معماری مسجد اقصی به مرور زمان تغییراتی داشته است. حوض مسجد در ابتدا دایره‌ای شکل بوده، اما در سال ۱۳۴۲ این حوض تخریب و به جای آن حوض مستطیل شکلی ساخته شد. همچنین سکو‌هایی به ارتفاع ۳۰ سانتی متر جلوی حجره‌ها قرار داشت که در سال۱۳۸۲ این سکو‌ها برداشته شد.
مسجد اقصی در ۲۵ مهر ۱۳۸۳ با شماره ۱۱۲۰۸ به عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این مسجد در خیابان مولوی، ابتدای خیابان تشکری قرار دارد.