اگر حاج‌سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ درنگذشته بود، شاید برادر او سیداحمد خمینی به‌عنوان نزدیک‌ترین فرد به امام خمینی در سطح اول سیاسی قرار نمی‌گرفت. این گزاره، اما از منظری دیگر قابل خدشه است چراکه آن اتفاق اگر رخ نمی‌داد چه‌بسا نام آیت‌الله خمینی دوباره و پس از ۱۴ سال بر سر زبان‌ها نمی‌افتاد تا جایی که حسن روحانی برای اولین بار در یک منبر عمومی برای متمایز ساختن از سایر مراجع لفظ «امام» را به کار برد و بعد از آن کار به جایی رسد که شخص شاه درصدد برآمد با گمان پشت‌گرمی به سفر شب ژانویه جیمی کارتر، رئیس‌جمهوری آمریکا دستور دهد آن متن توهین‌آمیز در روزنامه اطلاعات منتشر شود.
به گزارش هم میهن؛ به هر رو ایرانیان و جهانیان روز ۱۲ بهمن ۱۳۵۷ با چهره جوان و شاد فرزند امام خمینی آشنا شدند که دست در دست رهبر فقید انقلاب از پلکان هواپیمای ایرفرانس پایین می‌آمد و آنکه دست چپ را در دست داشت برخلاف تصورات غالب نه خلبان یا میهماندار که افسر زبده امنیتی پلیس فرانسه برای حفاظت از جان امام بود. از این روز تا ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ سیداحمد خمینی مانند یک فعال سیاسی رفتار کرد و حتی مواضع و دیدگاه‌های او گاه با رهبری انقلاب تفاوت داشت کما اینکه در سال ۱۳۵۸ به دنبال ایده جمهوری شورایی بود که در ادبیات رهبر فقید مطلقاً جایی. نداشت.
در همین فصل ۱۳۵۷ تا خرداد ۱۳۶۰ نقطه شاخصی در سال ۱۳۵۹ وجود دارد که اولین رئیس‌جمهوری ایران او را به‌عنوان نخست‌وزیر پیشنهادی در نظر گرفت و قبل از معرفی به مجلس اول دفتر امام خمینی اعلام کرد بنا ندارند بستگان نزدیک ایشان واجد چنین مسئولیت‌هایی شوند. همان موقع البته کسی باور نکرد سیداحمد خمینی گزینه واقعی بنی‌صدر باشد بلکه برای رهایی از فشار حزب جمهوری اسلامی چنین پیشنهادی را درانداخت و به نتیجه مورد نظر هم نرسید.
در همین دوره تجمعی با عنوان «امام تنهاست» برگزار شد که مجاهدین خلق هم در آن مشارکت داشتند و سیداحمد خمینی دقایقی روی سن رفت و تصویری از مسعود رجوی هم کنار او ثبت شد. حاج‌احمدآقا البته در این مراسم بدون لباس روحانی است. معرفی او به‌عنوان نخست‌وزیر از جانب بنی‌صدر یا حضور در کنار رهبران مجاهدین، اما به این معنی نبود که گرایش سیاسی او هم چنین بوده بلکه هم رئیس‌جمهور وقت و هم سازمان مجاهدین که هنوز انگ منافقین بر پیشانی‌شان ننشسته بود می‌خواستند وزنه حزب جمهوری اسلامی را ضعیف کنند.
به مرور، اما نقش سیداحمد از کنش‌گر مستقل سیاسی به مشاور ارشد و اداره‌کننده دفتر امام تغییر یافت و از خرداد ۱۳۶۰ به بعد این نقش پررنگ‌تر می‌شود و به همین خاطر می‌توان فصل دوم زندگی سیاسی او را از خرداد ۱۳۶۰ تا خرداد ۱۳۶۸ و درگذشت امام خمینی دانست. در مستند برای اولین بار سیدحسن خمینی از نامه مفصل احمد به امام خبر می‌دهد که در آن دلایل متعددی در مخالفت با ادامه جنگ با عراق در خاک این کشور اقامه کرده است. هرچند روشن نیست که چرا در زمان حیات حاج احمدآقا این نامه منتشر نشد و تا کنون هم خبری درباره آن عنوان نشده بود.
همین که نظر خود را در آن زمان رسانه‌ای نکرد گواه دیگری است بر اینکه در فصل دوم کنش‌گری سیاسی در اندرونی قدرت بیشتر تأثیر می‌گذاشته است تا جایی که به شورای سران مرکب از رئیس‌جمهوری (آیت‌الله خامنه‌ای)، رئیس مجلس شورای اسلامی (آیت‌الله هاشمی‌رفسنجانی)، رئیس دیوان عالی کشور و رئیس شورای عالی قضایی (آیت‌الله موسوی‌اردبیلی) و نخست‌وزیر (میرحسین موسوی) اضافه و عملاً شورا ۵ نفره می‌شود و اندک‌اندک نظرات احمد به عنوان دیدگاه امام مقبول می‌افتاده یا نظرات را منتقل می‌کرده است.
در فصل دوم کنش سیاسی او دیگر نه صحبتی از جمهوری شورایی است و نه خط سوم و حضور رسانه‌ای او به صورت رسمی و در قرائت پیام‌های امام صورت می‌پذیرفت.
نه به صورت علنی که در پشت پرده شکل گرفت یا در بیرون چنین تصور شد. یکی حمایت از انشعاب مجمع روحانیون مبارز از جامعه روحانیت مبارز و ارتقای جایگاه اعضای ارشد آن همچون دادستانی آیت‌الله موسوی‌خوئینی‌ها و قدرت گرفتن بیشتر جناح چپ و به حاشیه رفتن راست‌گرایان بود و دیگری روند برکناری آیت‌الله حسینعلی منتظری که به خاطر انتشار متن «رنج‌نامه» برخی اقدامات آیت‌الله محمدی‌ری‌شهری را هماهنگ با او دانستند. ادعایی که هر دو تکذیب می‌کردند، ولی تشدید اختلافات حاج احمد خمینی با بیت آقای منتظری خصوصاً فرزند ایشان قابل انکار نبود.
با کنار رفتن آیت‌الله منتظری این تصور شکل گرفت که بعد از امام نقش سیداحمد چه در قالب عضو شورای رهبری و چه به شکلی دیگر استمرار خواهد یافت یا اگر نه به آن پررنگی که به صورتی حفظ خواهد شد. این اتفاق، اما نیفتاد و به گواه خاطرات هاشمی‌رفسنجانی در چند مورد به پیشنهاد‌های او درمورد محل برگزاری نمازجمعه توجه نشد و احساس کرد حضور او در نشست سران تشریفاتی شده و این را آغاز فصل سوم می‌توان دانست.
حمایت او از انتخاب آیت‌الله خامنه‌ای به رهبری و اعلام وفاداری به مقام ولایت فقیه و سخنان او در جریان حضور رهبر جدید در جماران شایعات زاویه داشتن او را تکذیب می‌کرد، اما زمانه تغییر کرده بود و حالا او «یادگار امام» بود یعنی مردم را به یاد امام می‌انداخت و این تمام نقشی بود که در فصل جدید سیاسی برای او تعریف شد.
هرچند در پی انتخاب مهدی کروبی به ریاست مجلس سوم طبعاً باید دیگری به‌عنوان «امیر الحاج» برگزیده می‌شد و حکم برای سید احمد صادر شد، اما بعد از چندی اعلام کرد مادرش (همسر امام) مایل است او از کشور خارج نشود و در بیت امام بماند و این مسئولیت منتقی شد و پس از آن یگانه عنوان رسمی احمد عضویت در مجلس دوم خبرگان رهبری بود و وقتی شورای نگهبان صلاحیت فرزند او را در سال ۹۴ رد کرد، همه به مقایسه نوع مواجهه با کاندیداتوری پدر و پسر پرداختند و اینکه سید حسن در فراگیری دروس حوزوی و مرتبه اجتهاد کوشاتر بوده و با منطقی که به پدر اجازه دادند به قاعده باید پسر هم حاضر می‌شد و شورای نگهبان از عهده توضیح این تناقض برنیامد حتی بعد از عتاب و خطاب هاشمی‌رفسنجانی در نطق ۱۲ بهمن.
فصل سوم حیات سیاسی سید احمد از ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۳ بیشتر در حاشیه گذشت و تنها در مقاطعی مانند بحث‌هایی که درباره درگذشت آیت‌الله لاهوتی در زندان در سال ۱۳۶۱ درگرفت و اینکه هاشمی‌رفسنجانی به اسدالله لاجوردی پیام داده و پنداشته بود که موضوع حل شده و لاهوتی را مرخص کرده‌اند حال آنکه در زندان سکته کرده و درگذشته بود. صادق طباطبایی برادر همسر سید احمد، اما در این فقره جانب او را می‌گرفت و گله هاشمی را وارد نمی‌دانست.
با اینکه فصل سوم حیات سیاسی فرزند رهبر فقید انقلاب دور از متن گذشت، اما درگذشتِ ناگهانی در ۴۹ سالگی و در پی یک هفته جدال با مرگ در پایان اسفند ۱۳۷۳ به شایعات دامن زد خاصه اینکه مردم تصور کردند تحلیل منتشره در یک هفته‌نامه درباره آخرین سخنرانی او متن نطق خود اوست و فرصت توضیح نه برای آن نشریه پدید آمد نه خود او.
در مراسم تدفین سید احمد مردم سیمای جوانی ۲۳ ساله را دیدند که بسیار پخته‌تر از سن در نظر‌ها نشست و در همان مراسم گفت: گنجینه اسرار نظام و انقلاب به خاک سپرده می‌شود.
عنوان یادگار امام اندک‌اندک از سید احمد به سیدحسن خمینی انتقال یافت هرچند که مواضع نواده امام بعد از ۱۳۸۸ در پاره‌ای اوقات خشم نو‌اصول‌گرایان را چندان برانگیخت که از او به‌عنوان سیدحسن مصطفوی یاد کردند نه خمینی و گاه یادگارِ یادگار امام تا بگویند با واسطه به امام می‌رسد نه مستقیماً.
سیدحسن خمینی هم در عمل بیش از آنکه یادآور پدر باشد در سیما به داییِ دایی (امام موسی صدر) ماننده است و می‌کوشد یادآور «نیا» باشد و در پدر متوقف نبوده چندان که در شهریور ۱۴۰۱ و یک هفته قبل از ماجرای مهسا، احمد منتظری فرزند آیت‌الله منتظری در نشست «مبانی فقهی و کلامی آیت‌الله صانعی» پای سخنان فرزند سیدحسن خمینی نشست.