پناهگاه حیات وحش میانکاله با دو اکوسیستم آبی با وسعت ۴۴ هزار هکتار و خشکی با وسعت ۲۴ هزار هکتار طی دهه اخیر با تداوم خشکسالی، کاهش نزولات جوی و نوسانات سطح آب دریای خزر و از طرف دیگر مهار آب‌های سطحی در حوضه بالادست، درگیر خشکسالی از غرب به شرق شده است، به‌طوری که بررسی آخرین تصاویر ماهواره‌ای کاهش بیش از ۳۰ درصدی منابع آبی را نشان می‌دهد. با توجه به تغییرات اقلیمی و گرم شدن کره زمین تالاب‌های زیادی ازبین رفته اند و تالاب میانکاله نیز از این تغییرات زیان دیده است؛ پس از حضور رییس جمهور در اسفند ماه ۱۴۰۰ در خلیج گرگان، دستور فوری آغاز لایروبی و رسوب برداری از کانال‌های سه گانه منطقه صادر و پس از مدت کوتاهی با هماهنگی سازمان بنادر و دریانوردی به عنوان مجری و قرارگاه سازندگی خاتم الانبیا به عنوان پیمانکار، مرحله نخست این عملیات آغاز شده و امید است سبب احیای تالاب میانکاله و بازگشت پرندگان مهاجر شود. تصفیه فاضلاب شهر‌های بالادست و شهرک‌های صنعتی حاشیه خلیج و دادن حق آبه تالاب و یا جایگزین کردن آب‌های برداشت شده در بالادست از سایر حوزه‌ها از جمله پیشنهادات دیگر برای احیای این منطقه ارزشمند است.