متن پیام تسلیت حجت الاسلام و المسلمین سید محمد خاتمی بدین شرح است:
بسم الله الرحمن الرحیم
عالم پارسا و مجاهد روشن اندیش حضرت حجت الاسلام والمسلمین آقای حاج شیخ اسحاق مشکینی، رضوان الله علیه رخ در نقاب خاک کشید.
این عالم بزرگوار که عمرشریف خود را در خدمت به اسلام، انقلاب و ایران و ارشاد خلق و مبارزه با ظلم و بیداد و تلاش برای استقرار عدالت صرف کرد به دیدار معبود شتافت تا در کنار فرزند برومند شهیدش پاداش پاکی و نیکی و خیرخواهی خود را از خوان رحمت حضرت پروردگار دریافت دارد.
من این مصیبت رابه همه‌ی اصحاب فضل و فضیلت بخصوص به همراهان و هم اندیشان روحانی او در کاشان عزیز و بالاخص به خاندان شریفش تسلیت عرض میکنم و از پیشگاه حضرت حق جل واعلا آمرزش و رحمت و علودرجات برای آن فقید سعید و صبرو اجر و سلامتی برای بازماندگان معزز مسألت میکنم.
عاش سعیداًومات سعیداً
سیدمحمد خاتمی