کیهان به نقل از خاطرات مرحوم سیدمحمود دعایی مطالبی را از مرحوم امام خمینی در باره شهید مطهری و دکتر علی شریعتی نوشته است.
در این خاطره آمده است:
*امام در مناسبتی که خدمتشان رسیده بودم فرمودند شخصی را از تهران فرستاده‌اند که نظر مرا نسبت به آقای مطهری و آقای شریعتی عوض کند. کتاب مسئله حجاب آقای مطهری را جلوی من گذاشت و گفت این کتاب جنوب تهران را بی‌حجاب کرد. من مطمئن بودم که آقای مطهری بی‌حساب و بدون تحقیق و مطالعه چیزی نمی‌نویسد و این کتاب نه تنها جنوب تهران را بی‌حجاب نکرده بلکه شمال تهران را با حجاب خواهد کرد.
*در مورد آقای شریعتی کتاب اسلام‌شناسی ایشان را جلو من گذاشت و گفت مطالب این کتاب باعث انحراف جوانان شده است. من گفتم این کتاب قطور است، جاهای مورد نظر را علامت بگذارید وقتی مطالعه کردم متوجه شدم که آقایان خلاف می‌گویند. آن‌طوری که آنها می‌گویند نیست و در حدی که آنها به آن انحراف می‌گویند، نیست. من دیدم که امام بدین‌گونه با دکتر شریعتی برخورد کردند و نوعی مظلومیت را به ایشان نسبت دادند.
*حضرت امام حتی در یکی از سخنرانی‌هایشان، از کسانی که می‌خواهند در جامعه شکاف‌اندازند، گلایه کردند. از دانشگاهیانی که روحانیون را متهم می‌کردند و همچنین از بعضی حوزه‌ها و حوزوی‌ها که نمی‌توانند با دقت بیشتری مطالب جدید را مطالعه کنند شکایت نمودند.
*از این زمان به بعد آیت‌الله مصباح از مخالفت علنی خود با شریعتی خودداری کرد. امام سعی می‌کردند تا با واقع‌بینی و دقت بیشتری به نامه‌های ارسالی از ایران پاسخ بگویند و با دقت به مطالعه و تفحص در امور می‌پرداختند. حتی من هنگام شهادت دکتر شریعتی از امام اجازه خواستم تا برای مراسم تشییع به دمشق بروم. ایشان اجازه دادند. پس از بازگشت من گزارش را خدمتشان عرض کردم. واقعاً متأثر بودند...